本文關(guān)鍵詞：基于二代測(cè)序的剛地弓形蟲(chóng)Chinese 1基因型不同毒力蟲(chóng)株的變異檢測(cè)

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【摘要】：背景:剛地弓形蟲(chóng)(Toxoplasma gondii)是專(zhuān)性細(xì)胞內(nèi)寄生原蟲(chóng),可影響包括人類(lèi)在內(nèi)的溫血?jiǎng)游?并具有較高的感染率。弓形蟲(chóng)垂直傳播可導(dǎo)致流產(chǎn),對(duì)人類(lèi)構(gòu)成嚴(yán)重威脅并可導(dǎo)致畜牧業(yè)生產(chǎn)的巨大損失。中國(guó)流行弓形蟲(chóng)的種群結(jié)構(gòu)與北美和歐洲明顯不同,Chinese 1(Toxo DB#9)是國(guó)內(nèi)的優(yōu)勢(shì)基因型。而Chinese 1基因型的Wh3和Wh6在小鼠中呈現(xiàn)不同的毒力。然而,少有關(guān)于二者在基因組水平的差異的報(bào)道。不同基因型蟲(chóng)株的致病機(jī)制和效應(yīng)分子功能存在明顯差異,稱(chēng)為基因型/蟲(chóng)株相關(guān)的致病機(jī)制(genotype/strain-associated pathogenesis)。深入研究同一基因型明顯表型差異蟲(chóng)株的基因組差異,對(duì)探尋我國(guó)優(yōu)勢(shì)基因型蟲(chóng)株的致病機(jī)制具有十分重要的意義。目的:探究我國(guó)優(yōu)勢(shì)Chinese 1基因型蟲(chóng)株Wh3和Wh6蟲(chóng)株在基因組水平的差異,尋找可能導(dǎo)致表型差異的關(guān)鍵性效應(yīng)分子。方法:取Wh3和Wh6蟲(chóng)株急性感染小鼠腹水,經(jīng)分離純化提取基因組DNA,構(gòu)建基因組測(cè)序文庫(kù),進(jìn)行全基因組測(cè)序,生物信息學(xué)分析檢測(cè)Wh3和Wh6蟲(chóng)株與I型蟲(chóng)株GT1的差異,并特異性地檢索位于相關(guān)的毒力效應(yīng)分子的變異,利用q RT-PCR對(duì)相關(guān)的效應(yīng)分子的表達(dá)水平進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果:我們成功地對(duì)Wh3和Wh6進(jìn)行基因組的測(cè)序,平均測(cè)序深度分別為63.91×和63.61×,兩分離蟲(chóng)株與I型GT1株進(jìn)行比較,分別存在505,645個(gè)和505,856個(gè)SNP,30,658個(gè)和30,004個(gè)In Del,4,661個(gè)和2,320個(gè)SV以及1,942個(gè)和3,080個(gè)CNV。對(duì)弓形蟲(chóng)的部分效應(yīng)分子進(jìn)行了變異檢索,發(fā)現(xiàn)致密顆粒蛋白3(GRA3)和棒狀體頸部蛋白3(RON3)分別攜帶有35個(gè)SNP、2個(gè)In Del和89個(gè)SNP、6個(gè)In Del。GRA3和RON3均發(fā)現(xiàn)在弱毒的Wh6中存在顯著的較高水平的表達(dá)。另外,Chinese 1基因型蟲(chóng)株與I、II、III型蟲(chóng)株相比兼具有GRA15II和ROP16I/III的多態(tài)性。結(jié)論:Chinese 1基因型蟲(chóng)株Wh3和Wh6蟲(chóng)株之間存在顯著的差異,其中GRA3和RON3可能為導(dǎo)致表型差異的效應(yīng)分子,同時(shí)Chinese 1蟲(chóng)株兼具有GRA15II和ROP16I/III。
【關(guān)鍵詞】：剛地弓形蟲(chóng) 二代測(cè)序 變異檢測(cè) 毒力效應(yīng)分子
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：R382.5
【目錄】：

• 英文縮略詞對(duì)照表5-7
• 中文摘要7-9
• 英文摘要9-11
• 1. 前言11-15
• 2. 材料與方法15-23
• 3. 結(jié)果23-40
• 4. 討論40-43
• 5. 結(jié)論43-44
• 6. 參考文獻(xiàn)44-50
• 附錄50-60
• 附錄一 個(gè)人簡(jiǎn)歷50-51
• 附錄二 致謝51-52
• 附錄三 綜述52-60
• 參考文獻(xiàn)57-60

【相似文獻(xiàn)】

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3 劉麗麗;;概述弓形蟲(chóng)病及其研究進(jìn)展[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第八次全國(guó)檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議暨中華醫(yī)學(xué)會(huì)檢驗(yàn)分會(huì)成立30周年慶典大會(huì)資料匯編[C];2009年

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2 程維晟;基于二代測(cè)序的剛地弓形蟲(chóng)Chinese 1基因型不同毒力蟲(chóng)株的變異檢測(cè)[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2016年

3 孫敏;剛地弓形蟲(chóng)14-3-3蛋白真核表達(dá)載體的構(gòu)建與表達(dá)[D];山東大學(xué);2013年

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6 孔t，

本文編號(hào)：731820