馬藍(lán)鄰氨基苯甲酸合成酶基因的克隆及生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2022-02-24 00:31
鄰氨基苯甲酸合成酶(AS)由α亞基和β亞基組成,是存在于植物細(xì)胞中催化生成色氨酸的復(fù)合酶。本研究采用RT-PCR技術(shù),從野生馬藍(lán)中克隆得到一個編碼鄰氨基苯甲酸合成酶α亞基同源基因的cDNA片段,命名為BcASA (GenBank登錄號:MH976794)。序列分析表明,該cDNA片段全長1 110 bp,利用NCBI ORF Finder預(yù)測顯示包含一個915 bp的開放閱讀框,預(yù)測編碼一條含370個氨基酸的多肽,分子量約為41.29 kD,理論等電點(diǎn)為9.38。生物信息學(xué)分析表明,BcASA屬于定位在葉綠體中的親水性蛋白,二級結(jié)構(gòu)主要為α螺旋。系統(tǒng)發(fā)育分析表明,野生馬藍(lán)BcASA蛋白與芝麻的AS在進(jìn)化上種屬關(guān)系最近。本研究結(jié)果可為研究鄰氨基苯甲酸合成酶在催化馬藍(lán)有效成分形成過程中的作用及其代謝調(diào)控提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。
【文章來源】:基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(12)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 馬藍(lán)Bc ASA蛋白基因的克隆
1.2 Bc ASA蛋白生物信息學(xué)分析
1.2.1 Bc ASA蛋白理化性質(zhì)分析
1.2.2 親疏水性分析
1.2.3 跨膜結(jié)構(gòu)和信號肽預(yù)測
1.2.4 亞細(xì)胞定位預(yù)測
1.2.5 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
1.2.6 氨基酸磷酸化位點(diǎn)預(yù)測
1.2.7 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
1.2.8 Bc ASA保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測
1.2.9 Bc ASA氨基酸序列同源性比對和系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
2 討論
3 材料與方法
3.1 材料
3.2 RNA的提取和c DNA第一鏈的合成
3.3 引物設(shè)計
3.4 生物信息學(xué)分析
作者貢獻(xiàn)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]微生物莽草酸代謝途徑的研究進(jìn)展[J]. 陳園,趙淑娟. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(07)
[2]β-葡萄糖苷酶Bgl2238生物信息學(xué)分析[J]. 黃慶,唐樂麗,王曉萌,范新炯,李荷. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(04)
[3]馬藍(lán)種質(zhì)資源研究進(jìn)展[J]. 周正,郭志英,譚何新,劉佳穎,刁勇,張磊. 藥學(xué)實(shí)踐雜志. 2017(01)
[4]馬藍(lán)次生代謝產(chǎn)物研究進(jìn)展[J]. 曾美娟,刁勇. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2016(20)
[5]植物中鄰氨基苯甲酸合成酶的研究進(jìn)展[J]. 錢旭,于可濟(jì),袁冠紳,楊航宇,潘秋紅,朱保慶. 熱帶生物學(xué)報. 2015(04)
本文編號:3641605
【文章來源】:基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(12)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 馬藍(lán)Bc ASA蛋白基因的克隆
1.2 Bc ASA蛋白生物信息學(xué)分析
1.2.1 Bc ASA蛋白理化性質(zhì)分析
1.2.2 親疏水性分析
1.2.3 跨膜結(jié)構(gòu)和信號肽預(yù)測
1.2.4 亞細(xì)胞定位預(yù)測
1.2.5 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
1.2.6 氨基酸磷酸化位點(diǎn)預(yù)測
1.2.7 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
1.2.8 Bc ASA保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測
1.2.9 Bc ASA氨基酸序列同源性比對和系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
2 討論
3 材料與方法
3.1 材料
3.2 RNA的提取和c DNA第一鏈的合成
3.3 引物設(shè)計
3.4 生物信息學(xué)分析
作者貢獻(xiàn)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]微生物莽草酸代謝途徑的研究進(jìn)展[J]. 陳園,趙淑娟. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(07)
[2]β-葡萄糖苷酶Bgl2238生物信息學(xué)分析[J]. 黃慶,唐樂麗,王曉萌,范新炯,李荷. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(04)
[3]馬藍(lán)種質(zhì)資源研究進(jìn)展[J]. 周正,郭志英,譚何新,劉佳穎,刁勇,張磊. 藥學(xué)實(shí)踐雜志. 2017(01)
[4]馬藍(lán)次生代謝產(chǎn)物研究進(jìn)展[J]. 曾美娟,刁勇. 中國農(nóng)學(xué)通報. 2016(20)
[5]植物中鄰氨基苯甲酸合成酶的研究進(jìn)展[J]. 錢旭,于可濟(jì),袁冠紳,楊航宇,潘秋紅,朱保慶. 熱帶生物學(xué)報. 2015(04)
本文編號:3641605
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