本文關(guān)鍵詞： 日本血吸蟲 熒光原位雜交 細(xì)菌人工染色體 C帶 基因組物理圖譜 中期染色體 序列分析　出處：《中國(guó)疾病預(yù)防控制中心》2011年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：[目的]應(yīng)用熒光原位雜交技術(shù)構(gòu)建日本血吸蟲基因組物理圖譜草圖,明確日本血吸蟲BAC克隆在日本血吸蟲染色體上的定位,獲取更多相關(guān)信息,探尋定位在性染色體上的BAC克隆,為新的潛在藥物和候選疫苗靶點(diǎn)提供線索,為日本血吸蟲精細(xì)測(cè)序提供基礎(chǔ),為改善現(xiàn)有日本血吸蟲藥物靶點(diǎn)和疫苗研究現(xiàn)況提供幫助。 [方法]從日本血吸蟲細(xì)菌人工染色體克隆文庫(kù)中,隨機(jī)挑選100個(gè)細(xì)菌人工染色體單克隆,抽提獲得這100個(gè)細(xì)菌人工染色體克隆DNA。以安徽貴池陽(yáng)性釘螺為原料,制備獲得日本血吸蟲中期染色體玻片。采用C顯帶方法識(shí)別日本血吸蟲8對(duì)染色體,并計(jì)算20個(gè)日本血吸蟲染色體分裂相中所有染色體的相對(duì)長(zhǎng)度和臂比值。采用熒光原位雜交方法或雙色熒光原位雜交方法,將隨機(jī)挑選的100個(gè)日本血吸蟲BAC克隆DNA標(biāo)記生物素或地高辛作為探針,先與日本血吸蟲中期染色體進(jìn)行雜交,后與FITC-親和素或羅丹明-抗地高辛抗體結(jié)合,最后經(jīng)DAPI熒光染料復(fù)染,觀察BAC克隆在日本血吸蟲中期染色體上的定位。采用雙色熒光原位雜交方法,將分屬于9個(gè)重疊群支架(supercontig)的20個(gè)BAC克隆定位在日本血吸蟲染色體上。選擇9個(gè)經(jīng)全序列測(cè)序的BAC克隆,用生物學(xué)信息分析軟件進(jìn)行基因預(yù)測(cè)和基因注釋分析。 [結(jié)果]抽提獲得隨機(jī)挑選的100個(gè)BAC克隆DNA,并預(yù)測(cè)BAC克隆大小主要集中在75kb-140kb之間。以日本血吸蟲陽(yáng)性釘螺為原料,制備獲得300張日本血吸蟲中期染色體玻片。計(jì)算日本血吸蟲染色體臂比值,得到日本血吸蟲核型公式為：2n=6m+6st+4sm(ZZ)和2n=5m+6st+5sm(ZW)。日本血吸蟲染色體經(jīng)C帶分析,獲得日本血吸蟲8對(duì)染色體C帶模式圖。采用熒光原位雜交技術(shù)或雙色熒光原位雜交技術(shù)將隨機(jī)挑選的100個(gè)BAC克隆中的97個(gè)BAC克隆分別定位在日本血吸蟲7對(duì)常染色體和1對(duì)性染色體上,其中有22個(gè)定位在1號(hào)染色體；各有14個(gè)定位在2號(hào)和3號(hào)染色體；有9個(gè)定位在4號(hào)染色體；各有3個(gè)定位在5號(hào)、6號(hào)和7號(hào)染色體；有38個(gè)定位在2條性染色體。應(yīng)用雙色熒光原位雜交技術(shù)驗(yàn)證并非所有屬于同一個(gè)supercontig的BAC克隆都定位在相同染色體的同一部位。預(yù)測(cè)9個(gè)經(jīng)全長(zhǎng)測(cè)序的BAC克隆所含的基因和其功能,并選擇蛋白長(zhǎng)度大于90個(gè)氨基酸的序列進(jìn)行翻譯,發(fā)現(xiàn)每個(gè)BAC克隆包含12-25個(gè)不等的蛋白序列。 [結(jié)論]采用熒光原位雜交和雙色熒光原位雜交技術(shù),首次構(gòu)建日本血吸蟲基因組物理圖譜。日本血吸蟲有7對(duì)常染色體和1對(duì)性染色體,按染色體大小,將這8對(duì)染色體分為3組：第一組為1號(hào)染色體和性染色體；第二組為2號(hào)、3號(hào)和4號(hào)染色體；第三組為5號(hào)、6號(hào)和7號(hào)染色體。按染色體臂比值計(jì)算結(jié)果,獲得日本血吸蟲染色體核型公式為2n=6m+6st+4smm(ZZ)和2n=5m+6st+5sm(ZW),初步認(rèn)為日本血吸蟲性染色體Z屬于中部著絲粒染色體,W屬于亞中部著絲粒染色體,不屬于亞端部著絲粒染色體,與曼氏血吸蟲性染色體不同。明確從基因組文庫(kù)中隨機(jī)挑選的97個(gè)BAC克隆在日本血吸蟲8對(duì)染色體上的定位,其中有38個(gè)BAC克隆定位在日本血吸蟲性染色體,這些BAC克隆的序列信息可為今后尋找新的潛在的藥物靶點(diǎn)和疫苗靶點(diǎn)提供線索。對(duì)于前期基因組草圖研究中獲得的supercontig,本研究應(yīng)用雙色熒光原位雜交技術(shù)驗(yàn)證并非所有同屬于一個(gè)supercontig的BAC克隆都定位在同一個(gè)染色體的相同或相近部位,說(shuō)明日本血吸蟲基因組草圖拼裝方法有待改進(jìn)。用生物學(xué)信息軟件分析了9個(gè)BAC克隆序列,并預(yù)測(cè)每個(gè)BAC克隆包含12-25個(gè)不等的蛋白序列及其功能,為將來(lái)目的基因信息挖掘提供幫助。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2011
【分類號(hào)】：R346

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1552845