水貂源銅綠假單胞菌的遺傳進化分析與比較基因組學研究
發(fā)布時間:2022-08-08 14:45
水貂出血性肺炎是由銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)引起的以出血性肺炎為特征的急性傳染病。為闡明我國水貂源PA的流行病學、遺傳進化、耐藥性和基因組特點,本文對2007-2017年分離自患出血性肺炎水貂的107株PA和水貂養(yǎng)殖場土壤的8株PA菌株進行研究,獲得如下結果。闡明了水貂出血性肺炎病原PA的生物學特性和致病特點。結果表明107株貂源PA血清型為G型86株,B型7株,I型3株,C型1株,D型1株,未分型9株,8株土壤PA分離株的血清型為G型4株,A型,E型,D型各1株,未分型1株;選取46株非同一次暴發(fā)菌株進行運動性、生物被膜和致病性研究,結果表明:PA的泳動陽性率為89%,群集運動陽性率為93%,抽動運動陽性率為26%;產生物被膜強的菌株為23株,中等強度菌株為22株,弱菌株為1株;45株菌可產生褐色或粉色色素;水貂的感染模型顯示,除2株PA對小白鼠未致死外,44株分離株對小白鼠和水貂的LD50大小均分布在10~5 CFU-10~7 CFU之間。心、肝、脾、肺、腎等主要器官均有嚴重的病理變化,免疫組織化學觀察發(fā)現(xiàn)PA在氣管和肺...
【文章頁數(shù)】:163 頁
【學位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
abstract
英文縮略表
第一章 引言
1.1 銅綠假單胞菌生物學特性
1.1.1 病原及致病特點
1.1.2 運動特點
1.2 水貂出血性肺炎流行病學研究
1.2.1 水貂出血性肺炎發(fā)病情況
1.2.2 流行特點
1.3 銅綠假單胞菌耐藥性及耐藥機制
1.3.1 動物源 PA 耐藥性研究進展
1.3.2 耐藥機制
1.4 銅綠假單胞菌毒力因子
1.4.1 定植因子
1.4.2 毒素
1.4.3 T6SS分泌系統(tǒng)和生物被膜
1.4.4 PA5155和ygfA基因功能
1.5 銅綠假單胞菌比較基因組學研究進展
1.5.1 比較基因組學
1.5.2 核心基因組進化
1.6 本研究的目的與意義
第二章 貂源銅綠假單胞菌生物學特性與致病性分析
2.1 材料和方法
2.1.1 實驗動物與菌株
2.1.2 儀器試劑與測序
2.1.3 試劑配制
2.1.4 病料采集及細菌分離
2.1.5 細菌鑒定
2.1.6 血清分型
2.1.7 綠膿菌素生成檢測
2.1.8 細菌運動能力檢測
2.1.9 生物被膜形成能力檢測
2.1.10 水貂感染模型的建立
2.1.11 LD_(50)測定
2.2 結果與分析
2.2.1 細菌分離和培養(yǎng)特性
2.2.2 分離菌株鑒定結果
2.2.3 分離菌血清分型結果
2.2.4 綠膿菌素
2.2.5 運動能力
2.2.6 生物被膜形成能力
2.2.7 水貂感染模型的建立
2.2.8 LD_(50)測定結果
2.3 討論
第三章 水貂源銅綠假單胞菌的種群結構及遺傳進化關系研究
3.1 材料和方法
3.1.1 菌株和試驗動物
3.1.2 試劑和儀器
3.1.3 脈沖場凝膠電泳
3.1.4 多位點序列分型
3.1.5 菌株全基因組測序
3.2 結果與分析
3.2.1 脈沖場凝膠電泳結果分析
3.2.2 多位點序列分型結果分析
3.2.3 遺傳進化關系分析
3.3 討論
第四章 水貂源銅綠假單胞菌耐藥性及耐藥機制研究
4.1 材料和方法
4.1.1 菌株
4.1.2 主要試劑和儀器
4.1.3 最小抑菌濃度試驗(MIC)
4.1.4 細菌總DNA的提取
4.1.5 磷霉素fosA3、fosA、fosC2 基因的PCR擴增
4.1.6 磷霉素glpt基因變異分析
4.1.7 喹諾酮類藥物PMQR及 MBL基因的擴增
4.1.8 喹諾酮類藥物QRDR區(qū)變異分析
4.1.9 重測序耐藥基因檢測
4.2 結果與分析
4.2.1 MIC結果
4.2.2 磷霉素耐藥基因fosA、fosA3、fosC的擴增
