【摘要】：研究目的：對2010-2014年間江蘇省13個地級市流感哨點醫(yī)院流感樣病例的監(jiān)測結果進行流行病學特征分析,探討流感流行狀況、疫情趨勢和防控對策,對可能的流感爆發(fā)或流行發(fā)出及時預警,對江蘇省2010-2014年甲型H1N1(09pdm)流感病毒全基因組變異情況進行分析,掌握甲型H1N1分子遺傳進化特征,為其疫苗研制提供科學依據(jù),研究方法：(1)實驗及數(shù)據(jù)采集按《全國流行性感冒(甲型H1N1流感)監(jiān)測工作方案》要求,收集哨點醫(yī)院流感樣病例(ILI)信息,采集病例咽拭子進行流感病毒檢測,陽性樣本經(jīng)病毒分離培養(yǎng)及亞型鑒定,并將病例信息及結果錄入國家流感網(wǎng)絡監(jiān)測系統(tǒng)；隨機選取2010-2014年不同時間段,不同地區(qū)的具有代表性的48株甲型H1N1(09pdm)陽性分離株,利用特異性引物分段擴增并測定HA、NA、M、NP、MS、 PA、PB1、PB2八個基因片段。(2)數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析利用EXCEL對數(shù)據(jù)進行整理,PASW (Predictive Analytics Software) 18.0軟件對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析,并利用Frocasting模塊對流感樣病例周病例數(shù)進行預測分析；從Genbank數(shù)據(jù)庫中下載甲型H1N1流感疫苗株作為參考序列,利用Lasergene 7.0 DNAstar軟件包中MegAlign、Edit Seq的對PCR產(chǎn)物測序結果進行比對拼接,得到全長的各片段序列;采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version (MEGA) 5.2.1軟件進行對比,構建系統(tǒng)進化樹,對基因及氨基酸的序列分析；利用Data monkey (http://www.datamonkey.org/dataupload.php)在線軟件進行HA、NA基因選擇壓力分析研究結果：(1)流感樣病例及陽性分離率：時間分布,五年累計報告ILI病例123330例,分離陽性流感病毒14238株,分離陽性率為11.54%。2010年-2012年流感樣病例呈下降趨勢,2013年流感樣病例數(shù)增多,并超過2010年,到2014年流感樣病例繼續(xù)上升,達到2010-2014年間的最高值；職業(yè)分布,以托幼兒童及散居兒童為主；年齡分布,以0～歲組所占比例最大,60歲以上老年人病例較少；性別分布,男女性流感樣病例數(shù)差異無統(tǒng)計學意義；地區(qū)分布,蘇南地區(qū)IL1分離陽性率高于蘇北和蘇中。(2)病原學監(jiān)測：2009年甲型H1N1暴發(fā)后,2010年仍有甲型H1N1的余波,但隨后B型和季節(jié)性H3取代了甲型H1N1成為主要流感流行株,自2013年春季開始,甲型H1N1再次流行起來,并且全年都有監(jiān)測到甲型H1N1,與季節(jié)性H3成為2013年的主要優(yōu)勢株,2014年繼續(xù)甲型H1N1的流行。甲型H1N1及B型流感的高發(fā)季節(jié)主要為冬春季節(jié),季節(jié)性H3高峰期主要為夏季；年齡分布,5-24歲組主要感染B型流感,其余年齡段人群主要感染A型流感；性別分布,男女性感染各亞型流感差異無統(tǒng)計學意義：地區(qū)分布,不同地區(qū)感染甲乙型流感之間差異無統(tǒng)計學意義。(3)以2010第1周至2014年第50周流感樣病例數(shù)進行建模,預測得到預測模型ARIMA(0,1, 1)。(4)核苷酸平均總的遺傳距離HA=NS1PB2M2=PANANS2= PB1=NPM1,氨基酸平均總的遺傳距離HANAM2=NS1NS2PB2M1PAPB1NP。各序列核甘酸及氨基酸隨著時間的增加,在一定程度上,呈現(xiàn)出遺傳距離增大的趨勢。(5)系統(tǒng)發(fā)育樹,2009-2010年毒株與早期甲型H1N1流行毒株同源性較高,在2011及2012年期間甲型H1N1流感甚少,自從2013年開始,大部分毒株出現(xiàn)較大變異,使得2013與2014年毒株與早期毒株分枝較為明顯。(6)關鍵位點分析：HA蛋白,除具有8個固定的糖基化位點,部分毒株新增2個糖基化位點,在受體結合位點130環(huán)發(fā)生A135S(1株)突變,220環(huán)發(fā)生了V220E(1株)、D222N(1株)、D222G(3株)、Q223R(7株)、G225A(1株)突變,在突變率較高的190螺旋,發(fā)生S190I(1株)、L191I(4株)、L191F(1株)突變,13個變異發(fā)生在抗原位點上(Ca 2個,Cb 1個,Sa 5個,Sb 5個),1株毒株在HA蛋白裂解位點發(fā)生非堿性氨基酸變異；NA蛋白,共有6個固定的糖基化位點,此外,部分毒株糖基化位點增加,還有部分毒株出現(xiàn)位點突變,導致糖基化位點轉(zhuǎn)換或消失。NA蛋白酶活性中心及周圍輔助位點、耐藥位點上均未發(fā)現(xiàn)變異；M,M2序列L26、V27、A30、G34均未發(fā)生改變,同時,所有毒株均存在S31N位點的變異；NS,關鍵位點未出現(xiàn)特異性變異；NP,分離毒株發(fā)生N202S(1株),K198R(1株)突變；PA,分離毒株在關鍵位點發(fā)生T173N(1株)、D189E(1株)、L226F(1株)、N228T(1株)、P224S(48株)、1690V(1株)、D111E(1株)突變：PB1,關鍵位點未出現(xiàn)特異性變異；PB2,關鍵位點未出現(xiàn)特異性變異；PB1-F2,毒株均在第12位、58位、88位提前出現(xiàn)終止密碼子,此外,還有三株毒株在第9位出現(xiàn)終止密碼子。(7)通過正向壓力選擇分析,得到HA氨基酸正向選擇壓力位點208、240、310,NA氨基酸正向選擇壓力位點4。研究結論(1)江蘇省流感的兩個高峰期為冬季延至初春(11～12月到來年1-3月)與夏季小高峰(7-9月),2010-2012年,流感流行株為B型和季節(jié)性H3N2(季H3),自2013年開始,流感主要流行株為甲型H1N1和季H3。建議根據(jù)江蘇省流感三間分布特征,采取相應的預防控制措施。(2)通過運用ARIMA模型對流感樣病例進行預測,早期預警,及時采取預防措施,盡可能的減少不必要的傷害和損失。(3)江蘇省甲型H1N1(09pdm)流感病毒基因變異加快,遺傳多樣性增加,未來的遺傳進化值得進一步關注。
【學位授予單位】：東南大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R511.7;R181.3

【參考文獻】

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本文編號：2749664