目前,基于血漿游離DNA（cell free nucleic acid,cfDNA）的液體活檢技術(shù)已經(jīng)被廣泛用于腫瘤患者個(gè)體化治療和預(yù)后監(jiān)測(cè)。盡管如此,在腫瘤早期檢測(cè)cfDNA依然具有很大的挑戰(zhàn),主要由于目前cfDNA的生物學(xué)背景依然不明確。本研究通過二代高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)259例非癌癥志愿者的cfDNA體細(xì)胞突變進(jìn)行檢測(cè),人群平均年齡為47歲。研究人員創(chuàng)新地構(gòu)建了二代高通量測(cè)序內(nèi)源標(biāo)簽糾錯(cuò)技術(shù),使檢測(cè)錯(cuò)誤率達(dá)到一個(gè)極低的水平,約為2*10^-7。該研究首次在國際上建立了高精度非癌癥人群cfDNA體細(xì)胞突變的背景,并且比較了同一志愿者的cfDNA和全血細(xì)胞基因組DNA突變頻率的異同。本研究通過兩個(gè)分別包含508個(gè)和559個(gè)基因目標(biāo)區(qū)域的捕獲測(cè)序?qū)嶒?yàn),檢測(cè)了259個(gè)非癌癥志愿者的cfDNA樣本。研究結(jié)果顯示,60%（155/259）志愿者的血漿樣本均可檢出至少一個(gè)非同義突變,并且在年齡大于50歲的志愿者中檢出比例高達(dá)76%。此外,在所有檢出cfDNA體細(xì)胞突變的樣本中,同一配對(duì)血細(xì)胞樣本大多可檢出相似頻率的突變。其中,檢出頻率最高的突變基因?yàn)檠喊┌Y的驅(qū)動(dòng)基因,例如DNMT3A、TET2... 

【文章來源】：華南理工大學(xué)廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：127 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

測(cè)序儀操作流程

第四章數(shù)據(jù)質(zhì)控和分析41和過濾單核苷酸變異（SNV）和插入缺失突變（InDel）。圖4-1內(nèi)源性分子標(biāo)簽雙鏈糾錯(cuò)原理Fig4-1OverviewoftheendogenousmolecularbarcodingduplexworkflowA、文庫接頭連接：末端修復(fù)和加A后的DNA雙鏈片段于T-尾Y字接頭連接。B、內(nèi)源性標(biāo)簽提取工作流程：我們分別從插入片段兩段截取12個(gè)堿基序列作為標(biāo)簽a和標(biāo)簽b。由于血液游離DNA斷裂的隨機(jī)性和低起始量的文庫構(gòu)建，這樣兩個(gè)標(biāo)簽可以保證在絕大多數(shù)DNA片段中將是不同的。通過攜帶有IIlumina測(cè)序儀芯片尾部的引物做PCR擴(kuò)增，每一個(gè)cfDNA片段的正負(fù)鏈將分別生成兩個(gè)類型的PCR重復(fù)序列簇。其中一條DNA片段生成的重復(fù)序列簇的標(biāo)簽a與測(cè)序序列1相鄰，另外一條的標(biāo)簽a與測(cè)序序列2相鄰。互補(bǔ)雙鏈所生成的重復(fù)序列簇，每一簇都有對(duì)應(yīng)的標(biāo)簽順序。擁有相同標(biāo)簽序列（ab或者ba）的測(cè)序序列聚在一起，視為一個(gè)雙鏈配對(duì)重復(fù)簇（i-iii）。這個(gè)配對(duì)簇代表一個(gè)DNA分子雙鏈分子的重復(fù)。C&D、雙鏈重復(fù)簇錯(cuò)誤修正和雙鏈一致序列生成：僅存在與部分重復(fù)簇拷貝中的突變（如圖B中綠色、紅色、黑色和藍(lán)色點(diǎn)所示），可能是由于PCR的隨機(jī)錯(cuò)誤或者測(cè)序錯(cuò)誤造成的。例如：棕色點(diǎn)所示的突變僅僅出現(xiàn)在其中一個(gè)單鏈簇中，這可能是由于DNA損壞或者在第一個(gè)PCR循環(huán)時(shí)所產(chǎn)生的錯(cuò)誤造成的。一個(gè)真實(shí)的突變（如圖i黃色點(diǎn)所示）會(huì)出現(xiàn)在雙鏈DNA的兩條鏈及其重復(fù)簇上。

華南理工大學(xué)博士學(xué)位論文42圖4-2血液游離DNA傳統(tǒng)二代測(cè)序深度（去重后）和雙鏈一致性序列深度相關(guān)性比較Fig4-2CorrelationbetweenconventionalNGSreaddepth(afterremovalofduplicates)andDCSdepthofcf-DNAsamples每個(gè)藍(lán)色的點(diǎn)代表一個(gè)樣本。橫軸和縱軸分別代表傳統(tǒng)去重后二代測(cè)序深度和雙鏈一致序列深度。


本文編號(hào)：3304455