本文選題：空腸彎曲菌 + 鐵相關(guān)受體　； 參考：《河北醫(yī)科大學》2011年碩士論文

【摘要】：目的:通過比對空腸彎曲菌(Campylobacter jejuni, C.jejuni)的CfrA,ferric enterobactin receptor,鐵吸收相關(guān)受體的基因序列,分析CfrA序列核酸及氨基酸序列特征,了解CfrA基因的突變堿基,蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu),疏水性特點,推測可能存在的高變異區(qū)段,同時分析其遺傳進化關(guān)系,為C.jejuni疫苗研究提供基礎(chǔ)資料。 方法:選取分離自河北醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科臨床確診感染C.jejuni的患者糞便并且已經(jīng)由動物模型證實為致吉蘭-巴雷綜合征的3株C.jejuni它們分別為zhanxing strain,, lulei strain, qiaoyuntao strain,以及選取來自NCBI的GeneBank中12株的已經(jīng)測定CfrA的空場彎曲菌CfrA的基因序列。將本地三株C.jejuni菌株進行細菌復(fù)蘇,培養(yǎng),提取基因組DNA并測序。應(yīng)用SequenceAlignment生物信息學軟件,將得到的全基因組序列與Genbank中NCTC11168序列對照進行比對,了解CfrA基因的突變堿基。應(yīng)用DNAstar Protean軟件對其編碼的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進行對比分析,了解CfrA基因的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)、疏水性特點。應(yīng)用MegAlign軟件,計算序列間的遺傳距離。 將得到的12株C.jejuni菌株的CfrA基因序列根據(jù)遺傳樹分組,應(yīng)用DNASTAR Editseq,MegAlign等生物信息學軟件對CfrA基因序列進行組間的比較,推測可能存在的高變異區(qū)段。應(yīng)用DNAstar Protean軟件對其編碼的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進行對比分析,了解CfrA二級結(jié)構(gòu)、疏水性特點。并分析其遺傳進化關(guān)系. 結(jié)果:本地zhanxing strain,lulei strain,qiaoyuntao strain的CfrA基因均由2091個堿基構(gòu)成,與NCTC11168的cfra基因序列相比,突變率分別為0%;1.4%; 1.3%。疏水性無明顯變化。遺傳距離計算最大為zhanxing株與lulei株距離為1.6%。來自NCBI十二株空腸彎曲桿菌cfra基因中(1)C. jejuni subsp. jejuni 84-25 gcj8425_13(2)C.jejuni subsp. jejuni 260.94c_jejuni_subsp_jejuni_26094_40(3)C.jejuni subsp. doylei 269.97(4) C.jejuni subsp. jejuni CG8421 C493四株存在插入與缺失。余序列均由2091個堿基構(gòu)成,最高變異率為6.79%.堿基高變異的區(qū)段分別為,第一組有高度相似性,高變異區(qū)段為6-147,第二組變異率較高,變異區(qū)段1-1008保守區(qū)段在1059-2075,第三組高變異;蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu),第1組5-54位,524-692位區(qū)段二級結(jié)構(gòu)有變異。第2組1-24位區(qū)段520-692位區(qū)段二級結(jié)構(gòu)有變異。各個區(qū)段位于表面的可能性均較小。疏水性均無明顯變化。遺傳距離計算最大為S3B株與M76297株距離為5.5%。 結(jié)論:15株菌株除四株外均顯示較高的保守性。對它們的序列同源性進行了對比,表明Cfra基因的同一性的水平波動在93%-100%。zhanxing strain, lulei strain, qiaoyuntao strain遺傳距離較小,可能反映了河北地區(qū)空腸彎曲菌在進化上存在一定的聚類現(xiàn)象,推測具有的區(qū)域特征。第三組菌株的高變異情況,推測空腸彎曲菌鐵攝取系統(tǒng)的表面受體基因可能不是單一的,而是多個基因共同作用的結(jié)果;或者,菌株可能含有同源性鐵調(diào)節(jié)外膜蛋白,總之本研究中的15株菌株的序列對比的情況為建立研究華北地區(qū)菌株的地域性特點及對空腸彎曲菌感染的監(jiān)測及疫苗的制備奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective: to analyze the nucleotide and amino acid sequence characteristics of CfrA sequence by comparing the CfrA, ferric enterobactin receptor, and iron absorption related receptor of Campylobacter jejuni (C.jejuni), and to understand the mutation base of the CfrA gene, the two stage structure of the protein and the hydrophobicity of the protein, and to speculate on the possible high variation section. The genetic evolution relationship was analyzed to provide basic information for C.jejuni vaccine research.
