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獨(dú)立成分方法分析蛋白酶體靶蛋白酶切位點(diǎn)的特異性

發(fā)布時(shí)間:2022-10-05 23:40
  我們的人類身體不斷地受到數(shù)十億潛在病原體的威脅,例如細(xì)菌,病毒,真菌和寄生蟲(chóng)。因此,多層防御已經(jīng)演變成通過(guò)復(fù)雜的機(jī)制來(lái)保護(hù)人類身體免受這些病原體的侵害。物理和化學(xué)屏障,如皮膚或胃液,是防止病原體進(jìn)入宿主生物體的主要非特異性防護(hù)屏障。CD8+T淋巴細(xì)胞是特異性免疫細(xì)胞,它介導(dǎo)了對(duì)腫瘤的有效免疫反應(yīng),CD8+T細(xì)胞能識(shí)別清除病毒細(xì)胞。細(xì)胞表面表達(dá)的主要組織相容性復(fù)合體,MHC I(major histocompatibility complex)分子向外界傳遞抗原多肽,使其能夠被細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞CTLs(cytotoxic T cell)特異性識(shí)別。這些特殊的T細(xì)胞可以檢測(cè)到其他細(xì)胞,這些細(xì)胞內(nèi)能表達(dá)外來(lái)或異常(即突變的)蛋白分子,并隨后從體內(nèi)清除這些多余的細(xì)胞。這些抗原肽需要26s蛋白酶體降解抗原蛋白,形成抗原肽的大小要適合運(yùn)輸,它們由抗原相關(guān)轉(zhuǎn)運(yùn)體TAP(transporter associated with antigen processing)分子運(yùn)輸至內(nèi)質(zhì)網(wǎng)ER(endoplasmic reticulum),和MHC I類分子的結(jié)合槽對(duì)接。T細(xì)胞在免疫過(guò)程中,主要是通過(guò)其表面受... 

【文章頁(yè)數(shù)】:58 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【文章目錄】:
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 免疫系統(tǒng)與免疫應(yīng)答
    1.2 抗原肽加工提呈過(guò)程
        1.2.1 內(nèi)源性抗原的泛素化
        1.2.2 泛素化抗原蛋白的降解
        1.2.3 MHC-I類限制性抗原加工遞呈途徑
    1.3 本文主要研究?jī)?nèi)容
2 獨(dú)立成分分析方法(ICA)
    2.1 獨(dú)立成分分析方法簡(jiǎn)介
        2.1.1 ICA的數(shù)學(xué)模型
        2.1.2 ICA的基本假設(shè)
    2.2 獨(dú)立成分分析的數(shù)學(xué)和信息論基礎(chǔ)
        2.2.1 信號(hào)的統(tǒng)計(jì)獨(dú)立性
        2.2.2 信號(hào)獨(dú)立性的度量
        2.2.3 負(fù)熵對(duì)非高斯程度的度量
    2.3 獨(dú)立成分分析(ICA)的目標(biāo)函數(shù)
        2.3.1 極大似然估計(jì)
        2.3.2 信息最大化
        2.3.3 互信息最小化
    2.4 獨(dú)立成分分析(ICA)的目標(biāo)函數(shù)優(yōu)化算法
3 基于負(fù)熵的FastICA算法
    3.1 FastICA簡(jiǎn)介
    3.2 FastICA的數(shù)據(jù)預(yù)處理
        3.2.1 主成分分析
        3.2.2 數(shù)據(jù)的球化
    3.3 FastICA的正交變換
    3.4 FastICA回歸模型
    3.5 基于負(fù)熵的FastICA算法實(shí)現(xiàn)步驟
    3.6 交叉驗(yàn)證
4 建立預(yù)測(cè)模型
    4.1 預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建
    4.2 抗原肽的氨基酸編碼
    4.3 樣本數(shù)據(jù)的獲取
5 結(jié)果與討論
    5.1 模型的預(yù)測(cè)能力
    5.2 模型的權(quán)重系數(shù)
    5.3 同一測(cè)試集下不同預(yù)測(cè)模型的性能比較
    5.4 蛋白酶體對(duì)靶蛋白酶切位點(diǎn)的特異性分析
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表學(xué)術(shù)論文情況
致謝



本文編號(hào):3686722

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