RKD (RWP-RK domain protein)蛋白是植物中重要且保守的一類(lèi)轉(zhuǎn)錄因子,模式植物擬南芥(Arabidopsis thaliana)中的研究表明其在配子發(fā)育與胚胎發(fā)生中具有至關(guān)重要的作用�；谌蚪M公開(kāi)數(shù)據(jù),利用RWPRK保守氨基酸序列模型進(jìn)行檢索,在3種薔薇科果樹(shù)蘋(píng)果(Malus pumila)、西洋梨(Pyrus communis)、桃(Prunus persica)中分別篩選到10個(gè)MpRKD、8個(gè)PcRKD、4個(gè)PpRKD成員。通過(guò)比較基因組學(xué)分析,對(duì)蘋(píng)果、梨、桃RKD基因的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系、結(jié)構(gòu)域組成與差異、核酸信號(hào)序列與蛋白結(jié)構(gòu)比較進(jìn)行初步探究。蘋(píng)果、梨、桃RKD蛋白與擬南芥、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula) RKD蛋白聚類(lèi)提示存在兩類(lèi)RKD蛋白,即Ⅰ類(lèi)蛋白與Ⅱ類(lèi)蛋白,其中Ⅰ類(lèi)蛋白分為Ⅰ-1～Ⅰ-3三個(gè)分支。多序列比對(duì)與保守位點(diǎn)分析發(fā)現(xiàn)4組RKD已出現(xiàn)分化;在結(jié)構(gòu)域組成上,部分RKD成員(MpRKD5和PcRKD7等)還具有除RWP-RK結(jié)構(gòu)域的其他結(jié)構(gòu)域,同時(shí)利用蛋白三維建模比較它們之間的差異,暗示此類(lèi)蛋白產(chǎn)生亞功能化或新功能化現(xiàn)象。在R...

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【部分圖文】：

圖1蘋(píng)果、梨、桃RKD蛋白系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系

為了比較蘋(píng)果、西洋梨、桃中RKD蛋白的親緣關(guān)系與系統(tǒng)分類(lèi),我們對(duì)上文鑒定的RKD轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行進(jìn)化發(fā)育與層次聚類(lèi)分析,最終得到RKD蛋白系譜樹(shù)(包括5個(gè)擬南芥RKD序列和4個(gè)蒺藜苜蓿RKD序列),結(jié)果如圖1所示。在進(jìn)化樹(shù)中,RKD蛋白主要存在兩類(lèi)分支,由此可分為I類(lèi)蛋白與II類(lèi)蛋白....

圖2蘋(píng)果、梨、桃RKD氨基酸多序列比對(duì)及位點(diǎn)保守性

為了探究上文進(jìn)化樹(shù)RKD各亞群之間的差異,我們進(jìn)行了氨基酸多序列比對(duì)與RWP-RK區(qū)域的保守位點(diǎn)分析。結(jié)合上文5個(gè)物種RKD蛋白分組,從圖2-A中可以看出,I類(lèi)蛋白與II類(lèi)蛋白R(shí)WP-RK保守結(jié)構(gòu)域(約50個(gè)氨基酸)存在明顯區(qū)分,I類(lèi)蛋白I-1～I(xiàn)-3三個(gè)亞組組間RWP-RK區(qū)段....

圖3蘋(píng)果、梨、桃RKD保守基序分布

為了更全面地了解4組RKD保守基序組成元件的異同,我們對(duì)RKD氨基酸序列進(jìn)行保守模體鑒定。結(jié)合前文多序列比對(duì)結(jié)果,由圖3可知,除梨PcRKD2與桃PpRKD1的RWP-RK區(qū)段C端差異較大或缺失外(沒(méi)有掃描到Motif5),其余所有序列均存在Motif1和Motif5相....

圖43個(gè)RKD蛋白(PpRKD1、MpRKD5和PcRKD7)的結(jié)構(gòu)域與三級(jí)結(jié)構(gòu)模式圖

在本文中,除了典型的RWP-RK結(jié)構(gòu)域,部分RKD成員還存在其他的結(jié)構(gòu)域,我們利用Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)22個(gè)成員重新掃描(圖4-A僅列出RKD代表成員)。分析可得,有5個(gè)RKD蛋白額外具有其他的結(jié)構(gòu)域,其中,MpRKD5和PcRKD4序列中還含有PPR結(jié)構(gòu)域以及C末端的DYW結(jié)構(gòu)....

本文編號(hào)：3901643