4.2.3 磷霉素耐藥基因glpt基因的序列分析
4.2.4 喹諾酮類藥物耐藥基因檢測結果
4.2.5 重測序基因檢測結果
4.3 討論
第五章 貂源銅綠假單胞菌的全基因組序列注釋及比較基因組學分析
5.1 材料與方法
5.1.1 菌株
5.1.2 菌株全基因組測序
5.1.3 基因組組分分析
5.1.4 基因功能注釋
5.1.5 比較基因組分析
5.2 結果與分析
5.2.1 基因組基本分析
5.2.2 基因組功能分析
5.2.3 基因組功能注釋分析
5.2.4 比較基因組分析
5.3 討論
第六章 銅綠假單胞菌HY-3 PA5155和ygfA基因功能分析
6.1 材料與方法
6.1.1 細胞、菌株和質粒
6.1.2 主要試劑和儀器
6.1.3 引物設計
6.1.4 PA5155 基因和ygfA基因缺失株的構建
6.1.5 PA5155基因和ygfA基因缺失株的互補株構建
6.1.6 生長曲線的測定
6.1.7 小鼠LD50測定
6.1.8 生物被膜形成能力檢測
6.1.9 貂肺上皮細胞黏附能力檢測
6.1.10 運動性檢測
6.1.11 耐藥性檢測
6.2 結果與分析
6.2.1 PA5155基因缺失株的構建及鑒定
6.2.2 ygfA基因缺失株的構建及鑒定
6.2.3 PA5155和ygfA基因互補株的構建及鑒定
6.2.4 生長曲線測定結果
6.2.5 小鼠LD50檢測結果
6.2.6 生被被膜形成能力
6.2.7 對貂肺上皮細胞黏附能力
6.2.8 運動性
6.2.9 耐藥性
6.3 討論
第七章 全文結論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡歷
【參考文獻】:
期刊論文
[1]血清C型水貂綠膿桿菌的分離鑒定[J]. 丁國杰,楊朋欣,劉可姝,王彬,張春媛. 廣東畜牧獸醫(yī)科技. 2016(03)
[2]水貂綠膿桿菌分離鑒定及藥物敏感性分析[J]. 孫娜,陳強,溫永俊,楊勇,汪孟航,程世鵬. 中國畜牧獸醫(yī). 2015(10)
[3]威海地區(qū)水貂綠膿桿菌的血清型鑒定及藥敏試驗[J]. 葛愛民,姜八一,崔曉娜,劉新勃. 江蘇農業(yè)科學. 2015(06)
[4]水貂出血性肺炎的病理組織學觀察[J]. 芮萍,楊彩然,馬增軍,王小丹,王秋悅. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2015(05)
[5]山東規(guī)模化養(yǎng)殖場毛皮動物多重感染病原學分析[J]. 鐘世勛,遲珊珊,王振,姜曉東,朱福杰,王迪,張永兵,朱瑞良. 中國獸醫(yī)學報. 2014(11)
[6]水貂綠膿桿菌的分離與鑒定[J]. 馬俊,張超,曲新澤,樊虓翀,林逢生. 中國動物傳染病學報. 2014(01)
[7]水貂出血性肺炎流行病學調查及綠膿桿菌疫苗研究進展[J]. 白雪,柴秀麗,閆喜軍. 現(xiàn)代農業(yè)科技. 2011(15)
[8]水貂綠膿桿菌分離株的生物學特性和血清型分析[J]. 白雪,柴秀麗,閆喜軍,高晗,張海玲,趙建軍,張蕾,邵西群,羅國良,王長鳳. 畜牧與獸醫(yī). 2011(07)
[9]銅綠假單胞菌對環(huán)丙沙星的抗藥性和耐藥性機制研究[J]. 高超,胡明,白華,齊靜,朱小玲,劉昌彬,單虎,秦曉冰,劉玉慶,高培基. 山東大學學報(醫(yī)學版). 2011(06)
[10]銅綠假單胞菌popN-突變子Ⅲ型分泌水平及與蛋白酶關系的研究[J]. 楊洪江,魏東盛,李明春,邢來君. 生物工程學報. 2007(05)
博士論文
[1]基層醫(yī)療機構大腸埃希菌及肺炎克雷伯菌氟喹諾酮耐藥分子流行及遺傳特征研究[D]. 趙麗娜.浙江大學 2015
[2]銅綠假單胞菌MLST分型及耐藥機制研究[D]. 季京淑.浙江大學 2015
[3]銅綠假單胞菌中Ⅲ型分泌系統(tǒng)轉錄調控機制的研究[D]. 孔偉娜.西北大學 2013
[4]燒傷病房耐碳青霉烯類銅綠假單胞菌耐藥機制及分子流行病學研究[D]. 張若文.吉林大學 2012
