火龍果SSR分子標(biāo)記核心引物的篩選
發(fā)布時間:2022-08-04 16:58
為了篩選出適合火龍果種質(zhì)資源遺傳多樣性分析和品種鑒定的SSR核心引物,以遺傳背景差異較大的8份火龍果種質(zhì)資源對已報道的20對火龍果SSR引物和本課題組轉(zhuǎn)錄組測序開發(fā)的100對EST-SSR引物進行初步篩選,篩選出引物36對。再利用18份形態(tài)差異較大、不同來源的火龍果種質(zhì)資源對初篩引物進行復(fù)篩和驗證,篩選出24對SSR核心引物,并通過遺傳多樣性分析和聚類分析驗證引物的有效性。24對核心引物對18份火龍果種質(zhì)資源進行遺傳多樣性分析,共得到117個等位基因,平均每個位點等位基因數(shù)(Na) 4.88個,有效等位基因數(shù)(Ne)為2.341,期望雜合度(He)為0.516,多態(tài)性信息含量指數(shù)(PIC)平均為0.471,說明引物的多態(tài)性較高,能夠有效揭示18份火龍果種質(zhì)資源的遺傳多樣性。篩選出的24對SSR引物,帶型清晰、穩(wěn)定,多態(tài)性較高,可作為核心引物用于現(xiàn)有的火龍果種質(zhì)資源鑒定和遺傳多樣性分析等研究。
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1材料
1.1.1火龍果材料
1.2方法
1.2.1 DNA提取
1.2.2 SSR引物合成
1.2.3核心引物的初步篩選
1.2.4核心引物的復(fù)篩和驗證
1.2.5數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計分析
2結(jié)果與分析
2.1 SSR核心引物的篩選
2.2核心引物的多態(tài)性信息
2.3供試材料聚類分析
3 討論與結(jié)論
3.1討論
3.2結(jié)論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于火龍果轉(zhuǎn)錄組測序的SSR標(biāo)記開發(fā)及種質(zhì)親緣關(guān)系分析[J]. 楊仕美,喬光,毛永亞,楊鹍,文曉鵬. 分子植物育種. 2018(24)
[2]火龍果種質(zhì)資源收集保存與初步評價[J]. 黃鳳珠,陸貴鋒,黃黎芳,彭宏祥,鄧海燕,姜建初,覃少麟. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2016(04)
[3]福建地區(qū)火龍果種質(zhì)資源調(diào)查及ISSR分析[J]. 袁亞芳,陳明賢,陳清西,莊衛(wèi)東,鄭金水. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2013(34)
[4]紫紅龍火龍果及其大果型芽變系的ISSR分析[J]. 王彬,鄭偉,宋莎,李興忠,蔡永強. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2013(04)
[5]貴州地方火龍果芽變種質(zhì)DNA指紋圖譜及遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 張冰雪,范付華,喬光,宋莎,文曉鵬,劉濤. 果樹學(xué)報. 2013(04)
[6]江西野生大豆遺傳多樣性分析[J]. 程春明,楊存義,馬啟彬,年海. 植物遺傳資源學(xué)報. 2011(06)
[7]30個粳稻品種SSR標(biāo)記遺傳多樣性分析[J]. 趙慶勇,張亞東,朱鎮(zhèn),趙凌,陳濤,王才林. 植物遺傳資源學(xué)報. 2010(02)
[8]火龍果的營養(yǎng)成分分析[J]. 蔡永強,向青云,陳家龍,彭玉基,王彬. 經(jīng)濟林研究. 2008(04)
[9]SSR熒光標(biāo)記和銀染技術(shù)的比較分析[J]. 郝晨陽,王蘭芬,賈繼增,董玉琛,張學(xué)勇. 作物學(xué)報. 2005(02)
[10]21世紀(jì)保健食品——火龍果[J]. 李興華. 云南農(nóng)業(yè). 2001(07)
本文編號:3669925
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1材料
1.1.1火龍果材料
1.2方法
1.2.1 DNA提取
1.2.2 SSR引物合成
1.2.3核心引物的初步篩選
1.2.4核心引物的復(fù)篩和驗證
1.2.5數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計分析
2結(jié)果與分析
2.1 SSR核心引物的篩選
2.2核心引物的多態(tài)性信息
2.3供試材料聚類分析
3 討論與結(jié)論
3.1討論
3.2結(jié)論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于火龍果轉(zhuǎn)錄組測序的SSR標(biāo)記開發(fā)及種質(zhì)親緣關(guān)系分析[J]. 楊仕美,喬光,毛永亞,楊鹍,文曉鵬. 分子植物育種. 2018(24)
[2]火龍果種質(zhì)資源收集保存與初步評價[J]. 黃鳳珠,陸貴鋒,黃黎芳,彭宏祥,鄧海燕,姜建初,覃少麟. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2016(04)
[3]福建地區(qū)火龍果種質(zhì)資源調(diào)查及ISSR分析[J]. 袁亞芳,陳明賢,陳清西,莊衛(wèi)東,鄭金水. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2013(34)
[4]紫紅龍火龍果及其大果型芽變系的ISSR分析[J]. 王彬,鄭偉,宋莎,李興忠,蔡永強. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2013(04)
[5]貴州地方火龍果芽變種質(zhì)DNA指紋圖譜及遺傳多樣性的ISSR分析[J]. 張冰雪,范付華,喬光,宋莎,文曉鵬,劉濤. 果樹學(xué)報. 2013(04)
[6]江西野生大豆遺傳多樣性分析[J]. 程春明,楊存義,馬啟彬,年海. 植物遺傳資源學(xué)報. 2011(06)
[7]30個粳稻品種SSR標(biāo)記遺傳多樣性分析[J]. 趙慶勇,張亞東,朱鎮(zhèn),趙凌,陳濤,王才林. 植物遺傳資源學(xué)報. 2010(02)
[8]火龍果的營養(yǎng)成分分析[J]. 蔡永強,向青云,陳家龍,彭玉基,王彬. 經(jīng)濟林研究. 2008(04)
[9]SSR熒光標(biāo)記和銀染技術(shù)的比較分析[J]. 郝晨陽,王蘭芬,賈繼增,董玉琛,張學(xué)勇. 作物學(xué)報. 2005(02)
[10]21世紀(jì)保健食品——火龍果[J]. 李興華. 云南農(nóng)業(yè). 2001(07)
本文編號:3669925
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