本文選題：近交系數(shù)　切入點(diǎn)：基因組純合度　出處：《遺傳》2017年01期

【摘要】：畜禽育種中傳統(tǒng)上利用系譜信息評(píng)估群體近交程度?近年來(lái)隨著高通量單核苷酸多態(tài)(single nucleotide polymorphism,SNP)檢測(cè)成本降低,使利用基因組信息分析真實(shí)的基因組近交程度成為可能?本研究利用牛54 K SNP芯片數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)了北京地區(qū)2107頭荷斯坦�；蚪M上的長(zhǎng)純合片段(runs of homozygosity,ROH)的頻率和分布,計(jì)算了2種基因組近交系數(shù),即染色體上ROH的長(zhǎng)度占基因組總長(zhǎng)度的比例(Froh)及個(gè)體所有標(biāo)記基因型中純合子所占比例,即基因組純合度(Fhom),進(jìn)而分析了兩種基因組近交系數(shù)之間的相關(guān)性以及基因組近交與系譜近交系數(shù)之間的相關(guān)性?結(jié)果表明,共檢測(cè)到44 676個(gè)ROH片段,其長(zhǎng)度主要分布在1~10 Mb之間?不同長(zhǎng)度的ROH散布于個(gè)體基因組內(nèi),短ROH較長(zhǎng)ROH更為常見(jiàn)?ROH在染色體上并非均勻分布,ROH頻率最高的區(qū)域?yàn)?0號(hào)染色體中部?兩種基因組近交系數(shù)之間相關(guān)性很高(91%以上),但基因組近交與系譜近交之間的相關(guān)性較低(低于50%)?系譜完整性是影響基因組近交與系譜近交結(jié)果一致的重要因素,基因組近交系數(shù)能夠反映個(gè)體真實(shí)的近交,本研究為評(píng)估群體近交水平提供了有力工具?
[Abstract]:Traditionally, pedigree information is used to evaluate the inbreeding degree in livestock and poultry breeding. In recent years, with the reduction of the cost of single nucleotide polymorphisms (SNPs) detection, it is possible to use genomic information to analyze the true degree of genomic inbreeding. In this study, the frequency and distribution of long homozygosity runs of homozygosity roh on the genome of 2107 Holstein cattle in Beijing were calculated by using 54 K SNP chip data. That is, the ratio of ROH length to total genome length on chromosomes and the proportion of homozygotes in all marker genotypes. The correlation between the number of genome inbred lines and that between genome inbreeding and pedigree inbreeding was analyzed. The results showed that a total of 44 676 ROH fragments were detected, the length of which was mainly between 1mb and 10Mb. Different lengths of ROH are scattered in individual genomes, and short ROH is more common than long ROH. The highest frequency of ROH on chromosomes is in the middle of chromosome 10? The correlation between the number of genome inbred lines was very high (91%), but the correlation between genome inbreeding and pedigree inbreeding was lower (< 50%). Pedigree integrity is an important factor affecting the consistency between genomic inbreeding and pedigree inbreeding. The number of genomic inbreeding lines can reflect the true inbreeding of individuals. This study provides a powerful tool for evaluating the inbreeding level of population.
【作者單位】： 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院;中國(guó)奶業(yè)協(xié)會(huì)奶牛數(shù)據(jù)中心;
【基金】：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)(奶牛)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專(zhuān)項(xiàng)資金項(xiàng)目(編號(hào):CARS-37) 北京市奶牛產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目(編號(hào):BAIC06-2016) 教育部“分子育種技術(shù)”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)基金項(xiàng)目(編號(hào):IRT1191) 國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(編號(hào):2011BAD28B02)資助~~
【分類(lèi)號(hào)】：S823

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本文編號(hào)：1662898