以長(zhǎng)白山豬苓菌絲體和陜西豬苓菌絲體為研究材料進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,分析豬苓多糖生物合成的代謝途徑,初步探討其參與代謝過(guò)程的表達(dá)差異基因。通過(guò)對(duì)轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控共得到20 999個(gè)Unigene。長(zhǎng)白山豬苓與陜西豬苓菌絲體相比共有5 881個(gè)表達(dá)差異基因,長(zhǎng)白山豬苓菌絲體上調(diào)表達(dá)的基因有2 616個(gè),下調(diào)表達(dá)基因有3 265個(gè)。在氨基糖與核苷酸糖代謝通路中共涉及到28個(gè)基因產(chǎn)物,與其相關(guān)的Unigene共有49條,有13條差異基因參與到8個(gè)基因產(chǎn)物的代謝過(guò)程。在果糖與甘露糖代謝相關(guān)的Unigene共有28個(gè),涉及到20個(gè)基因產(chǎn)物,有4條差異基因參與到8個(gè)基因產(chǎn)物的代謝過(guò)程。該研究為今后深入開(kāi)展豬苓多糖代謝途徑及相關(guān)功能基因等研究提供了基本數(shù)據(jù)。 

【文章來(lái)源】：延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)學(xué)報(bào). 2020,42(04)

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

同源物種分布餅圖

KOG分為26個(gè)group，將KOG注釋成功的基因按KOG的group進(jìn)行分類(lèi)，注釋結(jié)果如圖3所示。在把所有的Unigene注釋到蛋白質(zhì)真核同源數(shù)據(jù)庫(kù)（eukaryotic orthologous groups,KOG）時(shí)，發(fā)現(xiàn)有4 976條Unigene對(duì)應(yīng)25個(gè)KOG類(lèi)別找到了對(duì)應(yīng)的功能信息。根據(jù)統(tǒng)計(jì)分析，在25個(gè)KOG類(lèi)別當(dāng)中，一般功能預(yù)測(cè)類(lèi)（General function prediction only）要比其他類(lèi)更多，共有620條，占12.46%；其次為翻譯后修飾、蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換、伴侶（Posttranslational modification,protein turnover,chaperones）以及翻譯、核糖體結(jié)構(gòu)和生物合成（Translation,ribosomal structure and biogenesis）相關(guān)的基因，分別有564個(gè)和512個(gè)，占11.33%和10.29%；與細(xì)胞運(yùn)動(dòng)（Cell motility）有關(guān)的只有8條，比例僅占0.16%。圖3 KOG功能分類(lèi)圖

KOG功能分類(lèi)圖


本文編號(hào)：3486780