研究背景和目的:食管癌是預(yù)后較差的癌癥,由于侵襲性進展和治療耐藥性,需要臨床監(jiān)測和及時改進治療方案。我們的前期研究中發(fā)現(xiàn)檢測食管癌組織的腫瘤突變負荷（TMB）有助于預(yù)測抗PD1治療療效。但這類患者多為晚期,較難獲得組織標本�；谘h(huán)腫瘤DNA（ctDNA）的無創(chuàng)活檢對多種腫瘤的分子診斷、監(jiān)測療效及預(yù)測復(fù)發(fā)都顯示出較好效果。在肺癌等腫瘤中,基于血ctDNA的TMB（bTMB）對預(yù)測免疫治療療效也顯示出較好效果。但迄今為止,食管癌ctDNA研究和應(yīng)用均較少。本研究旨在基于ctDNA無創(chuàng)活檢對食管癌抗PD-1抗體治療進行bTMB評估、預(yù)后預(yù)測及療效監(jiān)測。方法:1.應(yīng)用己建立的ctDNA檢測新方法（MutationCapsule）,可以對同一份ctDNA標本進行多基因大panel檢測和若干熱點突變的高特異性檢測�；诖思夹g(shù),我們使用覆蓋1280個基因熱點突變的大panel評估食管癌外周血ctDNA的bTMB,并以組織TMB（tTMB）為參照,驗證bTMB作為食管癌免疫治療生物標志物的可行性;2.對食管癌患者進行HLA I類基因分型,評估HLA雜合性與食管癌免疫治療療效和預(yù)后是否相關(guān);3.監(jiān)測c... 

【文章頁數(shù)】：139 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
第一部分: 應(yīng)用液體活檢分析晚期食管癌免疫治療反應(yīng)和潛在生物標志物
    英文縮略詞
    摘要
    ABSTRACT
    前言
    實驗材料
        1. 研究對象
        2. 主要試劑盒和試劑
        3. 主要耗材和儀器設(shè)備
        4. 所用引物
    實驗方法
        1. 實驗流程示意圖
        2. 食管癌樣本收集及臨床信息采集
        3. 組織DNA提取
        4. 外周血白細胞DNA提取
        5. 血漿cfDNA提取
        6. 腫瘤組織及血白細胞基因組DNA片段化
        7. 第二代高通量測序DNA文庫構(gòu)建
        8. 探針雜交富集及全外顯子測序
        9. 血漿MC文庫構(gòu)建
        10. 血漿Raceseq文庫構(gòu)建
        11. 血漿1280panel文庫雜交捕獲
        12. 全外顯子生物信息分析
        13. Raceseq生物信息分析
        14. 1280 panel捕獲生物信息分析
        15. 突變相關(guān)新抗原肽分析
        16. HLA Ⅰ類基因分型分析
        17. 統(tǒng)計學(xué)分析
    實驗結(jié)果
        1. 33例食管癌臨床資料信息
        2. 食管癌全外顯子測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
        3. 食管癌1280panel捕獲數(shù)據(jù)質(zhì)控
        4. 食管癌Raceseq測序數(shù)據(jù)質(zhì)控
        5. 食管癌組織和血漿腫瘤突變負荷的評估
        6. 食管癌患者組織腫瘤突變負荷和血漿腫瘤突變負荷的相關(guān)性
        7. 血漿腫瘤突變負荷(bTMB)與食管癌抗PD-1治療療效
        8. 食管癌TMB與其他表型的關(guān)系
        9. 食管癌TMB和MANA對無進展生存期(PFS)的預(yù)測
        10. 食管癌HLA Ⅰ類基因分型對免疫治療療效及PFS的預(yù)測
        11. 食管癌腫瘤組織和血漿突變負荷的一致性
        12. 食管癌的療效監(jiān)測
        13. 食管癌抗PD-1抗體免疫治療后復(fù)發(fā)后突變基因變化
    討論
    小結(jié)
    參考文獻
第二部分: 通過單細胞轉(zhuǎn)錄組測序揭示慢性粒細胞白血病在靶向治療過程中的分子改變
    英文縮略詞
    摘要
    ABSTRACT
    前言
    實驗材料
        1. 研究對象
        2. 主要試劑
        3. 主要耗材和設(shè)備
    實驗方法
        1. 實驗流程示意圖
        2. 樣本收集及臨床信息采集
        3. 外周血單核細胞(PBMC)單細胞懸液制備
        4. 細胞復(fù)蘇及細胞活性測定
        5. 10X Genomics平臺分選單細胞、轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建及單細胞測序
        6. 數(shù)據(jù)分析
    實驗結(jié)果
        1. 4例CML患者臨床資料信息
        2. 白血病細胞表現(xiàn)出紅細胞分化的特征
        3. 與伊馬替尼治療抗性相關(guān)的祖細胞亞群的存在
        4. CML外周血的微環(huán)境及伊馬替尼治療后對免疫細胞結(jié)構(gòu)的影響
    討論
    小結(jié)
    參考文獻
附錄
綜述
    參考文獻
致謝
基金資助
發(fā)表論文



本文編號：3735298