在病原微生物持續(xù)危害公眾健康與生命的今天,及時(shí)有效的檢測(cè)將顯著提高人類(lèi)監(jiān)控應(yīng)對(duì)此類(lèi)風(fēng)險(xiǎn)的能力。當(dāng)前,微生物檢測(cè)仍以PCR技術(shù)為基礎(chǔ),因此敏感而又特異的PCR引物,將是檢測(cè)成功與否的關(guān)鍵。本論文基于公共數(shù)據(jù)庫(kù)中廣泛存在的核酸序列片段,針對(duì)常見(jiàn)的呼吸系統(tǒng)傳染性病毒,成功設(shè)計(jì)了一套新的引物設(shè)計(jì)流程,使得這些引物一方面在病毒或其亞型內(nèi)部保守,同時(shí)又不與其他相近病毒或亞型的基因組序列相似,保證了其特異性地?cái)U(kuò)增目標(biāo)產(chǎn)物的能力,實(shí)現(xiàn)有效檢測(cè)病毒病原體的目的。在明確目標(biāo)病原微生物后,研究其基因組功能,了解傳染致病的分子機(jī)制,則有助于人們預(yù)防并治療病原微生物所引起的各種疾病。故而,發(fā)展準(zhǔn)確的基因組注釋計(jì)算方法,就顯得很有必要。鑒于傳統(tǒng)的序列同源比對(duì)方法無(wú)法推斷出序列同源性較差的基因的功能,同時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)中許多基因的功能也仍然未知,本論文通過(guò)整合基因之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)關(guān)系數(shù)據(jù),并在相互關(guān)聯(lián)的基因之間可能具有相似或相同的功能的假設(shè)下,開(kāi)發(fā)出了一套新的基因功能預(yù)測(cè)方法。該方法在細(xì)菌蛋白質(zhì)組有害因子的鑒定中,預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度高達(dá)90%,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)了傳統(tǒng)的序列同源比對(duì)BLAST方法(<80%),而且也優(yōu)于國(guó)際上基于序列... 

【文章來(lái)源】：華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：146 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 微生物及其與人類(lèi)的關(guān)系
    1.2 微生物的檢測(cè)方法
    1.3 微生物基因組功能注釋的研究方法
    1.4 微生物與宿主蛋白質(zhì)相互作用的研究方法
    1.5 本論文擬解決的問(wèn)題與主要內(nèi)容
2 病毒檢測(cè)之引物設(shè)計(jì)方法探究
    2.1 研究背景
    2.2 材料與方法
    2.3 結(jié)果與討論
    2.4 結(jié)論
3 微生物有害因子鑒定方法探究
    3.1 研究背景
    3.2 材料與方法
    3.3 結(jié)果與討論
    3.4 結(jié)論
4 高通量測(cè)序微生物比較基因組分析方法探究
    4.1 研究背景
    4.2 材料與方法
    4.3 結(jié)果與討論
    4.4 結(jié)論
5 病毒宿主蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域相互作用網(wǎng)絡(luò)研究方法探究
    5.1 研究背景
    5.2 材料與方法
    5.3 結(jié)果與討論
    5.4 結(jié)論
6 總結(jié)與展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄1 攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表的主要論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]KaKsCalculator 2.0:A Toolkit Incorporating Gamma-Series Methods and Sliding Window Strategies[J]. Dapeng Wang1,3,Yubin Zhang1,2,3,Zhang Zhang4,Jiang Zhu1,3,and Jun Yu1,2 1CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information,Beijing Institute of Genomics,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100029,China;2Institute of Computing Technology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China;3Graduate University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China;4Plant Stress Genomics Research Center,Division of Chemical and Life Sciences & Engineering,King Abdullah University of Science and Technology,Thuwal 23955-6900,Saudi Arabia..  Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2010(01)
[2]VICMpred: An SVM-based Method for the Prediction of Functional Proteins of Gram-negative Bacteria Using Amino Acid Patterns and Composition[J]. Sudipto Saha,G.P.S. Raghava.  Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2006(01)



本文編號(hào)：2947975