目的明確漢族人群原發(fā)性膽汁性膽管炎(PBC)的易感基因,比較漢族人群與其他種群間PBC易感基因的異同點(diǎn),了解PBC發(fā)病的分子遺傳機(jī)制。方法采用Human Omni Zhong Hua-8 beadchip基因芯片對(duì)漢族人群1127例PBC患者和4074例對(duì)照者進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS),采用Sequenom Mass Array平臺(tái)對(duì)驗(yàn)證階段的907例PBC患者和2127例對(duì)照者進(jìn)行基因分型,最終的合并分析包括2029例PBC患者和6163例對(duì)照者。采用Leica全自動(dòng)免疫組化系統(tǒng)對(duì)PBC患者的肝活檢組織切片進(jìn)行IL21/IL21R免疫組化分析。結(jié)果在初篩階段,在HLA區(qū)域和8個(gè)非HLA區(qū)域的CD58、STAT4、CD28-CTLA4-ICOS、CD80、TNSF15、CXCR5、IL-21R、ARID3A分別有179個(gè)和39個(gè)SNP的P值達(dá)到GWAS顯著性水平,從中選擇HLA區(qū)域的2個(gè)SNP和24個(gè)非HLA位點(diǎn)的32個(gè)SNP進(jìn)行驗(yàn)證分析,驗(yàn)證分析結(jié)果證實(shí)位于HLA區(qū)域的HLA-DRA基因的變異位點(diǎn)rs9268644與PBC的相關(guān)性最為顯著,位于非HLA區(qū)域的TNFSF15、17...

【文章頁數(shù)】：129 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖3-1本研究PBC患者和對(duì)照人群的地理分布

研究對(duì)象均來自中國東部地區(qū),民族自稱為漢族(見圖3-1)。依據(jù)我們的對(duì)照者和PBC患者入選標(biāo)準(zhǔn)和研究階段質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)(見2.8.1和2.8.2),共納入6163例對(duì)照者,其中男性2880例,女性3283例,男女對(duì)照者比例接近1:1;共納入2029例PBC患者,其中男性290例,女....

圖3-2部分樣本基因組DNA凝膠電泳檢測圖

對(duì)利用高鹽法所提取的所有基因組DNA在Nanodrop紫外分光光度計(jì)進(jìn)行純度檢測,OD260/280比值為1.8-2.0。基因組DNA經(jīng)0.8%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,圖3-2展示部分樣本的結(jié)果,顯示合格樣本均為單一的大片段。3.初篩階段樣本質(zhì)量和SNP分型數(shù)據(jù)分析結(jié)果

圖3-3PBC患者和對(duì)照者PCA分析

本研究是首次利用漢族人群的GWAS研究數(shù)據(jù),在全基因組范圍內(nèi)搜尋漢族人群PBC易感基因/位點(diǎn)。結(jié)果顯示,在HLA區(qū)域有179個(gè)SNP及在8個(gè)非HLA區(qū)域(CD58、STAT4、CD28-CTLA4-ICOS、CD80、TNSF15、CXCR5、IL-21R、ARID3A)有39個(gè)....

圖3-4漢族人群PBC全基因組關(guān)聯(lián)分析統(tǒng)計(jì)的Q-Q分析圖

圖3-3PBC患者和對(duì)照者PCA分析圖3-5漢族人群GWAS研究曼哈頓圖

本文編號(hào)：3922850