采用RNA-Seq技術(shù),對黃連根莖與須根進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,經(jīng)過trinity軟件組裝得到130 592條Unigenes,平均長度為700bp,其中68976條Unigenes在NR、GO、KEGG、egg NOG、Swiss-Prot和Pfam數(shù)據(jù)庫獲得基因注釋信息,僅占全部Unigenes的52.82%。39 572個Unigene被注釋到GO數(shù)據(jù)庫的生物學(xué)進(jìn)程、細(xì)胞組分和分子功能三大類的52個小類中;參與KEGG的5大類代謝通路,34個代謝路徑,共搜索到24 999個SSR位點,單核苷酸、兩核苷酸和三核苷酸為黃連根部SSR的主要重復(fù)基序。黃連根莖與須根的差異表達(dá)基因有13 496個,在黃連須根中上調(diào)的差異基因有8 375個,下調(diào)的有5 121個。兩者差異基因GO富集分析表明,跟次生代謝相關(guān)進(jìn)程的前5項為次生代謝進(jìn)程、次生代謝物生物合成過程、生物堿代謝過程、異喹啉生物堿生物合成過程和異喹啉生物堿代謝過程。在細(xì)胞組分分類中,膜結(jié)構(gòu)、細(xì)胞壁和外封裝結(jié)構(gòu)為差異基因富集的前三;在分子功能分類中,跟氧化還原酶活性相關(guān)條目占差異基因富集顯著的前四。在KEGG數(shù)據(jù)庫中,共有3749個差異基因定位到...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料及處理
    1.2 RNA提取及測序
    1.3 數(shù)據(jù)的拼接與組裝
    1.4 Unigene注釋及預(yù)測
    1.5 SSR預(yù)測及特征分析
    1.6 基因表達(dá)的差異分析
    1.7 差異基因的富集分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 序列組裝
    2.2 轉(zhuǎn)錄組注釋和分析
        2.2.1 Unigene公共數(shù)據(jù)庫注釋
        2.2.2 Unigene的GO分類
        2.2.3 egg NOG注釋分析
        2.2.4 KEGG注釋分析
        2.2.5 SSR位點預(yù)測
        2.2.6 轉(zhuǎn)錄因子（TF）預(yù)測
    2.3 黃連根莖與須根的基因差異表達(dá)分析
    2.4 差異基因的富集分析
        2.4.1 差異基因的GO富集分析及功能注釋
        2.4.2 差異基因的KEGG富集分析
3 討論與結(jié)論



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