為探究地果(Ficus tikoua)的遺傳變異特征,利用Illumina HiSeq-2500平臺獲取地果的基因表達譜。結(jié)果表明,共獲得了197 362個轉(zhuǎn)錄本,總長度和平均長度分別為114 072 125和577 bp。使用BlastX和BlastN共注釋了139 992個轉(zhuǎn)錄本(占總數(shù)的70.93%)。從3個品種葉片和莖的6對樣品中,分別鑒定了12 397、12 340、10 373、94 431、71 830和44 465個差異表達基因,以及注釋了126、129、125、134、138和137條代謝途徑。這將有助于理解地果的遺傳特征,以及不同組織中代謝途徑的變化。

【文章頁數(shù)】：12 頁

【文章目錄】：
1 Materials and methods
    1.1 Plant materials
    1.2 RNA-Seq
    1.3 de novo Assembly and functional annotation
    1.4 Gene expression analysis
    1.5 CDS predication
    1.6 SSR and SNP analysis
2 Results
    2.1 RNA sequencing and de novo assembly
    2.2 Functional annotation and classification
    2.3 Prediction of coding sequences(CDSs)
    2.4 Analysis of differential gene expression
    2.5 GO enrichment analysis of DEGs
    2.6 KEGG enrichment analysis of DEGs
    2.7 SNPs and SSRs in the transcriptome library
3 Discussion



本文編號：4008802