Methods: the feces of patients who were isolated from the neurology department of the Second Affiliated Hospital of Hebei Medical University were selected and 3 strains of C.jejuni, which were confirmed to be Gillain Barre syndrome, were Zhanxing strain, Lulei strain, qiaoyuntao strain, and 12 strains of GeneBank from NCBI were selected. The gene sequence of CfrA of Campylobacter CfrA was measured. Three local strains of C.jejuni strains were resuscitation, cultured, and genomic DNA was extracted and sequenced. The whole genome sequence was compared with the NCTC11168 sequence in Genbank by SequenceAlignment bioinformatics software, and the mutation base of the CfrA gene was understood. DNAst AR Protean software contrasts its encoded protein structure to understand the two level structure and hydrophobicity of the protein of the CfrA gene, and uses the MegAlign software to calculate the genetic distance between the sequences.
The CfrA gene sequences of 12 strains of C.jejuni strain were grouped according to the genetic tree, and the DNASTAR Editseq, MegAlign and other bioinformatics software were used to compare the sequences of CfrA genes to speculate on the possible high variation section. The DNAstar Protean software was used to compare and analyze the egg white structure encoded by the DNAstar Protean software, and to understand the CfrA two junction. The characteristics of hydrophobicity were analyzed and their genetic evolution relationship was analyzed.
Results: the CfrA gene of local Zhanxing strain, Lulei strain and qiaoyuntao strain was composed of 2091 bases. Compared with the CFRA gene sequence of NCTC11168, the mutation rate was 0% and 1.4%, and the hydrophobicity of 1.3%. was not obviously changed. The maximum distance between Zhanxing strain and Lulei strain was from Twelve Strains of Campylobacter jejuni. The gene (1) C. jejuni subsp. jejuni 84-25 gcj8425_13 (2) C.jejuni subsp. jejuni 260.94c_jejuni_subsp_jejuni_26094_40 (3) C.jejuni subsp. doylei 269.97 (4) exists insertion and deletion. The residual sequence is composed of 2091 bases, and the highest variation rate is the section of high variation of base base. The first group is highly similar, the high variation section is 6-147, the second groups have a high variation rate, the 1-1008 conservative section of the variation section is 1059-2075, and the third groups are high variation; the protein two structure, first group 5-54, and 524-692 bit section two structure have variation. The second groups of 520-692 section of 520-692 districts have variation. Each section is located in the section. There was no significant change in the surface hydrophobicity. The largest genetic distance was S3B and M76297 5.5%..
Conclusion: the 15 strains of the 15 strains showed high conservatism, and their sequence homology showed that the genetic distance of the homogeneity of the Cfra gene was fluctuating in 93%-100%.zhanxing strain, Lulei strain and qiaoyuntao strain, which may reflect the evolution of Campylobacter jejuni in Hebei. The high variation of the third groups of strains, speculates that the surface receptor gene of the ferric uptake system of Campylobacter jejuni may not be single, but the result of multiple genes, or the strain may contain homologous iron regulating outer membrane protein, and in a word, the sequence comparison of the 15 strains in this study The study laid a foundation for establishing the regional characteristics of the strains in North China and monitoring the Campylobacter jejuni infection and the preparation of the vaccine.
【學位授予單位】：河北醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2011
【分類號】：R378

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本文編號：2107326