本文關鍵詞：運用比較基因組方法研究與豬經濟性狀相關的InDel

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【摘要】：豬的生產性能與人們的日常生活息息相關,因此,對豬的經濟性狀進行改良一直是實際生產和育種研究中所關注的重要課題。在本研究中,針對具有優(yōu)秀抗逆性能的中國地方豬品種與生長速度具有優(yōu)勢的西方豬品種以這兩大群體作為研究對象,從公開數據庫中搜集、下載了66頭豬的重測序數據,運用生物信息學方法,對中西方兩大群體的豬進行了全基因組水平的比較分析。希望通過本次研究,在基因組水平上揭示造成中西方豬品種不同經濟性狀的遺傳因素,找到導致中國地方豬品種與西方豬品種的表型差異背后的InDel變異,從而篩選一批出與豬的經濟性狀相關的InDel位點,最終為豬的經濟性狀改良提供新的分子標記。本研究的主要結果如下:1、在中國地方豬與西方國家豬這兩大群體中,從全基因組水平上鑒定發(fā)現了200萬個InDel突變。InDel在每條染色體上的分布較均勻;絕大多數的In Del為1~3個堿基的插入或缺失;堿基缺失變異(DEL)的數量比堿基插入變異(INS)的數量略多;2、結合基因組選擇信號分析,篩選了一批中國地方豬品種與西方豬品種在基因組上由于經歷了不同的人工選擇而產生的InDel突變;3、在基因的編碼區(qū)域,對有選擇信號的且位于物種保守區(qū)域的In Del的相關基因做功能分析,發(fā)現這些移碼突變的相關基因參與了動物的胚胎發(fā)育、生長體尺、免疫系統功能等重要的生物學過程;4、研究整合了ENCODE數據的信息,在基因的調控區(qū)發(fā)現了位于關鍵基因的重要的轉錄調控元件上的InDel突變。本研究初步獲得了一批與豬的重要的經濟性狀相關,特別是與豬的生長及免疫表型有關的基因的InDel,為家豬的分子育種提供了有價值的參考。
【關鍵詞】：InDel標記 品種差異 重測序 功能分析 ENCODE
【學位授予單位】：華中農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S828
【目錄】：

• 摘要7-8
• ABSTRACT8-9
• 縮略詞表（ABBREVIATIONS）9-10
• 1 前言10-21
• 1.1 研究問題的由來10-11
• 1.2 文獻綜述11-20
• 1.2.1 豬的馴化及中外豬品種的差異11-13
• 1.2.2 測序技術的發(fā)展及應用13-16
• 1.2.3 畜禽基因組的研究進展16-18
• 1.2.4 InDel的研究進展18-20
• 1.3 研究的目的與意義20-21
• 2 材料與方法21-33
• 2.1 本研究的技術路線21-22
• 2.2 材料22-27
• 2.2.1 數據來源22-25
• 2.2.2 主要數據庫及分析軟件25-27
• 2.3 方法27-33
• 2.3.1 數據的質量控制27-28
• 2.3.2 序列比對28-29
• 2.3.3 InDel鑒定29-32
• 2.3.4 選擇信號分析32
• 2.3.5 基因功能分析32-33
• 3 結果33-43
• 3.1 品種信息33
• 3.2 InDel鑒定33-34
• 3.3 InDel統計分析34-36
• 3.4 InDel位點注釋36-38
• 3.5 基因組選擇信號與物種保守性分析38-40
• 3.6 基因編碼區(qū)的移碼突變40-41
• 3.7 非編碼區(qū)InDel分析41-43
• 4 討論43-46
• 4.1 InDel的鑒定43
• 4.2 InDel的染色體分布43-44
• 4.3 InDel的突變長度44-45
• 4.4 InDel的注釋45
• 4.5 基因組選擇區(qū)域和保守區(qū)的InDel45-46
• 5 小結46-48
• 5.1 本研究的主要結論46
• 5.2 本研究的創(chuàng)新點與特色46-47
• 5.3 本研究的不足及下一步工作的建議47-48
• 參考文獻48-56
• 致謝56-57

【參考文獻】

中國期刊全文數據庫 前1條

1 仇雪梅,李寧,鄧學梅,吳常信;影響動物肉質性狀主要候選基因的研究進展[J];遺傳;2002年05期

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本文編號：1120957