[5]銅綠假單胞菌耐喹諾酮類藥物的分子機制研究[D]. 李學如.四川大學 2003
碩士論文
[1]耐藥性fosA3基因在豬源大腸桿菌中流行特點及傳播機制研究[D]. 董志民.吉林農業(yè)大學 2016
[2]水貂主要細菌性肺炎的流行病學調查[D]. 姜常青.山東農業(yè)大學 2016
[3]北京地區(qū)實驗動物中綠膿桿菌耐藥分析及PFGE和MLVA分型方法比較[D]. 邢進.中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院 2012
[4]羊綠膿桿菌病流行病學調查及防治技術的研究[D]. 王淑娟.山東農業(yè)大學 2004
本文編號:3671702
【文章頁數(shù)】:163 頁
【學位級別】:博士
【文章目錄】:
摘要
abstract
英文縮略表
第一章 引言
1.1 銅綠假單胞菌生物學特性
1.1.1 病原及致病特點
1.1.2 運動特點
1.2 水貂出血性肺炎流行病學研究
1.2.1 水貂出血性肺炎發(fā)病情況
1.2.2 流行特點
1.3 銅綠假單胞菌耐藥性及耐藥機制
1.3.1 動物源 PA 耐藥性研究進展
1.3.2 耐藥機制
1.4 銅綠假單胞菌毒力因子
1.4.1 定植因子
1.4.2 毒素
1.4.3 T6SS分泌系統(tǒng)和生物被膜
1.4.4 PA5155和ygfA基因功能
1.5 銅綠假單胞菌比較基因組學研究進展
1.5.1 比較基因組學
1.5.2 核心基因組進化
1.6 本研究的目的與意義
第二章 貂源銅綠假單胞菌生物學特性與致病性分析
2.1 材料和方法
2.1.1 實驗動物與菌株
2.1.2 儀器試劑與測序
2.1.3 試劑配制
2.1.4 病料采集及細菌分離
2.1.5 細菌鑒定
2.1.6 血清分型
2.1.7 綠膿菌素生成檢測
2.1.8 細菌運動能力檢測
2.1.9 生物被膜形成能力檢測
2.1.10 水貂感染模型的建立
2.1.11 LD_(50)測定
2.2 結果與分析
2.2.1 細菌分離和培養(yǎng)特性
2.2.2 分離菌株鑒定結果
2.2.3 分離菌血清分型結果
2.2.4 綠膿菌素
2.2.5 運動能力
2.2.6 生物被膜形成能力
2.2.7 水貂感染模型的建立
2.2.8 LD_(50)測定結果
2.3 討論
第三章 水貂源銅綠假單胞菌的種群結構及遺傳進化關系研究
3.1 材料和方法
3.1.1 菌株和試驗動物
3.1.2 試劑和儀器
3.1.3 脈沖場凝膠電泳
3.1.4 多位點序列分型
3.1.5 菌株全基因組測序
3.2 結果與分析
3.2.1 脈沖場凝膠電泳結果分析
3.2.2 多位點序列分型結果分析
3.2.3 遺傳進化關系分析
3.3 討論
第四章 水貂源銅綠假單胞菌耐藥性及耐藥機制研究
4.1 材料和方法
4.1.1 菌株
4.1.2 主要試劑和儀器
4.1.3 最小抑菌濃度試驗(MIC)
4.1.4 細菌總DNA的提取
4.1.5 磷霉素fosA3、fosA、fosC2 基因的PCR擴增
4.1.6 磷霉素glpt基因變異分析
4.1.7 喹諾酮類藥物PMQR及 MBL基因的擴增
4.1.8 喹諾酮類藥物QRDR區(qū)變異分析
4.1.9 重測序耐藥基因檢測
4.2 結果與分析
4.2.1 MIC結果
4.2.2 磷霉素耐藥基因fosA、fosA3、fosC的擴增
4.2.3 磷霉素耐藥基因glpt基因的序列分析
4.2.4 喹諾酮類藥物耐藥基因檢測結果
4.2.5 重測序基因檢測結果
4.3 討論
第五章 貂源銅綠假單胞菌的全基因組序列注釋及比較基因組學分析
5.1 材料與方法
5.1.1 菌株
5.1.2 菌株全基因組測序
5.1.3 基因組組分分析
5.1.4 基因功能注釋
5.1.5 比較基因組分析
5.2 結果與分析
5.2.1 基因組基本分析
5.2.2 基因組功能分析
5.2.3 基因組功能注釋分析
5.2.4 比較基因組分析
5.3 討論
第六章 銅綠假單胞菌HY-3 PA5155和ygfA基因功能分析
6.1 材料與方法
6.1.1 細胞、菌株和質粒
6.1.2 主要試劑和儀器
