目的此課題旨在基于探究胃黏膜和糞便微生態(tài)在胃癌中的變化,篩選并驗(yàn)證細(xì)菌可作為生物標(biāo)記物,日后可能臨床應(yīng)用于胃癌診斷、早期胃癌篩查的一種非侵入性、精確、簡便、靈敏、人群接受度高的檢測方法。方法我們通過16S r RNA基因測序在隊(duì)列1中的13名胃癌患者和7名慢性萎縮性胃炎患者的胃黏膜及糞便的配對標(biāo)本中篩選出胃黏膜及糞便中發(fā)生協(xié)同變化的差異菌種,進(jìn)一步通過實(shí)時(shí)定量PCR的方法分別在隊(duì)列2中胃癌組和對照（胃炎）組檢測菌種的相對豐度,驗(yàn)證測序結(jié)果,其中包含141份癌組織及癌旁正常組織標(biāo)本、127份對照組內(nèi)鏡下胃黏膜活檢標(biāo)本、217份胃癌組術(shù)前糞便及124份對照組內(nèi)鏡檢查前糞便標(biāo)本。其中35名胃癌患者、64名胃炎患者同時(shí)提供其胃黏膜與糞便配對標(biāo)本。通過與腫瘤標(biāo)記物的聯(lián)合檢測,我們評估該差異細(xì)菌在胃癌的早期篩查、預(yù)警、診斷中的效力。結(jié)果通過16S r RNA基因測序篩選出Streptococcus anginosus和Streptococcus constellatus在胃癌組和對照組中胃黏膜、糞便中發(fā)生同步變化。q PCR進(jìn)一步證實(shí)了上述測序結(jié)果。在胃黏膜及糞便中,胃癌組S.anginosus和... 

【文章來源】：上海交通大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：132 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖2-1兩大研究隊(duì)列設(shè)計(jì)及標(biāo)本納入情況

AJCC2010年第7版TNM分期Fig.2-2AJCC20107thEditionTNMStaging

上海交通大學(xué)博士學(xué)位論文28圖2-3各引物的熔解曲線（A:16srDNA；B:S.anginosus;C:S.constellatus;D:H.p）Fig.2-3Themeltingcurveofprimers(A:16srDNA；B:S.anginosus;C:S.constellatus;D:H.p)2、qPCR擴(kuò)增采用TBGreenII10μl為擴(kuò)增反應(yīng)體系，所需試劑盒TBGreenPremixExTaqTMII（TliRNaseHPlus）由TAKARA公司提供。經(jīng)反復(fù)試驗(yàn)和測試，糞便DNA模板量統(tǒng)一取40ng，黏膜DNA模板量統(tǒng)一取160ng。按測定的各DNA樣本的濃度，通過計(jì)算所得的體積，根據(jù)每一對應(yīng)引物重復(fù)取3次該體積的DNA樣本，加入96孔板，隨后離心混勻。qPCR儀使用StepOnePlusReal-TimePCR系統(tǒng)，參數(shù)設(shè)置及操作流程均按廠商要求進(jìn)行。所有試劑的配置均在冰上進(jìn)行，反應(yīng)條件及體系配置要求（見表2-3）具體如下：反應(yīng)條件：變性：95℃，30秒；退火：95℃，5秒；40個(gè)循環(huán)延伸：60℃，40秒將qPCR擴(kuò)增結(jié)束后所得的每個(gè)DNA對應(yīng)的每種引物的3個(gè)副孔的循環(huán)閾值（CycleThreshold，Ct）進(jìn)行篩選，具體標(biāo)準(zhǔn)如下：（1）若3個(gè)數(shù)值的Ct值（最

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Probiotics in Helicobacter pylori eradication therapy: A systematic review and meta-analysis[J]. Min-Min Zhang,Wei Qian,Ying-Yi Qin,Jia He,Yu-Hao Zhou.  World Journal of Gastroenterology. 2015(14)
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本文編號：3495463