基于比較轉(zhuǎn)錄組的夏枯草組織差異表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-01 06:01
目的分析夏枯草Prunella vulgaris果穗、莖、葉片轉(zhuǎn)錄組,挖掘夏枯草次生代謝產(chǎn)物生物合成的功能及調(diào)節(jié)基因。方法利用Illumina高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)夏枯草不同組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,并從差異表達(dá)的基因中鑒定次生代謝物生物合成的相關(guān)酶基因。結(jié)果在夏枯草的3個(gè)不同組織的轉(zhuǎn)錄本中,共有8 270個(gè)Unigenes在至少2個(gè)樣品間差異顯著。對(duì)不同組織差異表達(dá)的基因進(jìn)行KEGG富集分析,結(jié)果表明,不同組織中苯丙素類生物合成的基因表達(dá)均有較大的變化。在夏枯草差異基因中分別搜索三萜類和酚酸類生物合成途徑的關(guān)鍵酶,共鑒定到31個(gè)三萜類生物合成相關(guān)的Unigene,16個(gè)酚酸類生物合成相關(guān)的Unigenes,113個(gè)P450相關(guān)的Unigenes。結(jié)論本研究為后續(xù)發(fā)掘夏枯草次生物質(zhì)代謝合成途徑相關(guān)功能基因提供依據(jù),也為夏枯草次生代謝物的生物合成調(diào)控研究奠定基礎(chǔ)。
【文章來(lái)源】:中草藥. 2020,51(13)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【部分圖文】:
夏枯草三萜類(A)和酚酸類(B)成分生物合成相關(guān)差異表達(dá)基因聚類分析
對(duì)識(shí)別到的差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋,各差異表達(dá)基因集注釋到的基因數(shù)量統(tǒng)計(jì)結(jié)果見(jiàn)表2,在果穗和葉、果穗和莖、葉和莖之間的差異表達(dá)基因集中,分別有4 837(79.72%)、4 396(80.10%)、3 771(80.54%)個(gè)Unigenes被Nr數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。3.3 差異表達(dá)基因KEGG代謝通路富集分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]夏枯草三萜和酚酸類合成相關(guān)的MYB轉(zhuǎn)錄因子的挖掘及分析[J]. 朱畇昊,張夢(mèng)佳,李璐,趙樂(lè),董誠(chéng)明. 中草藥. 2019(09)
[2]夏枯草的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與次生代謝產(chǎn)物生物合成相關(guān)基因的挖掘[J]. 朱畇昊,張夢(mèng)佳,李璐,趙樂(lè),董誠(chéng)明. 中草藥. 2019(05)
[3]夏枯草的化學(xué)成分及其三萜成分的抗腫瘤活性研究[J]. 柏玉冰,李春,周亞敏,皮勝玲,夏伯候,李亞梅,林麗美,廖端芳. 中草藥. 2015(24)
[4]藥用植物轉(zhuǎn)錄組研究進(jìn)展[J]. 王堯龍,黃璐琦,袁媛,查良平. 中國(guó)中藥雜志. 2015(11)
[5]夏枯草苯丙氨酸解氨酶基因的克隆與表達(dá)分析[J]. 許鋒,曹騰,寧迎晶,蔣麗陽(yáng),張威威,程水源. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2012(01)
[6]優(yōu)化施肥對(duì)夏枯草果穗干物質(zhì)及其產(chǎn)量的效應(yīng)分析[J]. 郭巧生,陳宇航,劉麗,王澄亞,張賢秀. 中國(guó)中藥雜志. 2011(21)
[7]夏枯草不同部位活性成分含量動(dòng)態(tài)研究[J]. 王玉霞,尹金寶,郭巧生,肖云華. 中國(guó)中藥雜志. 2011(06)
[8]氮素不同形態(tài)配比對(duì)夏枯草苗期生長(zhǎng)及光合特性的影響[J]. 于曼曼,劉麗,郭巧生,姚瓊,趙寧,陳宇航. 中國(guó)中藥雜志. 2011(05)
