目的 通過生物信息學(xué)的方法對TCGA數(shù)據(jù)庫中人惡性黑素瘤的芯片測序數(shù)據(jù)進行整合分析,尋找轉(zhuǎn)移性惡性黑素瘤的核心基因,并預(yù)測其轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子。同時構(gòu)建基于lnc RNA-mi RNA-m RNA的ce RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。方法 通過下載TCGA數(shù)據(jù)庫中471例黑素瘤組織的芯片數(shù)據(jù),并采用R語言包3.4軟件進行數(shù)據(jù)統(tǒng)計學(xué)分析,采用加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析的方法對惡性黑素瘤的核心基因進行篩選,同時構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。進而利用生物信息學(xué)網(wǎng)站預(yù)測調(diào)控核心基因的轉(zhuǎn)錄因子,并利用多個生信數(shù)據(jù)庫構(gòu)建基于lnc RNA-mi RNA-m RNA的ce RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果 共發(fā)現(xiàn)24個重要的核心基因可能參與了轉(zhuǎn)移性惡性黑素瘤的機體免疫應(yīng)答與腫瘤形成等過程（包括:RASGRP2、IKZF1、CXCR5、LTB、BLK、LINGO3、CCR6、P2RY10、RHOH、JUP、KRT14、PLA2G3、SPRR1A、KRT78、SFN、CLDN4、IL1RN、PKP3、CBLC、KRT16、TMEM79、KLK8、LYPD3、LYPD5）,在轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的預(yù)測中發(fā)現(xiàn)GATA1、STAT1、SP1、PS... 

【文章來源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

RNA測序數(shù)據(jù)的差異表達基因示意圖

青島大學(xué)博士學(xué)位論文83.加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA，Weightedgeneco-expressionnetworkanalysis)能夠從復(fù)雜數(shù)據(jù)中（N多分組）快速地提取出與樣本特征相關(guān)的基因共表達模塊，以供后續(xù)分析。簡單地說，它通過計算基因之間的表達相關(guān)性，將具有表達相關(guān)性的基因聚類到一個模塊中，然后再分析模塊與樣本特征。本研究中，根據(jù)冪次定律和軟閾值率進行了無結(jié)構(gòu)化的拓撲網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，并按照規(guī)則構(gòu)建了相鄰矩陣[19]。本研究中，根據(jù)圖2A所示：動態(tài)樹形圖分割出了六大基因模塊�；诿總�模塊之間的相關(guān)性和重要性，獨立地與其他模塊之間進行了相互驗證，圖2B。在研究了它們的共表達情況后，我們將這些動態(tài)模塊合并為三個，閾值為0.5，這證實了模塊劃分的可靠性，圖2C。各模塊間相關(guān)性的模塊顯著性：P=4.9e-232。作為檢測模塊的關(guān)鍵組成部分，Eigengene是檢測模塊表達譜變化的主要指標，其與表型的相關(guān)性有助于揭示關(guān)鍵的生物學(xué)功能，識別潛在的生物標志物。通過對兩個主要模塊的合并，發(fā)現(xiàn)了藍色和黃色兩個主要模塊，值得進一步探索。圖2差異基因的加權(quán)共表達分析A、惡性黑色素瘤基因表達的網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)了不同的共表達基因模塊。每一個樹狀圖中的葉(短豎線)對應(yīng)一個基因，其分支是具有高度互聯(lián)關(guān)系的基因群，并用指定顏色進行了表示。B：基因模塊之間的相關(guān)性，*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001。C：模塊特征聚類。這六個模塊產(chǎn)生了兩個主要的集群。D：基因模塊間相關(guān)性統(tǒng)計學(xué)差異，P=4.9e-232。

第一章轉(zhuǎn)移性黑素瘤調(diào)控機制的生物信息學(xué)分析94.針對藍色模塊與黃色模塊共表達基因的本體分析及富集分析通過對藍色和黃色模塊生物學(xué)功能的探索，我們對其進行了基因本體分析進行了分析（GO）與KEGG數(shù)據(jù)庫的通路分析。所有重要條目的注釋信息采用顏色條表示，以突出其強化的意義，其中每個項的長度和顏色飽和度基因計數(shù)/比率成比例，調(diào)整后p值是從富集分析中獲得的。在藍色模塊的本體分析中，最常見的生物學(xué)過程富集在免疫活動相關(guān)過程，包括淋巴細胞和白細胞的分化、增殖和活化以及T細胞和B細胞活化（圖3A，表2），黃色模塊主要富集在角質(zhì)形成細胞和表皮細胞分化、角化相關(guān)，以及皮膚屏障的建立（圖3B，表2）。圖3藍色和黃色模塊的GO和KEGG富集分析A、B：藍色模塊與黃色模塊中排名前30的本體分析：包括生物過程(BP)、細胞成分(CC)、分子功能(MF)；C、D：藍色模塊與黃色模塊中排名前15的KEGG分析：富集的基因數(shù)量以圖中橫向的柱狀圖長短來進行表示，顯著性差異水平以圖中顏色來進行表示。


本文編號：3106692