目的探討鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的組成結(jié)構(gòu)及生物學(xué)功能。方法運(yùn)用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息學(xué)軟件分析鼠疫耶爾森菌CAF-1基因的氨基酸序列組成、理化性質(zhì)、親疏水性、信號(hào)肽、磷酸化位點(diǎn)、糖基化位點(diǎn)、二、三級(jí)結(jié)構(gòu)和B、T細(xì)胞抗原表位等。結(jié)果 CAF-1是由170個(gè)氨基酸構(gòu)成的富含蘇氨酸的穩(wěn)定親水蛋白,相對(duì)分子質(zhì)量為17.7×10³,理論等電點(diǎn)為4.83,不含跨膜區(qū)且磷酸化程度較高。二級(jí)結(jié)構(gòu)中β轉(zhuǎn)角和無規(guī)則卷曲為主要結(jié)構(gòu)原件,分別占41.18%和32.35%。同源建模顯示,GMQE和QMEAN評(píng)估分值分別為0.90和0.76�？乖砦活A(yù)測顯示,該蛋白含有多個(gè)B細(xì)胞優(yōu)勢(shì)抗原表位和7個(gè)優(yōu)勢(shì)CTL表位。結(jié)論生物信息學(xué)預(yù)測CAF-1基因編碼蛋白為穩(wěn)定分泌蛋白和外膜蛋白,含有較多的B、T細(xì)胞抗原表位,具有較好的抗原性,可作為新型疫苗的潛在候選基因。 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2019,14(10)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

圖１ＣＡＦ－１蛋白親／疏水性預(yù)測

第一個(gè)氨基酸，Ｓ－Ｓｏｃｒｅ用來區(qū)分該位置是否存在信號(hào)肽，Ｙ－Ｓｏｃｒｅ為Ｃ－Ｓｏｃｒｅ和Ｓ－Ｓｏｃｒｅ的幾何平均數(shù)。運(yùn)用ＳｅｃｒｅｔｏｍｅＰ軟件預(yù)測該蛋白非典型分泌性，ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ為０．９５（ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ﹥０．５判定為非典型分泌蛋白），即屬于分泌蛋白。圖１ＣＡＦ－１蛋白親／疏水性預(yù)測Ｆｉｇ．１ＨｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖２ＣＡＦ－１蛋白跨膜Ｈｅｌｉｘ預(yù)測Ｆｉｇ．２ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅＨｅｌｉｘｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖３ＣＡＦ－１蛋白跨膜區(qū)預(yù)測Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ５ＣＡＦ－１的磷酸化及糖基化位點(diǎn)利用ＮｅｔＮＧｌｙｃ１．０和ＮｅｔＰｈｏｓ３．１分析ＣＡＦ－１的糖基化和磷酸化位點(diǎn)，結(jié)果顯示，當(dāng)潛在磷酸化位點(diǎn)的閾值為０．５時(shí)，該蛋白含有１個(gè)糖基化位點(diǎn)（圖５），含有２６個(gè)磷酸化位點(diǎn)，其中１１個(gè)絲氨酸位點(diǎn)，１３個(gè)蘇氨酸位點(diǎn)，２個(gè)酪氨酸位點(diǎn)（圖６）。·３４１１·中國病原生物學(xué)雜志ＪｏｕｒｎａｌｏｆＰａｔｈｏｇｅｎＢｉｏｌｏｇｙ２０１９年１０月第１４卷第１０期Ｏｃｔ．２０１９，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１０

第一個(gè)氨基酸，Ｓ－Ｓｏｃｒｅ用來區(qū)分該位置是否存在信號(hào)肽，Ｙ－Ｓｏｃｒｅ為Ｃ－Ｓｏｃｒｅ和Ｓ－Ｓｏｃｒｅ的幾何平均數(shù)。運(yùn)用ＳｅｃｒｅｔｏｍｅＰ軟件預(yù)測該蛋白非典型分泌性，ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ為０．９５（ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ﹥０．５判定為非典型分泌蛋白），即屬于分泌蛋白。圖１ＣＡＦ－１蛋白親／疏水性預(yù)測Ｆｉｇ．１ＨｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖２ＣＡＦ－１蛋白跨膜Ｈｅｌｉｘ預(yù)測Ｆｉｇ．２ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅＨｅｌｉｘｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ圖３ＣＡＦ－１蛋白跨膜區(qū)預(yù)測Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ５ＣＡＦ－１的磷酸化及糖基化位點(diǎn)利用ＮｅｔＮＧｌｙｃ１．０和ＮｅｔＰｈｏｓ３．１分析ＣＡＦ－１的糖基化和磷酸化位點(diǎn)，結(jié)果顯示，當(dāng)潛在磷酸化位點(diǎn)的閾值為０．５時(shí)，該蛋白含有１個(gè)糖基化位點(diǎn)（圖５），含有２６個(gè)磷酸化位點(diǎn)，其中１１個(gè)絲氨酸位點(diǎn)，１３個(gè)蘇氨酸位點(diǎn)，２個(gè)酪氨酸位點(diǎn)（圖６）。·３４１１·中國病原生物學(xué)雜志ＪｏｕｒｎａｌｏｆＰａｔｈｏｇｅｎＢｉｏｌｏｇｙ２０１９年１０月第１４卷第１０期Ｏｃｔ．２０１９，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１０

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[4]結(jié)核分枝桿菌eis基因及其編碼蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 張西燕,付玉榮,伊正君.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(02)



本文編號(hào)：2971801