本文關鍵詞：北京油雞和來航雞脾臟差異表達microRNA的鑒定與分析

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【摘要】：【目的】明確北京油雞和來航雞脾臟重量、組織結構及其mi RNA表達譜的差異,篩選與兩個雞種免疫應答能力差異相關的候選基因,為家禽抗病育種研究奠定基礎�！痉椒ā窟x取1日齡同期孵化的北京油雞和來航雞母雛各45只作為試驗材料,在相同營養(yǎng)水平和環(huán)境條件下飼養(yǎng),42日齡測量體重和脾臟重。每個品種隨機選取3只個體(體重接近群體均值),取其一半脾臟組織制作石蠟切片,利用H.E.染色,顯微鏡下觀察脾臟組織結構、脾小體的數(shù)量和動脈周圍淋巴鞘厚度。提取另一半脾臟組織中的小RNA,等量混合組成2個RNA池,構建c DNA文庫,利用Solexa平臺進行高通量測序。測序結果與參考基因組數(shù)據(jù)庫比對獲得表達基因。利用Mireap軟件預測新mi RNAs基因。利用RPKM(reads per kb per million reads)方法計算基因的表達量,根據(jù)FDR(false discovery rate)0.001和|log2 ratio(T/CK)|≥1的標準篩選差異表達的基因。利用Target Scan和Pictar軟件預測差異表達mi RNA的靶基因,并對其進行GO和KEGG數(shù)據(jù)庫功能注釋。利用DAVID軟件對靶基因蛋白進行富集分析。將預測靶基因與已知脾臟重和脾臟指數(shù)相關QTL區(qū)域注解的基因取交集�！窘Y果】在42日齡,北京油雞的體重和脾臟重均顯著高于來航雞(P0.01)。組織學觀察顯示,兩個雞種的脾臟組織結構發(fā)育完整,可見清晰的白髓、紅髓、脾小結和動脈周圍淋巴細胞鞘。與來航雞相比,北京油雞脾小體的數(shù)量更多、動脈周圍淋巴鞘更厚,鞘內淋巴細胞也更為密集。高通量測序在兩組樣本共鑒定出486種已知mi RNA、130個候選mi RNA和216個共表達mi RNA。兩組間顯著差異表達的mi RNA共計35種,其中在北京油雞中有8個表達上調,27個表達下調,它們的變化倍數(shù)在1.002—10.41之間。差異基因表達豐度在前5位的mi RNA是mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p,對其2 767個靶基因的生物信息學分析結果顯示,它們參與了T和B淋巴細胞的分化、免疫器官的發(fā)育、蛋白質磷酸化和細胞形態(tài)發(fā)生等生物學過程,并在泛素介導的蛋白水解、凋亡和磷脂酰肌醇信號系統(tǒng)等14個通路中顯著富集。mi R-6606-5p、mi R-146b-5p的共同靶基因BLM和mi R-2954的靶基因IRF8均定位于脾重或脾指數(shù)相關的QTL區(qū)域�！窘Y論】(1)42日齡北京油雞和來航雞脾重、組織結構及其mi RNA表達譜的確存在一些差異。(2)某些重要的差異高豐度表達mi RNA(如mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p)可能通過對靶基因調控,來參與調節(jié)T、B淋巴細胞分化、增殖、激活等過程,進而影響脾臟的重量、組織結構及其免疫應答能力。
【作者單位】： 河北科技師范學院;
【基金】：國家青年科學基金(31001003) 河北省教育廳優(yōu)秀青年科學基金(Y2011118) 河北省自然科學基金(C2012407009) 河北省現(xiàn)代農業(yè)公關計劃(15226302D) 河北省高等學校創(chuàng)新團隊領軍人才培育計劃(LJRC004) 河北省現(xiàn)代農業(yè)產業(yè)技術體系蛋雞產業(yè)創(chuàng)新團隊項目
【分類號】：S831
【正文快照】： Identification and Bioinformatics Analysis of Differential ExpressionMicro RNAs in the Spleen Between Beijing Fatty Chickens andLeghorns ChickensGENG Li-ying,PAN Su-min,CHEN Juan,ZHU Wen-jin,GONG Yuan-fang,LIU Zheng-zhu,PENG Yong-dong,ZHAO Shu-yu,ZHANG C

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 吳春梅;趙桂蘋;文杰;陳繼蘭;鄭麥青;陳國宏;;中國北京油雞和引進白來航蛋雞免疫性狀的比較[J];畜牧獸醫(yī)學報;2007年12期

【共引文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 肖雄;孔麗娜;吳銀寶;張文武;羅慶斌;;不同季節(jié)對鵝若干生理和免疫指標的影響[J];家畜生態(tài)學報;2014年07期

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3 包文斌;葉蘭;潘章源;朱t，

本文編號：1243456