本文關(guān)鍵詞：以大腸埃希菌tolC蛋白為靶標(biāo)的適配體的篩選及結(jié)構(gòu)分析　出處：《北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)》2014年05期 　論文類型：期刊論文

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【摘要】：目的:篩選大腸埃希菌外排泵tolC蛋白的核酸適配體。方法:重組表達(dá)大腸埃希菌外排泵外膜蛋白tolC,利用指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)(stematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX)從單鏈DNA文庫(kù)中篩選出一組能夠特異性與其結(jié)合的核酸適配體。利用FITC熒光素標(biāo)記技術(shù)檢測(cè)每輪單鏈DNA文庫(kù)與靶蛋白的親和力,直至親和力的上升趨于飽和,將最后一輪篩選產(chǎn)物克隆測(cè)序,并用DNAman軟件分析其二級(jí)結(jié)構(gòu)。結(jié)果:經(jīng)過12輪篩選,單鏈DNA文庫(kù)與靶標(biāo)蛋白的親和力趨向穩(wěn)定,將第12輪篩選產(chǎn)物克隆測(cè)序,對(duì)獲得的23個(gè)適配體進(jìn)行分析。一級(jí)結(jié)構(gòu)分析顯示23個(gè)適配體并無共同的保守序列,但分別有3對(duì)和2對(duì)適配體序列完全一致。二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析表明,莖環(huán)結(jié)構(gòu)為適配體主要的結(jié)構(gòu)形式,提示其可能是適配體與tolC蛋白蛋白特異性結(jié)合的基礎(chǔ)。根據(jù)二級(jí)結(jié)構(gòu)特點(diǎn)可將23個(gè)適配體分為4個(gè)家族,其中20號(hào)適配體與靶標(biāo)蛋白親和力最高。結(jié)論:成功利用SELEX技術(shù)篩選獲得了特異結(jié)合tolC的高親和力的核酸適配體,為大腸埃希菌耐藥干預(yù)及機(jī)制研究奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective: to screen the nucleic acid aptamer of Escherichia coli efflux pump tolC protein. Methods: recombinant expression of Escherichia coli efflux pump outer membrane protein tolC. Ligand phylogenetic techniques with exponential enrichment (. Stematic evolution of ligand by exponential enrichment. Selex) a group of nucleic acid aptamers that can specifically bind to single strand DNA library were screened. The affinity of each round of single stranded DNA library to target protein was detected by FITC fluorescein labeling technique. Until the affinity increased to saturation, the final screening product was cloned and sequenced, and its secondary structure was analyzed by DNAman software. Results: after 12 rounds of screening. The affinity of the single strand DNA library to the target protein tended to be stable and the 12th screening product was cloned and sequenced. The analysis of the 23 aptamers obtained showed that the 23 aptamers had no conserved sequence, but 3 pairs and 2 pairs of aptamers were identical respectively. The secondary structure prediction analysis showed that there was no conserved sequence in the 23 aptamers. Stem ring structure is the main structural form of aptamer, suggesting that it may be the basis of specific binding between aptamer and tolC protein. According to the secondary structure, 23 aptamers can be divided into 4 families. Among them, the aptamer 20 has the highest affinity to the target protein. Conclusion: high affinity aptamers with specific binding to tolC were successfully screened by SELEX technique. It lays a foundation for drug resistance intervention and mechanism study of Escherichia coli.
【作者單位】： 湖南中醫(yī)藥大學(xué)醫(yī)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(81202451,81000026) 湖南省自然科學(xué)基金(12JJ4029) 高等學(xué)校博士學(xué)科點(diǎn)專項(xiàng)科研基金(20114323120002) 中國(guó)博士后基金(2012M511731) 湖南省教育廳科學(xué)研究項(xiàng)目重點(diǎn)項(xiàng)目(11A083) 湖南省高�？萍紕�(chuàng)新團(tuán)隊(duì)基金(15) 湖南省重點(diǎn)學(xué)科基金(100601)資助~~
【分類號(hào)】：R3416
【正文快照】： Province(15),and the Construct Program of the Key Discipline In Hunan Province(100601).△Corresponding author’s e-mail,cmgjw@tom.com大腸埃希菌多重耐藥主要與主動(dòng)外排系統(tǒng)有關(guān),其外排基因占所有轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因的6%~18%[1-3],因此抑制大腸埃希菌的主動(dòng)外排泵對(duì)解決其

【共引文獻(xiàn)】

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6 倪Y羆，

本文編號(hào)：1393799