目的應(yīng)用生物信息學(xué)軟件分析預(yù)測(cè)結(jié)核分枝桿菌乳清酸核苷-5’-磷酸脫羧酶(orotidine 5’-monophosphate decarboxylase,OMPdecase)的結(jié)構(gòu)與生物學(xué)特性。方法采用ProtParam,ProtScale,TMPred,SignalP4.1,NetNGlyc1.0,Netphos3.1,SOPMA,SWISS-MODEL和STRING等生物信息學(xué)軟件對(duì)結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium Tuberculosis)H37Rv的pyrF基因及其編碼蛋白OMPdecase的理化性質(zhì)、信號(hào)肽、糖基化位點(diǎn)、磷酸化位點(diǎn)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三維結(jié)構(gòu)和蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)等進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。結(jié)果預(yù)測(cè)結(jié)核分枝桿菌pyrF基因編碼的OMPdecase為相對(duì)分子質(zhì)量27.4×10³的富含丙氨酸、甘氨酸和纈氨酸的穩(wěn)定疏水性膜蛋白或胞漿蛋白,不含信號(hào)肽,且磷酸化程度較高。α螺旋和無(wú)規(guī)卷曲為OMPdecase的主要二級(jí)結(jié)構(gòu)元件,分別占51.09%和27.37%。同源建模分析顯示D93-K95-D98-I99-T102位于活性中心區(qū)域內(nèi)。結(jié)論生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)結(jié)...

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圖１ＯＭＰｄｅｃａｓｅ的氨基酸組成Ｆｉｇ．１Ａｍｉｎｏａｃｉｄｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ

點(diǎn)為４．９９，丙氨酸（Ａｌａ）、甘氨酸（Ｇｌｙ）和纈氨酸（Ｖａｌ）含量分別占２１．２％、１２．８％和１０．６％，不含吡咯賴氨酸（Ｐｙｌ）和硒半胱氨酸（Ｓｅｃ）（圖１）。其預(yù)測(cè)半衰期在體外的哺乳動(dòng)物網(wǎng)織紅細(xì)胞中為３０ｈ，在酵母菌和大腸桿菌中分別＞２０ｈ和＞１０ｈ；不穩(wěn)定系數(shù)（ｉｎｓ....

圖４ＯＭＰｄｅｃａｓｅ磷酸化位點(diǎn)分析Ｆｉｇ．４Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄｓｉｔｅｓｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ

０．２８，表明所得結(jié)構(gòu)可靠。圖４ＯＭＰｄｅｃａｓｅ磷酸化位點(diǎn)分析Ｆｉｇ．４Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄｓｉｔｅｓｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ圖５ＯＭＰｄｅｃａｓｅ三維結(jié)構(gòu)Ｆｉｇ．５Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｈｒｅｅ－....

圖５ＯＭＰｄｅｃａｓｅ三維結(jié)構(gòu)Ｆｉｇ．５Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｈｒｅｅ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ

０．２８，表明所得結(jié)構(gòu)可靠。圖４ＯＭＰｄｅｃａｓｅ磷酸化位點(diǎn)分析Ｆｉｇ．４Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｅｄｓｉｔｅｓｏｆｏｒｏｔｉｄｉｎｅ５＇－ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ圖５ＯＭＰｄｅｃａｓｅ三維結(jié)構(gòu)Ｆｉｇ．５Ｐｒｅｄｉｃｔｅｄｔｈｒｅｅ－....

圖９嘧啶核苷酸從頭合成途徑示意圖Ｆｉｇ．９Ｓｃｈｅｍａｔｉｃｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｏｆｄｅｎｏｖｏｐｙｒｉｍｉｄｉｎｅｓｙｎｔｈｅｔｉｃｐａｔｈｗａｙ

ｙｒＣ編碼的二氫乳清酸酶催化氨甲酰天冬氨酸脫水，形成二氫乳清酸，后者經(jīng)ｐｙｒＤ編碼的二氫乳清酸脫氫酶催化脫氫形成乳清酸，ｐｙｒＥ編碼的乳清酸磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶催化乳清酸與磷酸核糖焦磷酸化合，生成乳清酸核苷－５＇－磷酸，后者再由ｐｙｒＦ編碼的ＯＭＰｄｅｃａｓｅ催化脫去羧基，生成尿嘧啶核....

本文編號(hào)：3977840