本文關鍵詞：基于結構的HIV-1整合酶抑制劑的虛擬篩選

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【摘要】：目的虛擬篩選基于結構的HIV-1整合酶抑制劑。方法從PDB(Protein Data Bank)下載HIV-1整合酶催化核心結構域與LEDGF/p75整合酶結合結構域(integrase binding domain,IBD)的晶體結構(PDB ID:2B4J),通過AutoDockTools對結構進行處理;從ZINC數(shù)據(jù)庫下載化合物結構,用PyRx處理和轉換成pdbqt格式,建立一個處理后的化合物數(shù)據(jù)庫;以HIV整合酶為靶點,通過新的虛擬篩選工具PyRx運行AutoDock Vina,對ZINC數(shù)據(jù)庫的化合物進行虛擬篩選;分析得到的小分子抑制劑與整合酶之間的結合情況,并用PyMol對小分子抑制劑與整合酶的結合模式進行3D建模。結果經(jīng)3輪篩選,發(fā)現(xiàn)5個高活性的HIV-1整合酶抑制劑ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5個小分子抑制劑與整合酶之間的結合主要是氫鍵結合力和疏水相互作用。結論通過PyRx運行AutoDock Vina,從ZINC數(shù)據(jù)庫的化合物中篩選出5個新的HIV-1整合酶抑制劑。
【作者單位】： 遵義醫(yī)學院免疫學教研室貴州省免疫學研究生教育創(chuàng)新基地;
【關鍵詞】： 人類免疫缺陷病毒- 整合酶 抑制劑 虛擬篩選 PyRx
【分類號】：R373.9
【正文快照】： HIV-1整合酶(integrase)可以催化前病毒整合進入人類基因組,而整合進入人類基因組是病毒利用人類細胞機制完成其自身的復制和增殖的第一步,也是整個病毒感染周期的關鍵步驟[1]。有研究表明,除了催化病毒cDNA插入人類基因組以外,整合酶還在病毒復制周期中發(fā)揮其他功能,如將病毒

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本文編號：979089