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代謝組學(xué)與DNA甲基化用于結(jié)直腸腫瘤預(yù)警與早期診斷的研究

發(fā)布時(shí)間:2021-03-28 14:28
  研究背景與研究目的:1.家族性腺瘤性息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)是一種由 APC 基因突變引起的常染色體顯性遺傳性腸道息肉綜合征,約占結(jié)直腸癌(Colorectal Cancer,CRC)的1%。近年來(lái)對(duì)CRC發(fā)病分子機(jī)制的研究越來(lái)越多,然而CRC的發(fā)展可能涉及的代謝途徑和改變尚不清楚。通過(guò)色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)進(jìn)行家族性腺瘤性息肉病的血清代謝組學(xué)研究,尋找家族性腺瘤性息肉病與正常對(duì)照組血清代謝譜的差異,進(jìn)而明確APC基因突變可能導(dǎo)致的代謝組學(xué)的改變,探究遺傳性結(jié)直腸癌發(fā)生的預(yù)警指標(biāo)。2.“息肉-腺瘤-癌”的發(fā)展途徑是目前國(guó)際上公認(rèn)的結(jié)直腸癌的發(fā)展模式。提高腺瘤檢出率可以顯著減少結(jié)腸鏡檢查后CRC(post-colonoscopy CRC)的發(fā)生,并進(jìn)行有效干預(yù),可顯著降低結(jié)直腸癌的患病率和死亡率,提高患者生存率。因此結(jié)直腸腫瘤的預(yù)防策略應(yīng)從癌癥轉(zhuǎn)移到癌前病變,進(jìn)展期腺瘤在未來(lái)的結(jié)直腸癌篩查方案中將發(fā)揮更重要的作用。然而早期檢出癌前病變、早期CRC是迄今為止仍然面臨的一個(gè)重要挑戰(zhàn)。大量細(xì)胞可以從惡性結(jié)直腸腫瘤中的結(jié)腸上皮脫落,因此通過(guò)分析糞便... 

【文章來(lái)源】:中國(guó)人民解放軍醫(yī)學(xué)院北京市

【文章頁(yè)數(shù)】:91 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:博士

【部分圖文】:

代謝組學(xué)與DNA甲基化用于結(jié)直腸腫瘤預(yù)警與早期診斷的研究


圖2代謝物定量分析積分校正圖??

曲線,質(zhì)譜檢測(cè),樣本


以用作工件識(shí)別的工藝空白。另外通過(guò)對(duì)不同質(zhì)控樣本的總離子流圖(TIC)進(jìn)行重??疊顯示分析,可以進(jìn)行技術(shù)的可重復(fù)性的判斷。此過(guò)程中只有保證儀器的高穩(wěn)定性,??才會(huì)為數(shù)據(jù)的可重復(fù)性和可靠性提供重要保證。圖3結(jié)果顯示曲線重疊性高,即不同??時(shí)間對(duì)同一樣品進(jìn)行檢測(cè)時(shí),信號(hào)穩(wěn)定性較好。??I?丨|?’?a?I?!?!?It);.??:?^?I?ii?[?J??e?t?'?,!?|1?:||?I?,?t?,?|.u??I?j?][??丨?JkJujJdtJ,?1一—dk?—??圖3?QC樣本質(zhì)譜檢測(cè)TIC重疊圖??2.6統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)分析??代謝組學(xué)數(shù)據(jù)結(jié)果分析結(jié)合了單變量統(tǒng)計(jì)分析和多元統(tǒng)計(jì)分析方法進(jìn)行多角度??分析來(lái)挖掘差異代謝物。其中單變量統(tǒng)計(jì)分析方法包括了參數(shù)檢驗(yàn)和非參數(shù)檢驗(yàn),如??ANOVA?(Analysis?of?Variance,方差分析)和?T-test?(Student’s?t?test,學(xué)生?t?檢驗(yàn));??多元統(tǒng)計(jì)分析方法包括主成分分析、偏最小二乘法判別分析等。通過(guò)R統(tǒng)計(jì)函數(shù)??prcomp進(jìn)行非監(jiān)督聚類分析。樣品和代謝物的層次聚類分析(HCA)結(jié)果為帶樹(shù)狀??圖的熱圖,而樣品之間的?Pearson?相關(guān)系數(shù)(Pearson-Correlation?Coefficients,PCC)??僅作為熱圖呈現(xiàn)。HCA和PCC均由R包熱圖執(zhí)行。根據(jù)OPLS-DA分析的結(jié)果,基??16??

聚類圖,相關(guān)性,熱圖,樣品


圖5樣品總體聚類圖??2.10重復(fù)相關(guān)性評(píng)估??

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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[5]Hypermethylated SFRP2 gene in fecal DNA is a high potential biomarker for colorectal cancer noninvasive screening[J]. Dao-Rong Wang,Dong Tang,Department of General Surgery,The First Affi liated Hospital of Yangzhou University,Yangzhou 225001,Jiangsu Province,China.  World Journal of Gastroenterology. 2008(04)



本文編號(hào):3105719

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