本文關(guān)鍵詞：蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊檢測的研究綜述

  更多相關(guān)文章： 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 功能模塊檢測 檢測流程 分類體系 性能對比

【摘要】：蛋白質(zhì)相互作用(Protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)是生命活動中一種極其重要的生物分子關(guān)系網(wǎng)絡(luò),利用計算方法從PPI網(wǎng)絡(luò)中檢測功能模塊是目前生物信息學中一項重要的研究課題.本文首先總結(jié)了功能模塊檢測過程的基本流程,說明了預處理和后處理的作用;其次,提出了一種模塊檢測方法的分類體系,并對其中一些代表性的檢測算法進行了闡述;再次,給出了模塊檢測常用的數(shù)據(jù)庫、評價指標和相關(guān)軟件工具,并通過實驗對代表性算法進行了性能對比.最后,通過對該領(lǐng)域挑戰(zhàn)性問題的分析預測了模塊檢測未來的研究方向,以期對相關(guān)研究提供一定的參考.
【作者單位】： 北京工業(yè)大學計算機學院多媒體與智能軟件技術(shù)北京市重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 功能模塊檢測 檢測流程 分類體系 性能對比
【基金】：國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃(973計劃)(2014CB744601) 國家自然科學基金(61375059,61332016) 教育部博士點學科專項科研博導類基金(20121103110031) 北京市教委科研計劃重點項目(北京市自然科學基金重點B類項目)(KZ201410005004)資助~~
【分類號】：Q51;R3416
【正文快照】： 隨著人類基因組計劃的完成,蛋白質(zhì)組學的研究已經(jīng)成為生命科學乃至自然科學領(lǐng)域中最重要的研究課題之一.蛋白質(zhì)組學是一種對蛋白質(zhì)所含特 性進行系統(tǒng)化研究的學科,其研究目的是為生物系統(tǒng)在健康和疾病狀況下的結(jié)構(gòu)、功能和調(diào)控提供詳細的描述.由于蛋白質(zhì)很少以獨立個體的方式

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 雷秀娟;黃旭;吳爽;郭玲;;基于連接強度的PPI網(wǎng)絡(luò)蟻群優(yōu)化聚類算法[J];電子學報;2012年04期

2 李滿生;劉齊軍;李棟;劉培磊;朱云平;;蛋白質(zhì)相互作用信息的文本挖掘研究進展[J];中國科學:生命科學;2010年09期

3 楊博;劉大有;金弟;馬海賓;;復雜網(wǎng)絡(luò)聚類方法[J];軟件學報;2009年01期

4 郭杏莉;高琳;陳新;;生物網(wǎng)絡(luò)比對的模型與算法[J];軟件學報;2010年09期

5 劉中揚;李棟;朱云平;賀福初;;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進化分析研究進展[J];生物化學與生物物理進展;2009年01期

6 張春霆;生物信息學的現(xiàn)狀與展望[J];世界科技研究與發(fā)展;2000年06期

【共引文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 黃嘯;;生物信息學在蛋白質(zhì)組學上的應用[J];安徽農(nóng)業(yè)科學;2006年23期

2 李東生;高明倫;;高密度集成與單芯片多核系統(tǒng)及其研究進展[J];半導體技術(shù);2012年02期

3 武森;魏桂英;白塵;張桂瓊;;分類屬性高維數(shù)據(jù)基于集合差異度的聚類算法[J];北京科技大學學報;2010年08期

4 向恒;張瑞芝;潘國慶;周澤揚;;對蠶學專業(yè)引入基因組與生物信息學課程的思考[J];蠶學通訊;2011年04期

5 趙金城,王慶莉,畢秀玲;計算機輔助直接藥物分子設(shè)計[J];大連大學學報;2002年06期

6 馬寶山;朱義勝;;基于隱馬爾科夫模型的基因預測算法[J];大連海事大學學報;2008年04期

7 高明波,李光浩,阿古達木;生物信息學方向畢業(yè)設(shè)計選題初探[J];大連民族學院學報;2005年03期

8 趙金利;張群華;余貽鑫;賈宏杰;楊錦;;輸電網(wǎng)網(wǎng)架結(jié)構(gòu)的譜聚類分析算法[J];電力系統(tǒng)及其自動化學報;2009年04期

9 陳鵬;;數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)應用初探[J];電腦知識與技術(shù);2010年33期

