本文選題：原發(fā)性輕鏈型淀粉樣變 + 全外顯子組測序　； 參考：《北京協(xié)和醫(yī)學院》2017年博士論文

【摘要】：背景和目的原發(fā)性輕鏈型淀粉樣變(pAL)是一種免疫球蛋白輕鏈沉積在各個組織器官內(nèi)造成多器官損害的單克隆漿細胞病。臨床表現(xiàn)取決于受累器官,可包括限制性心肌病、腎病綜合征、肝功能衰竭和自主神經(jīng)病變等。目前已知pAL主要是亞單位蛋白質(zhì)發(fā)生了構(gòu)象改變所致,但發(fā)生構(gòu)象改變的機制依舊不明。二代測序技術(shù)(Next generation sequencing)以其高通量、高時效和低成本三大特點,開始越來越多地應(yīng)用于臨床研究。對于血液系統(tǒng)腫瘤,尤其是罕見病種,尋找其腫瘤細胞特異性的基因突變,進而進行診斷及治療研究,已經(jīng)成為該領(lǐng)域的重要研究手段。但是,目前pAL的基因譜及相應(yīng)基因突變與臨床相關(guān)性方面都還缺乏系統(tǒng)的研究。材料與方法收集2015年12月至2017年5月在北京協(xié)和醫(yī)院確診為pAL的初治患者48例,收集患者骨髓標本和外周血標本,并隨訪收集患者的臨床資料。采用CD138免疫磁珠分選得到純化的骨髓漿細胞,再使用DNA Kit提取骨髓漿細胞和外周血單個核細胞DNA,以自身外周血作為正常對照,對10例pAL患者進行全外顯子組測序。篩選出高頻突變基因和已知驅(qū)動基因,同時結(jié)合文獻報告過的pAL相關(guān)突變基因建立靶向基因譜。之后,擴大樣本量對48例pAL患者的骨髓漿細胞進行靶向基因測序。通過比較基因突變數(shù)量和不同基因的突變情況來探索pAL基因譜與臨床特征的相關(guān)性。采用SPSS 22.0軟件進行統(tǒng)計分析,當p0.05時認為存在統(tǒng)計學差異。結(jié)果本研究對10例患者進行全外顯子組測序,共檢測到3307個SNVs,外顯子編碼區(qū)占14.3%,其中非同義突變占69.5%(錯義突變63.6%,stopgain5.5%,stoploss 0.4%)。這10例患者骨髓漿細胞樣本的平均每Mbp堿基發(fā)生非同義突變數(shù)為:1.22(0.15-3.08)Mutations/Mb。當FDR值0.2,共得到12個高頻突變基因,其中有4個影響NF-κB信號通路,包括DUSP2,NFKBIA,KRAS,BIRC3,證明NF-κB信號通路可能在pAL發(fā)病機制中具有重要作用。綜合全外顯子組測序的結(jié)果,篩選FDR值1,我們得到出52個高頻突變基因和17個已知驅(qū)動基因,并通過查閱文獻篩選出29個已在pAL中報道過的突變基因,建立了共含98個基因的靶向基因譜。進一步對48例患者進行了上述98個基因的靶向測序,得到133個單核苷酸變異(SNVs)和20個插入/缺失突變(InDel)。48例患者中有41例患者(85%)存在至少一個SNVs或者InDel。總體突變頻率較低,平均每個患者的突變個數(shù)為3(0-13)個。共檢測出70個突變基因。IGLL5是最常見的突變基因(17%),其次是ASCC3(15%),還有14例患者(29.2%)存在NF-κB信號通路相關(guān)基因的突變。高危組(Mayo2012分期3期和4期)患者的平均基因突變個數(shù)明顯高于低危組(Mayo2012 分期 1 期和 2 期)患者(3.8±0.5 vs2.1±0.5 個,p=0.021)�？偵嫫�(OS)與基因突變的數(shù)量呈負相關(guān),存在4個或以上突變的患者的預計1年存活率為52.1%,而不足4個突變的患者的預計1年生存率為90.4%(p= 0.005)。當與Mayo 2012分期(曲線下面積AUC=0.870)相比時,綜合測序結(jié)果的預后模型增加了預測潛力(AUC=0.915)。研究還發(fā)現(xiàn)pAL中存在4個重復突變:ASB15(c.844CT)、ASCC3(c.1595AG)、HIST1H1E(c.311CT)、和KRAS(c.35 GA)。預后分析表明存在ASB15或HIST1H1E突變患者的預后不良(p0.05)。結(jié)論pAL骨髓漿細胞的總體突變頻率較低。基因突變數(shù)量與患者的預后呈負相關(guān),當基因突變個數(shù)≥4個時,其預后明顯更差。綜合基因突變數(shù)量與Mayo2012分期的預后模型具有更高的預測價值。高頻突變基因中存在4個與NF-κB信號通路相關(guān)基因(DUSP2、NFKBIA、KRAS、和BIRC3),提示NF-κB信號通路的激活可能與pAL的發(fā)病機制相關(guān)。研究還發(fā)現(xiàn)了 4個重復突變基因:ASB15、ASCC3、HIST1H1E、KRAS,其中存在ASB15、HIST1H1E突變患者預后不佳。
[Abstract]:BACKGROUND & OBJECTIVE : Primary light chain amyloid ( pAL ) is a kind of monoclonal plasma cell disease caused by multiple organ damage in various tissues and organs . The clinical manifestation depends on the affected organs , including restrictive cardiomyopathy , nephrotic syndrome , liver function failure and autonomic neuropathy . A total of 12 high - frequency mutational genes were obtained in 48 patients . Overall survival ( OS ) was negatively correlated with the number of mutations , with an estimated 1 - year survival rate of 52.1 % for patients with 4 or more mutations , compared with 90.4 % for patients with less than 4 mutations ( p = 0.005 ) . The prognostic model of the combined sequencing results increased the predictive potential ( AUC = 0.915 ) when compared to the Mayo 2012 stage ( AUC = 0.870 under the curve ) . The study also found that there were four repeat mutations in pAL : ASB15 ( c.844CT ) , ASCC3 ( c.1595AG ) , HISTH1E ( c.311CT ) , as well as that of ( c.35 GA ) . The prognosis analysis showed that there were poor prognosis in patients with ASB15 or HISTH 1E mutation ( p < 0.05 ) . Conclusion The number of mutations in pAL is correlated with the prognosis of patients . There are four genes associated with NF - 魏B signaling pathway ( DUSP2 , NFKBIA , WRI , and BIRC3 ) , suggesting that the activation of NF - 魏B signaling pathway may be associated with the pathogenesis of pAL . Four repeat mutation genes , ASB15 , ASCC3 , HISTH1E , are also found , among which ASB15 , HISTH1E mutation patients have poor prognosis .

【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：R597.2

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本文編號：1740454