發(fā)布時(shí)間：2018-03-14 06:39

  本文選題：豬　切入點(diǎn)：快慢肌　出處：《華中農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文　論文類(lèi)型：學(xué)位論文

【摘要】：豬肉是我國(guó)肉類(lèi)蛋白質(zhì)食物的主要來(lái)源之一,養(yǎng)豬業(yè)在我國(guó)農(nóng)業(yè)中占有舉足輕重的地位。肉質(zhì)受到肌纖維性狀的影響,其中,肌纖維類(lèi)型被認(rèn)為是影響肉質(zhì)的重要因素之一。遺傳背景及人工選育方式的不同,造成了中外豬種在生產(chǎn)性狀方面存在很大的差異。陸川豬作為我國(guó)特有的豬種資源,具有肉質(zhì)優(yōu)良的種質(zhì)特性;大白豬作為西方豬種的代表性品種,雖然在生長(zhǎng)速度方面具有優(yōu)勢(shì),但是其相對(duì)較差的肉品質(zhì)已不滿(mǎn)足于消費(fèi)者的需求。通過(guò)高通量測(cè)序的技術(shù)來(lái)分析品種間/不同特性的肌肉間的差異是一種高效科學(xué)的方法,對(duì)轉(zhuǎn)錄組的分析,可以讓我們知道究竟是哪些基因或者通路造成了這些性狀上的差異。本研究通過(guò)對(duì)品種間以及快慢肌間進(jìn)行了表型和轉(zhuǎn)錄組差異的分析,初步探索了產(chǎn)生差異的原因,為培育出符合畜牧業(yè)發(fā)展需求的優(yōu)秀豬品種提供了素材。主要研究結(jié)果如下:1、運(yùn)用石蠟切片、HE染色、免疫組織化學(xué)技術(shù),對(duì)陸川豬和大白豬的比目魚(yú)肌、趾長(zhǎng)伸肌、股二頭肌和背最長(zhǎng)肌進(jìn)行了肌纖維表型的試驗(yàn)與分析。結(jié)果顯示,在這四塊肌肉中陸川豬肌纖維直徑均顯著小于大白豬。在品種間的比較中,比目魚(yú)肌和背最長(zhǎng)肌中慢肌纖維所占比例,陸川豬要顯著低于大白豬,但是趾長(zhǎng)伸肌和股二頭肌中慢肌纖維比例,陸川豬卻要顯著高于大白豬;在陸川豬上,慢肌纖維的比例:股二頭肌比目魚(yú)肌趾長(zhǎng)伸肌背最長(zhǎng)肌;大白豬上,慢肌纖維的比例:比目魚(yú)肌背最長(zhǎng)肌股二頭肌趾長(zhǎng)伸肌。2、運(yùn)用高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),成功對(duì)陸川豬和大白豬的比目魚(yú)肌和趾長(zhǎng)伸肌進(jìn)行了RNA-Seq建庫(kù)測(cè)序,數(shù)據(jù)質(zhì)檢合格后對(duì)基因的表達(dá)水平進(jìn)行了分析。結(jié)果顯示,各分組間基因整體表達(dá)量基本相同;在所有樣本中,大約有超過(guò)24,500個(gè)基因表達(dá),其中有16,404個(gè)基因在所有樣本中表達(dá);品種特異性表達(dá)的基因,陸川豬中有825個(gè),大白豬有366個(gè),而在兩品種內(nèi)均表達(dá)的基因有17,248個(gè);所有樣本中,轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)剪切、轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)(TTS)剪切是兩種分布最多的剪切類(lèi)型,在所有樣本中約占總可變剪切事件的80%。3、對(duì)各比較組進(jìn)行了差異表達(dá)基因的篩選,最終得到了的差異表達(dá)基因中有754個(gè)已知基因;在這些基因中,有229個(gè)基因在品種間兩個(gè)比較組中均差異表達(dá);有14個(gè)基因在肌肉間兩個(gè)比較組中均差異表達(dá),為三個(gè)比較組所共有的基因共有20個(gè),已知基因有17個(gè)。4、對(duì)篩選出的差異表達(dá)基因以比較組為單位,分別進(jìn)行GO分析,分別有59(YSOL vs YEDL)、32(LEDL vs YEDL)和77(LSOL vs YSOL)個(gè)GO term被富集。這些被顯著富集到的GO term包括一些與肌肉骨骼生長(zhǎng)發(fā)育(muscle organ development、skeletal system development、skeletal muscle tissue development)、能量代謝相關(guān)(gluconeogenesis、lipid storage、monosaccharide metabolic process)和離子轉(zhuǎn)運(yùn)(metal ion transport、organic anion transport)等生物學(xué)過(guò)程;hexose metabolic process、glucose metabolic proces、monosaccharide metabolic process、rhythmic process,這四個(gè)GO term在三個(gè)比較組中均被富集。5、對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG分析后發(fā)現(xiàn),四個(gè)比較組的差異表達(dá)基因最終分別顯著富集到了16(LSOLvs YSOL)、11(LEDLvs YEDL)、4(LSOLvs LEDL)和9(YSOLvs YEDL)條通路中。被顯著富集的通路包括糖酵解(Glycolysis/Gluconeogenesis)通路、三羧酸循環(huán)(TCA cycle)和有關(guān)脂肪酸代謝的途徑(Fatty acid degradation、Fatty acid metabolism);有15個(gè)通路是四個(gè)比較組所共有,其中包括MAPK信號(hào)通路、PI3K-Akt信號(hào)通路等。
[Abstract]:Pork is the main source of China's meat protein food, pig industry occupies a pivotal position in China's agriculture. The meat is affected, muscle fiber traits, muscle fiber type is considered to be one of the important factors affecting meat quality. Genetic background and artificial breeding method is different, resulting in the production of Chinese and foreign pig breeds there are great differences between the characters. As Lu Chuan pig pig resource of China, having fleshy good germplasm characteristics; large white pigs as western representative varieties, although has the advantage in the growth rate, but its relatively poor meat quality has not satisfied the demand of consumers. By high-throughput sequencing the technology to analyze the differences between the varieties / different characteristics between muscles is an efficient method of science, analysis of the transcriptome, can let us know exactly what the gene or pathway made The differences in these traits. This study of varieties and analyzed the difference between fast and slow muscle phenotype and transcriptome, explores the