10 李翔;李仕強;趙青虎;;基于邊聚類方法的復雜網(wǎng)絡(luò)社團挖掘研究[J];電腦知識與技術(shù);2012年10期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 姜春林;杜維濱;李江波;;藥物分子設(shè)計技術(shù)領(lǐng)域的文獻計量可視化分析[A];科學學理論與科學計量學探索——全國科學技術(shù)學暨科學學理論與學科建設(shè)2008年聯(lián)合年會論文集[C];2008年

2 楊長平;;生物信息學在畜禽基因組研究中的應用[A];中國農(nóng)業(yè)信息科技創(chuàng)新與學科發(fā)展大會論文匯編[C];2007年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王娟;大規(guī)模網(wǎng)絡(luò)安全態(tài)勢感知關(guān)鍵技術(shù)研究[D];電子科技大學;2010年

2 杜方;復雜網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)間相似性識別及其應用[D];浙江大學;2010年

3 陳欣;蛋白質(zhì)在不同界面的識別、吸附及穩(wěn)定性研究[D];浙江大學;2009年

4 顧全;基于集成智能的膜蛋白受體結(jié)構(gòu)與功能研究[D];東華大學;2010年

5 高翠芳;模糊聚類新算法及應用研究[D];江南大學;2011年

6 董浩;RNA二級結(jié)構(gòu)預測方法研究[D];吉林大學;2011年

7 李曉薇;大豆兩個MYB轉(zhuǎn)錄因子基因的克隆及其功能分析[D];吉林大學;2011年

8 張勝利;蛋白質(zhì)與RNA中的若干問題研究[D];大連理工大學;2011年

9 李偉;復雜網(wǎng)絡(luò)特征結(jié)構(gòu)的挖掘方法研究[D];南京理工大學;2010年

10 祁云嵩;微陣列數(shù)據(jù)分析中的基因選擇及樣本分類方法研究[D];南京理工大學;2011年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 周斌;復雜網(wǎng)絡(luò)的社團結(jié)構(gòu)挖掘及應用研究[D];廣西師范學院;2010年

2 史舵;基于主成分分析方法的蛋白質(zhì)亞細胞定位[D];大連理工大學;2010年

3 高珍;滸苔生理生態(tài)特性和轉(zhuǎn)錄組研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學;2010年

4 劉蓉;代謝網(wǎng)絡(luò)及路徑（pathway）的研究和應用[D];中南林業(yè)科技大學;2008年

5 李亞杰;基于復雜網(wǎng)絡(luò)理論的產(chǎn)業(yè)網(wǎng)絡(luò)研究[D];浙江工商大學;2011年

6 趙振華;模體發(fā)現(xiàn)問題的若干算法及應用研究[D];西安電子科技大學;2009年

7 李丹;一種新的基于特征聚類的網(wǎng)絡(luò)motif識別算法[D];西安電子科技大學;2009年

8 陳熠;基于代謝路徑的生物網(wǎng)絡(luò)比對算法[D];西安電子科技大學;2009年

9 王延鵬;復雜網(wǎng)絡(luò)重疊社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法研究[D];太原理工大學;2011年

10 張景陽;基于局部介數(shù)的復雜網(wǎng)絡(luò)社區(qū)動態(tài)演化研究[D];太原理工大學;2011年

【二級參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 金弟;劉大有;楊博;劉杰;何東曉;田野;;基于局部探測的快速復雜網(wǎng)絡(luò)聚類算法[J];電子學報;2011年11期

2 ;Bioinformatics analyses for signal transduction networks[J];Science in China(Series C:Life Sciences);2008年11期

3 馬學軍,胡榮,呂海,魏開坤,張麗蘭,薛水星,侯云德;噬菌體顯示技術(shù)改造人干擾素α1c/86D的研究[J];中國科學C輯:生命科學;1999年02期

4 劉偉;李棟;朱云平;賀福初;;信號轉(zhuǎn)導網(wǎng)絡(luò)的生物信息學分析[J];中國科學(C輯:生命科學);2008年11期

5 李敏;王建新;陳建二;;基于距離測定的蛋白質(zhì)復合物識別算法[J];吉林大學學報(工學版);2010年05期

6 孫景春,徐晉麟,李亦學,石鐵流;大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的分析與應用[J];科學通報;2005年19期

7 程永升,劉進元;串聯(lián)親和純化(TAP)技術(shù)在蛋白質(zhì)組學中的應用[J];生物化學與生物物理進展;2004年04期

8 劉中揚;李棟;朱云平;賀福初;;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進化分析研究進展[J];生物化學與生物物理進展;2009年01期

9 李民,周宗燦;蛋白質(zhì)芯片[J];生命的化學;2001年02期

10 關(guān)薇;王建;賀福初;;大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用研究方法進展[J];生命科學;2006年05期

