目的·檢測人單核細胞經(jīng)干擾素α(interferonα,IFNα)刺激后在全基因組水平上的染色質(zhì)開放性變化。方法·收集健康人外周血單核細胞,運用基于轉(zhuǎn)座酶和高通量測序的染色質(zhì)分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技術檢測染色質(zhì)開放性。使用生物信息學工具進行富集分析和可視化分析。結(jié)果·經(jīng)過IFNα處理后,染色質(zhì)開放性發(fā)生顯著增加的區(qū)域有430個,顯著降低的區(qū)域有442個;大部分開放結(jié)構(gòu)位于基因的啟動子和臨近區(qū)域,其次是基因間區(qū)域以及基因的內(nèi)含子區(qū)域。富集分析顯示,染色質(zhì)開放性明顯增加的區(qū)域所關聯(lián)的基因涉及的生物學過程大多是與干擾素相關的信號通路和抗病毒反應�？梢暬鄳娜旧|(zhì)區(qū)域,效應性干擾素誘導表達基因(interferon-stimulated gene,ISG)的啟動子及轉(zhuǎn)錄起始位點區(qū)域在IFNα刺激之后ATAC-seq信號強度明顯增強;而調(diào)節(jié)性ISG在IFNα刺激前即已具備一定程度的開放性,刺激之后開放性有所增強。開放性增強區(qū)域含有干擾素刺激反應元件以及干擾素調(diào)控因子等重要轉(zhuǎn)...

【文章來源】： 上海交通大學學報(醫(yī)學版). 2019,39(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 研究對象
    1.2 主要試劑和儀器
    1.3 方法
        1.3.1 流式細胞術分選人外周血單核細胞
        1.3.2 細胞培養(yǎng)和處理
        1.3.3 轉(zhuǎn)座與建庫
        1.3.4 質(zhì)控與測序
        1.3.5 生物信息學分析
2 結(jié)果
    2.1 鑒定受到Ⅰ型干擾素調(diào)控的染色質(zhì)區(qū)域
    2.2 ATAC-seq信號在順式調(diào)控元件上的分布
    2.3 開放區(qū)域所關聯(lián)基因的富集分析
    2.4 可視化分析
    2.5 Motif分析
3 討論



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