reasons for the differences, and provide materials for breeding of animal husbandry in good accord with the development requirements of pig breeds. The main results are as follows: 1, the use of paraffin sections. HE staining, immunohistochemical technique, the soleus muscle of Lu Chuan and large white pigs, extensor digitorum longus, unit two biceps and longissimus muscle of the test and analysis of muscle fiber phenotype. The results showed that in the four muscles in Lu Chuan pig muscle fiber diameter was significantly smaller than in large white pigs. Among the varieties, and soleus muscle in longissimus dorsi muscle of slow muscle fiber proportion was significantly lower than that of large white pig Lu Chuan, but the extensor digitorum longus muscle and the femoral head two slow muscle fiber ratio, Lu Chuan is significantly higher than that of large white pig; in Lu Chuan pig, slow muscle fiber The proportion of femoral head two twitchmuscle extensor digitorum longus longissimus muscle; large white, slow muscle fiber ratio: soleus muscle longissimus muscle unit two biceps extensor digitorum longus.2, using high-throughput transcriptome sequencing technology, the success of Lu Chuan and large white pigs of the soleus and extensor digitorum longus the RNA-Seq library sequencing, data quality inspection on the level of gene expression was analyzed. The results showed that the gene expression of the whole group is basically the same; in all samples, there are about more than 24500 genes, including 16404 genes expressed in all samples; cultivar specific expression gene, Lu Chuan there are 825 pigs, large white pigs 366, which were expressed in two varieties in 17248 genes; all the samples, the transcription initiation site (TSS) shear, transcription termination sites (TTS) are two types of shear shear distribution of the largest, in all samples The total variable shear event 80%.3, the comparison group for the screening of differentially expressed genes, the difference obtained expression of 754 known genes; among these genes, the expression of two groups were compared between the 229 genes in varieties; expression of two groups were compared the difference of 14 genes in muscle between three groups compared the common gene of a total of 20 known genes, 17.4 of the differentially expressed genes in the comparison group as a unit, were analyzed by the GO. There were 59 (YSOL vs YEDL), 32 (LEDL vs YEDL) and 77 (LSOL vs YSOL) GO term was enriched. These were significantly enriched to GO term include some skeletal muscle growth and development (muscle organ development, skeletal system development, skeletal muscle tissue development), energy metabolism (gluconeogenesis, lipid storage, monosaccharide Metab Olic process (metal) and ion transport ion transport, organic anion transport hexose metabolic) and other biological processes; process glucose, metabolic proces, monosaccharide metabolic process, rhythmic process, the four GO term in three groups were enriched in.5, the expression of KEGG gene was found on analysis of differences in genes ultimately respectively. Enrichment to 16 the expression of the four comparison groups (LSOLvs YSOL 11), the difference (LEDLvs YEDL), 4 (LSOLvs LEDL) and 9 (YSOLvs YEDL) pathways were significantly enriched. Pathways including glycolysis (Glycolysis/Gluconeogenesis) pathway, tricarboxylic acid cycle three (TCA cycle) and related to fatty acid metabolism (Fatty acid degradation Fatty way acid metabolism); there are 15 pathways is a comparison of the four groups there, including MAPK signaling pathway, PI3K-Akt signaling pathway.

【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：S828

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