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 李敏;蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中復合物和功能模塊挖掘算法研究[D];中南大學;2008年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 夏天揚;蟻群算法在聚類分析中的應用研究[D];武漢理工大學;2010年

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王夏;李北平;譚明鋒;王月蘭;岳俊杰;梁龍;;生物信息學方法預測蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的功能模塊[J];生物技術(shù)通訊;2009年03期

2 王紅;王希誠;;隨機走步軟聚類識別蛋白質(zhì)網(wǎng)交疊功能模塊[J];計算機工程與應用;2011年09期

3 杜瑾;劉奪;趙廣榮;元英進;;合成生物學學科發(fā)展概況[J];中國科學基金;2011年03期

4 梅娟;何勝;李煒疆;;基于圖聚類的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊探測[J];食品與生物技術(shù)學報;2011年01期

5 張敏;朱晶;郭政;李霞;楊達;王磊;饒紹奇;;利用亞細胞位置特異的基因功能模塊與表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)識別疾病特征基因[J];科學通報;2006年13期

6 肖國華;李永進;郭政;彭春方;王棟;朱晶;楊達;姚晨;王靖;;采用基于Gene Ontology的聚類方法研究白血病的遺傳異質(zhì)性[J];生物信息學;2008年01期

7 李坤成;陳楠;王星;;構(gòu)建中國人數(shù)字化標準腦[J];中國醫(yī)學影像技術(shù);2010年09期

8 邱家學,任金山;限制性內(nèi)切酶和甲基酶識別順序及序列組建數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)[J];中國藥科大學學報;1989年03期

9 郭政;張?zhí)镂?王琦;王海蕓;;基于功能模塊的基因表達譜聚類分析[J];同濟大學學報(自然科學版);2006年02期

10 劉齊軍;王正華;郭昊;孫漢昌;劉萬霖;朱云平;;一種新的度量生物復雜網(wǎng)絡(luò)模塊性的方法[J];計算機工程與科學;2010年08期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 徐加豹;蔡浩洋;張義正;李校;;基于基因網(wǎng)絡(luò)預測哺乳動物線粒體蛋白質(zhì)的功能[A];中國遺傳學會第八次代表大會暨學術(shù)討論會論文摘要匯編（2004-2008）[C];2008年

2 魏育娟;蔡邦平;郭凌毓;郭藝松;;廈門植物園植物信息管理系統(tǒng)的研制[A];中國植物園（第十四期）[C];2011年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 李濤;肝臟質(zhì)膜蛋白質(zhì)表達譜的構(gòu)建及功能研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院;2009年

2 方焯;基于生物知識的生物芯片表達譜數(shù)據(jù)分析研究[D];華中科技大學;2006年

3 李杰;基因表達譜分析若干關(guān)鍵技術(shù)研究[D];哈爾濱工業(yè)大學;2007年

4 梅娟;復雜生物網(wǎng)絡(luò)聚類分析方法[D];江南大學;2010年

5 湯希瑋;基于多生物信息的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究[D];中南大學;2013年

6 彭佳揚;代謝網(wǎng)絡(luò)中功能模塊挖掘和進化分析研究[D];中南大學;2011年

7 徐娟;miRNA-miRNA協(xié)同調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：構(gòu)建、疾病miRNA拓撲特征及序列和結(jié)構(gòu)相似性分析[D];哈爾濱醫(yī)科大學;2011年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前9條

1 胡偉鳳;基于不確定網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)功能模塊挖掘算法研究[D];湖南大學;2013年

2 胡興;基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接的預測[D];電子科技大學;2008年

3 何東;基于多信息融合建立基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[D];華中科技大學;2007年

4 白琳;植物抗逆基因資源平臺的構(gòu)建與分析[D];浙江大學;2012年

5 黃冬林;MyBioNet：在線生物網(wǎng)絡(luò)可視化、編輯和整合的Web應用[D];浙江大學;2011年

6 王秋文;基于Hadoop的全基因組關(guān)聯(lián)研究系統(tǒng)設(shè)計與實現(xiàn)[D];天津大學;2012年

7 夏艷軍;蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)的構(gòu)建及其應用[D];湖南農(nóng)業(yè)大學;2010年

8 李亞南;基于最佳鄰居節(jié)點的蛋白質(zhì)復合體挖掘算法研究[D];華中師范大學;2013年

9 武學鴻;蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的聚類分析方法及評估[D];中南大學;2013年

，

本文編號：739232