[9]夏枯草不同器官主要藥用成分積累規(guī)律[J]. 劉萍,袁保剛,尹丹丹,苗芳. 西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2010(10)
[10]不同水分處理對(duì)夏枯草花期生長(zhǎng)和生理特性的影響[J]. 郭巧生,周黎君,武征,張志遠(yuǎn). 中草藥. 2010(10)
博士論文
[1]夏枯草迷迭香酸生物合成途徑酪氨酸支路關(guān)鍵酶基因的克隆與功能研究[D]. 汝梅.中國(guó)科學(xué)院教育部水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心 2017
本文編號(hào):3561763
【文章來(lái)源】:中草藥. 2020,51(13)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【部分圖文】:
夏枯草三萜類(A)和酚酸類(B)成分生物合成相關(guān)差異表達(dá)基因聚類分析
對(duì)識(shí)別到的差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋,各差異表達(dá)基因集注釋到的基因數(shù)量統(tǒng)計(jì)結(jié)果見(jiàn)表2,在果穗和葉、果穗和莖、葉和莖之間的差異表達(dá)基因集中,分別有4 837(79.72%)、4 396(80.10%)、3 771(80.54%)個(gè)Unigenes被Nr數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。3.3 差異表達(dá)基因KEGG代謝通路富集分析
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]夏枯草三萜和酚酸類合成相關(guān)的MYB轉(zhuǎn)錄因子的挖掘及分析[J]. 朱畇昊,張夢(mèng)佳,李璐,趙樂(lè),董誠(chéng)明. 中草藥. 2019(09)
[2]夏枯草的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與次生代謝產(chǎn)物生物合成相關(guān)基因的挖掘[J]. 朱畇昊,張夢(mèng)佳,李璐,趙樂(lè),董誠(chéng)明. 中草藥. 2019(05)
[3]夏枯草的化學(xué)成分及其三萜成分的抗腫瘤活性研究[J]. 柏玉冰,李春,周亞敏,皮勝玲,夏伯候,李亞梅,林麗美,廖端芳. 中草藥. 2015(24)
[4]藥用植物轉(zhuǎn)錄組研究進(jìn)展[J]. 王堯龍,黃璐琦,袁媛,查良平. 中國(guó)中藥雜志. 2015(11)
[5]夏枯草苯丙氨酸解氨酶基因的克隆與表達(dá)分析[J]. 許鋒,曹騰,寧迎晶,蔣麗陽(yáng),張威威,程水源. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2012(01)
[6]優(yōu)化施肥對(duì)夏枯草果穗干物質(zhì)及其產(chǎn)量的效應(yīng)分析[J]. 郭巧生,陳宇航,劉麗,王澄亞,張賢秀. 中國(guó)中藥雜志. 2011(21)
[7]夏枯草不同部位活性成分含量動(dòng)態(tài)研究[J]. 王玉霞,尹金寶,郭巧生,肖云華. 中國(guó)中藥雜志. 2011(06)
[8]氮素不同形態(tài)配比對(duì)夏枯草苗期生長(zhǎng)及光合特性的影響[J]. 于曼曼,劉麗,郭巧生,姚瓊,趙寧,陳宇航. 中國(guó)中藥雜志. 2011(05)
[9]夏枯草不同器官主要藥用成分積累規(guī)律[J]. 劉萍,袁保剛,尹丹丹,苗芳. 西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2010(10)
[10]不同水分處理對(duì)夏枯草花期生長(zhǎng)和生理特性的影響[J]. 郭巧生,周黎君,武征,張志遠(yuǎn). 中草藥. 2010(10)
博士論文
[1]夏枯草迷迭香酸生物合成途徑酪氨酸支路關(guān)鍵酶基因的克隆與功能研究[D]. 汝梅.中國(guó)科學(xué)院教育部水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心 2017
本文編號(hào):3561763
本文鏈接:http://www.sikaile.net/wenshubaike/shenghuobaike/3561763.html
最近更新
教材專著