本文關(guān)鍵詞：新疆柯?tīng)柨俗巫迦巳篜PARG基因重組熱點(diǎn)遺傳定位及糖尿病關(guān)聯(lián)研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：真核生物減數(shù)分裂過(guò)程中基因組某些區(qū)域會(huì)發(fā)生較其他區(qū)域高的重組頻率,這些區(qū)域被稱作重組熱點(diǎn)。重組熱點(diǎn)對(duì)連鎖不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)的形成有極大的影響,利用LD進(jìn)行遺傳作圖,有助于識(shí)別致病基因,從而有效識(shí)別引起人類疾病及其對(duì)藥物反應(yīng)的遺傳易感基因或變異位點(diǎn),為臨床疾病的診治提供科學(xué)依據(jù)。本課題研究PPARG基因31個(gè)遺傳標(biāo)記(SNP)位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫鍖?duì)照組與病例組間發(fā)生的重組事件及特征,同時(shí)對(duì)表現(xiàn)型正常的對(duì)照組和病例組在31個(gè)SNP位點(diǎn)上出現(xiàn)不同的基因型頻率來(lái)進(jìn)行關(guān)聯(lián)研究,推測(cè)所研究基因的遺傳標(biāo)記多態(tài)性和糖尿病易感位點(diǎn)之間是否存在因果關(guān)系。本論文工作包括以下兩部分內(nèi)容:1.新疆柯?tīng)柨俗巫迦巳篜PARG基因重組熱點(diǎn)遺傳定位及其特性分析本研究首先在從“Hap Map ENCODE區(qū)”中選取具較多重組熱點(diǎn)、已深入研究過(guò)的,國(guó)內(nèi)外糖尿病研究領(lǐng)域關(guān)注的PPARG基因來(lái)進(jìn)行研究,以使本項(xiàng)目的結(jié)果具有可比性。下一步,選擇遺傳間隔、分布位置適當(dāng)、被驗(yàn)證過(guò)的、MAF≥0.05的31個(gè)SNPs作為本研究的遺傳標(biāo)記。(1)采用飛基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜儀(MALDI-TOFMS)來(lái)檢測(cè)SNP位點(diǎn),Mass ARRAY分子量分型技術(shù)來(lái)基因分型;(2)采用Hotspot Fisher法進(jìn)行重組率推斷,結(jié)果顯示,在染色體某些區(qū)域同一位點(diǎn)上的重組率變化與重組強(qiáng)度在同一種族的不同組別間和不同人群間存在很大的差異,并在某些區(qū)域的重組率變化存在明顯性別差異;(3)采用haploview軟件分析重組圖譜,結(jié)果在Hap Map示意圖中我們所研究區(qū)域內(nèi)發(fā)現(xiàn)了6個(gè)重組熱點(diǎn),不過(guò)在我們資料組只有最后5個(gè)SNPs出現(xiàn)一個(gè)重組熱點(diǎn);(4)采用Hap Map軟件來(lái)進(jìn)行連鎖不平衡(LD)分析,結(jié)果在柯?tīng)柨俗巫宀±M五個(gè)單體域的連鎖不平衡系數(shù)D′為0.91,D′1說(shuō)明兩個(gè)位點(diǎn)間發(fā)生了歷史重組,完全LD被破壞;柯?tīng)柨俗巫鍖?duì)照組和維吾爾族對(duì)照組中五個(gè)單體域的連鎖不平衡系數(shù)D′為1,D′=1說(shuō)明兩個(gè)位點(diǎn)沒(méi)有被重組分開(kāi),處于完全的連鎖不平衡狀態(tài)。2.柯?tīng)柨俗巫迦巳篜PARG基因31個(gè)SNP位點(diǎn)多態(tài)性與2型糖尿病關(guān)聯(lián)研究首先借于MAF值來(lái)進(jìn)行Hardy—Weinberg遺傳平衡定律檢驗(yàn),結(jié)果所選的31個(gè)SNPs中23個(gè)SNPs具有群體代表性(P≥0.05);(1)采用SPSS軟件t檢驗(yàn)來(lái)進(jìn)行對(duì)照組和病例組間基本臨床信息比較,結(jié)果顯示,兩組間在血壓(SBP、DBP)、腰臀比值、血糖、總膽固醇、低密度脂蛋白水平差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,(P≤0.01);(2)SPSSχ2檢驗(yàn)來(lái)分析PPARG基因23個(gè)SNPs在對(duì)照組和病例組間的基因型和等位基因頻率,結(jié)果顯示rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162位點(diǎn)基因型和等位基因頻率在兩組間均有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,(P≤0.05);(3)χ2檢驗(yàn)來(lái)分析柯?tīng)柨俗巫迥信畬?duì)照組和病例組間的基因型和等位基因型頻率,結(jié)果顯示,rs6782475位點(diǎn)基因