MicroRNA（簡(jiǎn)稱miRNA）是近年來(lái)新發(fā)現(xiàn)的一類(lèi)非編碼RNA（大約22個(gè)核苷酸）,它在許多重要生命過(guò)程中起著關(guān)鍵的調(diào)控作用,人們對(duì)其在疾病診斷和治療等方面的前景寄予厚望,關(guān)于miRNA的研究是當(dāng)前生命科學(xué)領(lǐng)域最前沿的方向之一。HIV-1病毒是最常見(jiàn)的HIV病毒致病株,致死率極高;能在短時(shí)間內(nèi)進(jìn)化成許多不同的但又密切相關(guān)的變體,顯示出不同的傳染性和進(jìn)化動(dòng)力學(xué),因此,HIV-1亞型的準(zhǔn)確定位是開(kāi)發(fā)有效疫苗的保證。本文主要研究了pre-microRNA（簡(jiǎn)稱pre-miRNA）的計(jì)算識(shí)別問(wèn)題,疾病關(guān)聯(lián)的miRNA預(yù)測(cè)問(wèn)題,及HIV的亞型分類(lèi)問(wèn)題,并取得了一些研究成果。主要包括以下三個(gè)內(nèi)容:（1）研究了pre-miRNA識(shí)別的高精度的計(jì)算方法。區(qū)分pre-miRNA和長(zhǎng)度相似的偽pre-miRNA是生命科學(xué)領(lǐng)域中的一個(gè)重要問(wèn)題,它能幫助我們理解RNA的調(diào)控機(jī)制。目前,機(jī)器學(xué)習(xí)是最流行的識(shí)別pre-miRNA的方法。然而,大多數(shù)方法主要關(guān)注于pre-miRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)信息,而忽略了序列的順序信息和序列的進(jìn)化信息。在這項(xiàng)研究中,開(kāi)發(fā)了一種新的pre-miRNA識(shí)別方法,它從PSI-BLAS... 

【文章來(lái)源】：湘潭大學(xué)湖南省

【文章頁(yè)數(shù)】：105 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１?ＨＩＶ－ｌ基因結(jié)構(gòu)示意圖（圖片來(lái)自于維基百科）??ＨＩＶ－１感染的顯著特征是其在單個(gè)個(gè)體感染過(guò)程中的異常多樣性

．２??１?１???０－２?｜?—?＿＿—?＜?＞???妄?〇??????—??????－－０．２??１?１???①?０．１??二■■■－．－－—■：?■?■—－ｉ?１???ｉ?＾???；????－－０．１??１?１???ａ，?－１．５２??１?１???５－１．５４－—?＿????０１?－１．５６??１??１????０?５０?１００?１５０??圖２．１?ｈｓａ－ｍｉｒ－６８４３基于理化性質(zhì)Ｓｌｉｄｅ的時(shí)間序列的ＥＭＤ過(guò)程．??§２．１．２?Ｈｉｌｂｅｒｔ?－?Ｈｕａｎｇ譜分析??經(jīng)驗(yàn)?zāi)Ｊ椒纸夂�，�?yīng)用Ｈｉｌｂｅｒｔ變換到每一個(gè)ＩＭＦ中，獲得分析信號(hào)：??Ｈ＾ｔ））?＝?－Ｐ?［°°?＾－ｄｒ，?＇??７Ｔ?Ｊ—ｍｔ?—?Ｔ??Ａ（ｃｉ（ｔ））?＝?Ｃｉ（ｔ）?＋?ｊＨ（ｄ（ｔ））?＝?ａｉ｛ｔ）ｅＰ６ｉ｛ｔ）．??１０??

對(duì)樹(shù)做ｂｏｏｔｓｔｒａｐ??方法檢驗(yàn)的具體流程可參考第五章。??驗(yàn)?Ｄ：＼ＲＦ＼ｔｒｅｅｄｉｓｔｅｘｅ?—?□?Ｘ??＾ｔｔ：ｎ８Ｓｆ〇ｒｔｈ；ＳｒａＩ：?ＤＷ?＿?３ｌ—?Ｋｓｔ＿??？?�。浚校�??１?Ｐｒｉｎｔ?ｉｎｄｉｃａｎｏｎｓ?ｏｆ?ｐｒｏｇｒｅｓｓ?ｏｆ?ｒｍｒ．?Ｙｅｓ??２?Ｔｒｅｅ?ｄｉｓｔａｎｃｅ?ｓａｂａｅｎｕ：?Ｄｉｓｔａｎｃｅ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ａｄｊａｃｅｎｔ?ｐａｉｒｓ??細(xì)：丨咖如叫？Ｍ?ｋ加ｉ似《?ｆＯＴ?０？ｔＣ咖職）??－??圖２．２?ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ運(yùn)行后所出現(xiàn)的界面??第一步，下載ＮＣＢＩ的ｃｏｍｍｏｎ－ｔｒｅｅ；將待研究所有物種的名稱都獨(dú)立成行寫(xiě)??入到一個(gè)文檔里（這里物種的名稱必須是物種的全稱），點(diǎn)擊“Ｎａｍｅ／ＩＤ?Ｓｔａｔｕｓ”??超鏈接，打開(kāi)分類(lèi)ＩＤ網(wǎng)站，導(dǎo)入物種名文檔，就可以得到分類(lèi)ＩＤ文件，再點(diǎn)擊??“Ｔａｘｏｎｏｍｙ?Ｔｏｏｌｓ”中的“ｃｏｍｍｏｎ?ｔｒｅｅ”，導(dǎo)入剛才的分類(lèi)ＩＤ文件，就可以生成一？??個(gè)樹(shù)的文件，也就是我們所需要的ＮＣＢＩ的ｃｏｍｍｏｎ?ｔｒｅｅ，作為參考樹(shù)。??第二步，計(jì)算Ｒｏｂｉｎｓｏｎ－Ｆｏｕｌｄｓ距離；計(jì)算ＲＦ距離使用Ｐｈｙｌｉｐ包中的ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ，??首先以參考樹(shù)作為最開(kāi)始的樹(shù)文件放在ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ的同一目錄下；然后將所構(gòu)建??的樹(shù)文件放在同一目錄下，并命名為ｉｎｔｒｅｅ２；若構(gòu)建了多棵樹(shù)，就將多棵樹(shù)都放??在ｉｎｔｒｅｅ２中，每一行放一個(gè)完整的樹(shù)文件，中間以分號(hào)間隔。??第三步，雙擊運(yùn)行ｔｒｅｅｄｉｓｔ．ｅｘｅ，出現(xiàn)如圖２．２所示界面，輸入“２”，然后出現(xiàn)??如圖２．３所示界面，依次輸入

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]CVTree3 Web Server for Whole-genome-based and Alignment-free Prokaryotic Phylogeny and Taxonomy[J]. Guanghong Zuo,Bailin Hao.  Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2015(05)

博士論文
[1]三種遺傳性癌癥MicroRNA異常表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的研究[D]. 張波.吉林大學(xué) 2018
[2]人非小細(xì)胞肺癌與艾滋病（HIV-1感染）的靶向治療手段的篩選、優(yōu)化及其應(yīng)用[D]. 王含璐.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2018
[3]蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類(lèi)與功能預(yù)測(cè)及物種親緣分析問(wèn)題的非線性方法研究[D]. 韓國(guó)勝.湘潭大學(xué) 2013
[4]MicroRNA識(shí)別及其與疾病關(guān)聯(lián)的預(yù)測(cè)算法研究[D]. 玄萍.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2012



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