川佛手不同發(fā)育時期的比較轉(zhuǎn)錄組學分析
發(fā)布時間:2023-08-03 20:04
為研究川佛手不同發(fā)育時期轉(zhuǎn)錄水平差異,探究調(diào)控川佛手有效成分生物合成的基因。該研究利用Illumina Hiseq 4000高通量測序技術對不同發(fā)育時期的川佛手果實進行轉(zhuǎn)錄組測序,獲得121 235條unigene,平均長度2 434 bp,利用DESeq篩選獲得3 379個差異基因,主要集中在信號傳導、生物調(diào)控、代謝過程等生物過程,富集到淀粉、蔗糖的代謝、苯丙素的生物合成、類黃酮的生物合成等代謝通路。進一步對川佛手有效成分生物合成相關基因進行動態(tài)比較:PAL,CHI,CYP75B1,ZDS,4CL,FLS的隨著果實由綠變黃表達量呈逐漸上升趨勢;COMT,F3H,CYP73A的表達量呈先升高后降低趨勢;CCR,HCT,HRP呈先下調(diào)后上調(diào)表達。該研究為進一步挖掘川佛手有效成分生物合成過程中的關鍵基因,解析調(diào)控其有效成分生物合成途徑提供研究基礎。
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 材料
1.1 樣品
1.2 儀器
2 方法
2.1 總RNA的提取
2.2 轉(zhuǎn)錄組測序
2.3 下機序列篩選與組裝
2.4 unigene的功能注釋
2.5 差異表達基因的篩選
3 結(jié)果與分析
3.1 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析
3.2 序列比對與注釋信息
3.3 不同發(fā)育時期差異表達基因分析
3.4 不同發(fā)育時期差異表達基因的KEGG代謝通路分析
3.5 佛手有效成分生物合成相關基因的挖掘
4 討論
本文編號:3838723
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1 材料
1.1 樣品
1.2 儀器
2 方法
2.1 總RNA的提取
2.2 轉(zhuǎn)錄組測序
2.3 下機序列篩選與組裝
2.4 unigene的功能注釋
2.5 差異表達基因的篩選
3 結(jié)果與分析
3.1 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析
3.2 序列比對與注釋信息
3.3 不同發(fā)育時期差異表達基因分析
3.4 不同發(fā)育時期差異表達基因的KEGG代謝通路分析
3.5 佛手有效成分生物合成相關基因的挖掘
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