本文選題：剛地弓形蟲　切入點：TgROP　出處：《中國病原生物學(xué)雜志》2017年09期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的對剛地弓形蟲棒狀體蛋白10(TgROP10)進行生物信息學(xué)預(yù)測,分析其免疫原性。方法運用生物信息學(xué)在線分析程序ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM、SignalP-4.1、TargetP1.1Server、SOPMA、MotifScan、SWISS-MODEL、SYFPEITHI和Bcepred等并結(jié)合生物信息學(xué)軟件DNASTAR和DNAMAN分析預(yù)測TgROP10的理化性質(zhì)、可溶性、親疏水性、跨膜結(jié)構(gòu)域、信號肽、胞內(nèi)定位、二級結(jié)構(gòu)、蛋白翻譯后修飾位點、三級結(jié)構(gòu)、柔韌性、表面可及性和B細胞、T細胞抗原表位等。結(jié)果 TgROP10蛋白由586個氨基酸組成,分子式為C2562H4045N739O964S9,分子質(zhì)量單位(Mr)為60.912 21×103,理論等電點為4.19,吸光度值為0.476,半衰期為30h,不穩(wěn)定系數(shù)為55.56,脂溶性指數(shù)為56.25,總平均親水性系數(shù)為-0.699,屬于親水性蛋白;該蛋白無跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域,信號肽切割位點在22-23位氨基酸之間,亞細胞定位預(yù)測可能是分泌蛋白;二級結(jié)構(gòu)中α螺旋和β折疊分別占26.79%和13.31%,β轉(zhuǎn)角和無規(guī)則卷曲分別占6.48%和53.41%,有6種翻譯后修飾位點,15個B細胞抗原表位,3個CTL細胞抗原表位,12個Th細胞抗原表位,28個親水性參數(shù)得分1.9的區(qū)域,15個柔韌性參數(shù)得分2.0的區(qū)域,27個表面可及性參數(shù)得分1.9的區(qū)域,3個暴露表面參數(shù)得分2.3的區(qū)域。結(jié)論生物信息學(xué)預(yù)測TgROP10含多個抗原表位,具有免疫原性,可作為弓形蟲疫苗備選蛋白。
[Abstract]:Objective to predict and analyze the immunogenicity of Toxoplasma gondii (TGROP10) by bioinformatics. Methods the physicochemical properties of Toxoplasma gondii were predicted by using the bioinformatics online analysis program ProtParamia so sui. TMHMMMM-SignalP-1.1 TargetP1.1 Server SOPMAMotifScanSWISS-MODELS-MOFPEITHI and Bcepred, combined with bioinformatics software DNASTAR and DNAMAN to predict the physical and chemical properties of TgROP10. Soluble, hydrophobic, transmembrane domain, signal peptide, intracellular localization, secondary structure, protein post-translational modification site, tertiary structure, flexibility, Results the TgROP10 protein was composed of 586 amino acids. The molecular formula is C2562H4045N739O964S9, the unit of molecular weight is 60.91221 脳 10 ~ 3, the theoretical isoelectric point is 4.19, the absorbance is 0.476, the half-life is 30 h, the instability coefficient is 55.56, the lipid solubility index is 56.25, the total average hydrophilic coefficient is -0.699, which belongs to hydrophilic protein. The signal peptide cleavage site is between 22 and 23 amino acids, and the subcellular localization may be secretory protein. 偽 helix and 尾 folding accounted for 26.79% and 13.31 in the secondary structure, 6.48% and 53.41 in 尾 rotation and irregular crimp, respectively. There were 6 posttranslational modified sites, 15 B cell antigen epitopes, 3 CTL cell antigen epitopes and 12 Th cell antigen epitopes. There were 1. 9 areas with hydrophilic parameter score, 15 areas with flexibility parameter score 2. 0, 27 areas with surface accessibility parameter 1. 9 and 3 areas with exposure surface parameter score 2. 3. Conclusion Bioinformatics predicts that TgROP10 contains multiple antigenic epitopes. It has immunogenicity and can be used as an alternative protein for Toxoplasma gondii vaccine.
【作者單位】： 河北北方學(xué)院病原生物學(xué)與免疫學(xué)研究所;
【基金】：河北省自然科學(xué)基金項目(No.H2013405091) 河北北方學(xué)院校級重大課題(No.ZD201312)
【分類號】：R382.5

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本文編號：1603274