6.1.3 引物設計
6.1.4 PA5155 基因和ygfA基因缺失株的構建
6.1.5 PA5155基因和ygfA基因缺失株的互補株構建
6.1.6 生長曲線的測定
6.1.7 小鼠LD50測定
6.1.8 生物被膜形成能力檢測
6.1.9 貂肺上皮細胞黏附能力檢測
6.1.10 運動性檢測
6.1.11 耐藥性檢測
6.2 結果與分析
6.2.1 PA5155基因缺失株的構建及鑒定
6.2.2 ygfA基因缺失株的構建及鑒定
6.2.3 PA5155和ygfA基因互補株的構建及鑒定
6.2.4 生長曲線測定結果
6.2.5 小鼠LD50檢測結果
6.2.6 生被被膜形成能力
6.2.7 對貂肺上皮細胞黏附能力
6.2.8 運動性
6.2.9 耐藥性
6.3 討論
第七章 全文結論
參考文獻
附錄
致謝
作者簡歷
【參考文獻】:
期刊論文
[1]血清C型水貂綠膿桿菌的分離鑒定[J]. 丁國杰,楊朋欣,劉可姝,王彬,張春媛. 廣東畜牧獸醫(yī)科技. 2016(03)
[2]水貂綠膿桿菌分離鑒定及藥物敏感性分析[J]. 孫娜,陳強,溫永俊,楊勇,汪孟航,程世鵬. 中國畜牧獸醫(yī). 2015(10)
[3]威海地區(qū)水貂綠膿桿菌的血清型鑒定及藥敏試驗[J]. 葛愛民,姜八一,崔曉娜,劉新勃. 江蘇農業(yè)科學. 2015(06)
[4]水貂出血性肺炎的病理組織學觀察[J]. 芮萍,楊彩然,馬增軍,王小丹,王秋悅. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2015(05)
[5]山東規(guī)模化養(yǎng)殖場毛皮動物多重感染病原學分析[J]. 鐘世勛,遲珊珊,王振,姜曉東,朱福杰,王迪,張永兵,朱瑞良. 中國獸醫(yī)學報. 2014(11)
[6]水貂綠膿桿菌的分離與鑒定[J]. 馬俊,張超,曲新澤,樊虓翀,林逢生. 中國動物傳染病學報. 2014(01)
[7]水貂出血性肺炎流行病學調查及綠膿桿菌疫苗研究進展[J]. 白雪,柴秀麗,閆喜軍. 現(xiàn)代農業(yè)科技. 2011(15)
[8]水貂綠膿桿菌分離株的生物學特性和血清型分析[J]. 白雪,柴秀麗,閆喜軍,高晗,張海玲,趙建軍,張蕾,邵西群,羅國良,王長鳳. 畜牧與獸醫(yī). 2011(07)
[9]銅綠假單胞菌對環(huán)丙沙星的抗藥性和耐藥性機制研究[J]. 高超,胡明,白華,齊靜,朱小玲,劉昌彬,單虎,秦曉冰,劉玉慶,高培基. 山東大學學報(醫(yī)學版). 2011(06)
[10]銅綠假單胞菌popN-突變子Ⅲ型分泌水平及與蛋白酶關系的研究[J]. 楊洪江,魏東盛,李明春,邢來君. 生物工程學報. 2007(05)
博士論文
[1]基層醫(yī)療機構大腸埃希菌及肺炎克雷伯菌氟喹諾酮耐藥分子流行及遺傳特征研究[D]. 趙麗娜.浙江大學 2015
[2]銅綠假單胞菌MLST分型及耐藥機制研究[D]. 季京淑.浙江大學 2015
[3]銅綠假單胞菌中Ⅲ型分泌系統(tǒng)轉錄調控機制的研究[D]. 孔偉娜.西北大學 2013
[4]燒傷病房耐碳青霉烯類銅綠假單胞菌耐藥機制及分子流行病學研究[D]. 張若文.吉林大學 2012
[5]銅綠假單胞菌耐喹諾酮類藥物的分子機制研究[D]. 李學如.四川大學 2003
碩士論文
[1]耐藥性fosA3基因在豬源大腸桿菌中流行特點及傳播機制研究[D]. 董志民.吉林農業(yè)大學 2016
[2]水貂主要細菌性肺炎的流行病學調查[D]. 姜常青.山東農業(yè)大學 2016
[3]北京地區(qū)實驗動物中綠膿桿菌耐藥分析及PFGE和MLVA分型方法比較[D]. 邢進.中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院 2012
[4]羊綠膿桿菌病流行病學調查及防治技術的研究[D]. 王淑娟.山東農業(yè)大學 2004
本文編號:3671702
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