型和等位基因頻率在男性和女性對(duì)照組間有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,(P≤0.05);rs4684846、rs7615916位點(diǎn)基因型頻率在男性和女性病例組間有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,(P≤0.05),等位基因頻率差異沒(méi)達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;(4)χ2檢驗(yàn)來(lái)分析單個(gè)SNP位點(diǎn)不同遺傳模型下在對(duì)照組和病例組間的基因型頻率分布,結(jié)果顯示,rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2921190、rs2959272、rs1875796、rs4135275、rs1151999位點(diǎn)在不同遺傳模型下基因型頻率分布在兩組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,P≤0.05;(5)統(tǒng)計(jì)分析維吾爾族健康對(duì)照組人群PPARG基因23個(gè)SNPs的基因型和等位基因頻率,并采用χ2檢驗(yàn)來(lái)分析維吾爾族男女兩組間的基因型和等位基因頻率,結(jié)果男女兩組間差異沒(méi)達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;(6)χ2檢驗(yàn)來(lái)分析柯?tīng)柨俗魏途S吾爾族、CHB(北京漢族)、CEU(歐洲北部和西部猶他州居民)、YRI(伊巴丹尼日利亞人)人群間的基因型和等位基因頻率比較,結(jié)果顯示,rs1175540、rs17036242、rs2881654、rs2959273、rs2972162、rs4135275、rs709151、rs9310401、rs1801282位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫搴途S吾爾族人群間基因型和等位基因分布頻率均有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P≤0.05);rs2292101、rs3856806、rs7626560位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫搴虲HB人群間基因型和等位基因分布頻率均有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P≤0.05);rs2292101、rs2959273、rs3856806、rs4684846、rs6782475、rs7615916、rs7626560、rs9817428位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫迮cCEU人群間基因型和等位基因分布頻率差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,(P≤0.01);在rs1151999、rs1175540、rs1875796、rs1899951、rs2292101,rs2881654、rs2921190、rs2938397、rs2959272、rs2959273、rs2972162、rs3856806、rs4135247、rs4135275、rs4684846、rs6782475、rs709151、rs7626560、rs1801282,位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫迮cYRI人群間基因型和等位基因分布頻率有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,(P≤0.05)。本研究結(jié)果進(jìn)一步可以證明不同人群中在染色體某些區(qū)域的重組率變化可能存在很大差異,可能存在種群特異性的重組熱點(diǎn)/或同一熱點(diǎn)位置的重組強(qiáng)度各不相同,可能在某些區(qū)域的重組率變化存在性別差異。關(guān)聯(lián)分析中發(fā)現(xiàn)rs1801282、rs1899951、rs2881654位點(diǎn)多態(tài)性可能是新疆克爾克孜人群2型糖尿病的易感基因位點(diǎn)。
【關(guān)鍵詞】：重組熱點(diǎn) PPARG基因 SNP 柯?tīng)柨俗巫?/strong>
【學(xué)位授予單位】：新疆大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R587.1;R394
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第一部分 新疆柯?tīng)柨俗巫迦巳篜PARG基因重組熱點(diǎn)遺傳定位及其特性分析9-41
• 一.引言9-14
• 1.重組熱點(diǎn)研究意義9-10
