本文關(guān)鍵詞：Affymetrix基因芯片原始數(shù)據(jù)噪聲分析與應(yīng)用　出處：《中國(guó)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào)》2011年03期 　論文類型：期刊論文

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【摘要】：基于雜交原理的生物芯片技術(shù)由于實(shí)驗(yàn)中非特異性雜交的存在,導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)包含較高的噪聲。針對(duì)目前廣泛使用的Affymetrix GeneChip屮基因芯片,通過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析研究,得到探針中間3個(gè)核苷酸序列和MM探針與PM探針灰度比值的對(duì)應(yīng)關(guān)系;將該對(duì)應(yīng)關(guān)系嵌入到基因表達(dá)水平的計(jì)算中,以改進(jìn)原有的一個(gè)先進(jìn)的計(jì)算基因表達(dá)水平的概率模型mmgMOS。通過(guò)在標(biāo)準(zhǔn)的spike-in數(shù)據(jù)集和一個(gè)真實(shí)的老鼠胚胎數(shù)據(jù)集上的測(cè)試,證明改進(jìn)的模型有效地提高了基因表達(dá)水平計(jì)算的精度,同時(shí)顯著地提高了計(jì)算效率,在一定程度上降低了非特異性雜交引起的噪聲影響。
[Abstract]:Biochip technology based on hybridization principle is due to the existence of non-specific hybridization in experiments. As a result, the experimental data contain high noise. Based on the widely used Affymetrix GeneChip gene chip, the original data are analyzed and studied. The three nucleotide sequences in the middle of the probe and the gray ratio of MM probe to PM probe were obtained. The corresponding relation is embedded in the calculation of gene expression level. To improve an advanced probability model for calculating gene expression levels, mmgMOS. was tested on standard spike-in data sets and a real mouse embryo data set. It is proved that the improved model can effectively improve the accuracy of gene expression level calculation, at the same time significantly improve the computational efficiency and reduce the noise effect caused by non-specific hybridization to a certain extent.
【作者單位】： 南京航空航天大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;淮陰工學(xué)院計(jì)算機(jī)工程學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(60703016) 教育部高校博士點(diǎn)基金(20070287051) 教育部留學(xué)回國(guó)科研啟動(dòng)基金 南京航空航天大學(xué)基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)(NS2010104)
【分類號(hào)】：O422.8
【正文快照】： 引言隨著人類基因組計(jì)劃的完成,使人類及其他多種生物的核苷酸構(gòu)成得以測(cè)序�？茖W(xué)家們研究的重點(diǎn)轉(zhuǎn)為分析這些基因的功能以及基因之間的相互關(guān)系,希望通過(guò)認(rèn)識(shí)基因互相作用的機(jī)理來(lái)揭示生命的奧秘,進(jìn)而延長(zhǎng)人類的壽命,提高人類的生活質(zhì)量。為了研究基因之間復(fù)雜的調(diào)控關(guān)系,近1

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本文編號(hào)：1364816