背景:胃癌是腫瘤致死率全球排名第二的腫瘤,也是中國人群常發(fā)的惡性腫瘤。近年盡管人們在手術(shù)、化療、放療等治療手段上做出了很多的改進(jìn),然而全球胃癌患者的平均五年存活率仍在10%以下。其中,腫瘤的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移是胃癌治療的最大障礙。研究者們已經(jīng)從多個(gè)層面闡述胃癌發(fā)病的分子機(jī)制,包括基因突變、基因拷貝數(shù)變異、基因選擇性剪切、基因融合、nc RNA以及表觀遺傳調(diào)控異常等等,但對胃癌的發(fā)生發(fā)展以及轉(zhuǎn)移的具體分子機(jī)制仍然不清楚。近年研究發(fā)現(xiàn),長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lnc RNA）在腫瘤的發(fā)生和發(fā)展過程中發(fā)揮重要的調(diào)控作用。隨著對lnc RNA結(jié)構(gòu)解析和功能研究的深入,研究者發(fā)現(xiàn)lnc RNA在胃癌中以多種機(jī)制參與調(diào)控胃癌細(xì)胞的多種生物學(xué)功能,有望成為胃癌診治的新的候選靶分子。目的:本研究以lnc RNA UCA1為候選分子,探討UCA1在胃癌進(jìn)展中的生物學(xué)作用及其分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò),以期深入理解lnc RNA在胃癌發(fā)生發(fā)展中的貢獻(xiàn)。方法:1.采用基于R語言的limma包分析GEO數(shù)據(jù)庫中胃癌組織樣本lnc RNA芯片表達(dá)矩陣,下載The Cancer Genome Atla... 

【文章來源】：東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：124 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

UCA1在芯片和TCGA數(shù)據(jù)庫中的表達(dá)分析

A、PAAD 癌組織和正常組織中的表達(dá)情況，*p＜我們通過提取胃癌組織和對應(yīng)的癌旁組織 。同時(shí)，為了豐富芯片數(shù)據(jù)中胃癌病例的數(shù)胃癌 lncRNA 表達(dá)的芯片數(shù)據(jù)集，通過綜合數(shù)最明顯的 lncRNA，并且伴隨著較高的基據(jù)庫也得到驗(yàn)證，我們還發(fā)現(xiàn) UCA1 除了在均為高表達(dá)，這些都提示 UCA1 在消化道異常高表達(dá) UCA1 可能在胃癌的發(fā)生或發(fā)展對象。的發(fā)現(xiàn)不僅向我們展示了人類疾病分子結(jié)構(gòu)的新靶點(diǎn)。差異表達(dá)的 lncRNA 作為一種

圖 2-1 UCA1 在胃癌細(xì)胞系和胃癌組織中的表達(dá)情況UCA1 在臨床胃癌病理組織中相對表達(dá)水平的檢測(paired Student’s t-test)。B：餅圖顯示 UCA1 在胃織中表達(dá)水平高于癌旁組織的例數(shù)在所有病例組織例數(shù)中占的比重。C：UCA1 的表達(dá)水平與胃癌分關(guān)系。D：UCA1 在胃癌細(xì)胞系中表達(dá)水平的檢測，實(shí)驗(yàn)重復(fù) 3 次，數(shù)據(jù)以平均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差展示。2 lncRNA-UCA1 促進(jìn)胃癌細(xì)胞的侵襲和轉(zhuǎn)移為了研究 UCA1 在胃癌細(xì)胞系中的功能，探究其對胃癌細(xì)胞表型的影響，我們將穩(wěn)定 Lv-UCA1-shRNA 和 Lv-UCA1-NC 的胃癌細(xì)胞系 BGC-823 細(xì)胞提取 RNA，進(jìn)行 RNA錄組測序，發(fā)現(xiàn)有 2562 個(gè)基因表達(dá)下調(diào)，2529 個(gè)基因表達(dá)上調(diào)（Fold-change≥2）。通過基因的 GO 分析，可以找到富集差異基因的 GO 分類條目，尋找出不同樣品的差異基因和哪些基因功能的改變有關(guān)，GO 分析發(fā)現(xiàn)，干擾 UCA1 的表達(dá)之后，發(fā)生最顯著變化O 主要富集在 adhesion，adhesion junction，anchoring junction 等細(xì)胞通路 (圖 2-2 A)，在

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]HOTAIR:an oncogenic long non-coding RNA in different cancers[J]. Mohammadreza Hajjari,Abbas Salavaty.  Cancer Biology & Medicine. 2015(01)
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本文編號(hào)：3425841