• 2.重組熱點(diǎn)研究進(jìn)展10-11
• 3.重組熱點(diǎn)的方法學(xué)研究進(jìn)展11-12
• 4.基因重組與連鎖不平衡關(guān)系12-13
• 5.確定待檢染色體區(qū)段及所采用的分子標(biāo)記13-14
• 二.材料與方法14-25
• 1.標(biāo)本的采集14-15
• 1.1 研究對(duì)象14
• 1.2 體格檢查及臨床生化指標(biāo)檢測(cè)14
• 1.3 納入標(biāo)準(zhǔn)14-15
• 1.4 血標(biāo)本處理15
• 1.5 建立T2DM遺傳資源數(shù)據(jù)庫(kù)15
• 2.基因組DNA的提取15-17
• 2.1 主要試劑及來(lái)源15
• 2.2 血液樣品基因組提取步驟15-16
• 2.3 實(shí)驗(yàn)儀器16-17
• 3.PPARG基因多態(tài)性檢測(cè)17-21
• 3.1 納入研究的T2DM易感基因17
• 3.2 SNPs分子標(biāo)記篩選17
• 3.3 SNPs基因型分析17-18
• 3.4 主要儀器與試劑18-19
• 3.5 基因分型的技術(shù)路線19
• 3.6 引物設(shè)計(jì)19-20
• 3.7 PCR反應(yīng)20-21
• 3.8 樹(shù)脂純化21
• 4. 重組熱點(diǎn)計(jì)算步驟21-25
• 三.結(jié)果與分析25-35
• 3.1 分析柯?tīng)柨俗巫迦巳簩?duì)照組和病例組，維吾爾族對(duì)照組間的重組率25
• 3.2 柯?tīng)柨俗巫迦巳耗信±M間的重組率比較25
• 3.3 維吾爾族人群男女對(duì)照組間的重組率比較25-30
• 3.4 PPARG基因的重組熱點(diǎn)和連鎖不平衡分析30-35
• 四.討論35-38
• 五.參考文獻(xiàn)38-41
• 第二部分 柯?tīng)柨俗巫迦巳篜PARG基因 31個(gè)SNP位點(diǎn)的多態(tài)性與2型糖尿病的關(guān)聯(lián)研究41-65
• 一.引言41-43
• 1.糖尿病概況41
• 2.單核苷酸多態(tài)性研究41-42
• 3.PPARG基因結(jié)構(gòu)與功能42-43
• 二.材料與方法43-44
• 1.標(biāo)本的采集43
• 2.基因組DNA的提�。ㄍ谝徊糠�，材料與方法 2 ）43
• 3.PPARG基因多態(tài)性檢測(cè)（同第一部分，材料與方法 3 ）43
• 4.統(tǒng)計(jì)學(xué)處理43-44
• 三.結(jié)果44-59
• 1.對(duì)照組-病例組間臨床信息比較44-45
• 2.Hardy—Winberg平衡吻合度檢驗(yàn)45-46
• 3.31個(gè)SNP位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫鍖?duì)照組和病例組間的基因型分布頻率46-47
• 4.23個(gè)SNP位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫鍖?duì)照組和病例組間的等位基因分布頻率47-48
• 5.23個(gè)SNP在柯?tīng)柨俗巫迥信畬?duì)照組間的基因型和等位基因型分布特征48-49
• 6.23個(gè)SNP位點(diǎn)在柯?tīng)柨俗巫迥信±M間的基因型和等位基因分布49-50
• 7.單個(gè)SNP位點(diǎn)在不同遺傳模型下基因型頻率分布50-53
• 8.23個(gè)SNP位點(diǎn)在維吾爾族健康對(duì)照組的基因型和等位基因分布特征53-54
• 9.23個(gè)SNP位點(diǎn)維吾爾族男女對(duì)照組間的基因型和等位基因頻率54-55
• 10.23個(gè)SNP位點(diǎn)柯?tīng)柨俗巫搴途S吾爾族人群間基因型和等位基因頻率比較55-56
• 11.23個(gè)SNPs柯?tīng)柨俗巫迦巳号cCHB、CEU、YRI人群的基因型和等位基因型頻率比較56-59
• 四.討論59-61
• 五.參考文獻(xiàn)61-65
• 附件1基因分型plot圖65-68
• 附件 2 LD圖68-70
• 附錄3英文縮寫(xiě)70-71
• 論文發(fā)表情況71-72
• 致謝72-73

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 王娟;;人類基因組SNPs的研究現(xiàn)狀及應(yīng)用前景[J];生命科學(xué);2006年04期

2 姬森林;黃青陽(yáng);;PPARγ變異與復(fù)雜疾病[J];遺傳;2006年08期

  本文關(guān)鍵詞：新疆柯?tīng)柨俗巫迦巳篜PARG基因重組熱點(diǎn)遺傳定位及糖尿病關(guān)聯(lián)研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：392289

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