目的基于基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù),篩選和分析中東呼吸綜合癥病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV）感染人類呼吸道上皮細(xì)胞后的差異基因,確定參與致病的信號(hào)傳導(dǎo)通路和關(guān)鍵分子。方法在美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心的Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫(kù)搜選MERS-CoV病毒感染支氣管上皮細(xì)胞表達(dá)譜數(shù)據(jù),使用在線分析工具GEOR分析MERS-CoV感染支氣管上皮細(xì)胞正常組和感染組各種基因的表達(dá)情況,以具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的在表達(dá)量上升或下降2倍以上的差異基因?yàn)檠芯繉?duì)象,使用基因功能分析注釋工具DAVID對(duì)差異基因進(jìn)行基因本體分析和信號(hào)傳導(dǎo)通路分析,使用STRING構(gòu)建基因間相互作用網(wǎng)絡(luò),利用cytoscape篩選相互作用網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵基因。結(jié)果對(duì)比感染與未感染組的基因表達(dá),篩選到了差異基因1 553個(gè),其中上調(diào)基因850個(gè),下調(diào)基因703個(gè)�；蚬δ芨患治鼋Y(jié)果提示這些差異基因涉及免疫反應(yīng),炎癥反應(yīng),凋亡過(guò)程,支氣管纖毛形成和運(yùn)動(dòng)等多條信號(hào)傳導(dǎo)通路。結(jié)論研究MERS-CoV感染肺部支氣管細(xì)胞基因表達(dá)譜,發(fā)現(xiàn)在細(xì)胞... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2020年09期 北大核心

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【部分圖文】：

MERS-CoV感染的對(duì)支氣管上皮細(xì)胞基因表達(dá)的影響

KEGG是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。用于分析分子水平的信息,尤其是基因組測(cè)序和其他高通量生成的大規(guī)模分子數(shù)據(jù),集中了解生物系統(tǒng)高級(jí)功能的實(shí)用工具。為了更明確的理解MERS-CoV對(duì)細(xì)胞功能的影響,分析了感染MERS-CoV病毒引起的細(xì)胞表達(dá)增加和表達(dá)下降兩類基因參與的KEGG通路。結(jié)果發(fā)現(xiàn):MERS-CoV感染上調(diào)的信號(hào)通路包括,甲型流感、單純皰疹感染和麻疹感染引起的信號(hào)通路,還參與了TNF、Toll樣受體、NOD樣受體和Jak-STAT信號(hào)通路并且能參與細(xì)胞因子與受體相互作用以及參與胞漿DNA傳感途徑(圖3A)。而病毒感染后細(xì)胞表達(dá)下降的分子則主要參與了糖酵解/糖異生通路、影響了細(xì)胞色素P450對(duì)藥物和外源物質(zhì)代謝,對(duì)藥物、碳、視黃醇、谷胱甘肽、丙酮酸等多種物質(zhì)的代謝,以及類固醇激素的合成(圖3B)。圖3 差異基因與的KEGG通路分析

差異基因與的KEGG通路分析


本文編號(hào)：2938540