【摘要】：牛子宮內(nèi)膜炎是常見產(chǎn)科疾病,主要是產(chǎn)后細(xì)菌等病原微生物感染引起,導(dǎo)致產(chǎn)犢間期延長、產(chǎn)奶量下降、奶品質(zhì)降低,給奶業(yè)帶來嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。因此子宮內(nèi)膜炎的診斷、治療和抗性基因篩選尤為重要。牛子宮內(nèi)膜炎的發(fā)生受遺傳和環(huán)境影響,因此不同的地區(qū)情況不同。本研究分為三部分,第一部分為郟縣紅牛和河南部分地區(qū)奶牛子宮內(nèi)膜炎的流行病學(xué)調(diào)查;第二部分為牛子宮內(nèi)膜炎的實驗室診斷,包括患牛子宮內(nèi)容物中細(xì)菌的分離鑒定、血液生理生化輔助診斷和患牛子宮內(nèi)容物16S r DNA高通量測序;第三部分利用簡化測序技術(shù)分析對比鄭州近郊奶牛和郟縣紅牛的全基因組差異基因型頻率,以期篩選出子宮內(nèi)膜炎的抗性候選基因,為奶牛高效選育和分子標(biāo)記數(shù)據(jù)庫的建立提供遺傳學(xué)依據(jù)。本研究得出以下結(jié)果:1、流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果顯示,牛子宮內(nèi)膜炎主要病原微生物以大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、蠟樣芽胞桿菌為主,以混合感染為主,不同的場次病原微生物的種類不同;子宮內(nèi)膜炎發(fā)病率在5-6月、7-8月、9-10月分別與1-2月間差異顯著(P㩳0.05),而5-6月、7-8月、9-10月間差異不顯著(P㧐0.05);子宮內(nèi)膜炎發(fā)病率與胎次關(guān)系分析表明,第2-6胎分別與第1胎之間陽性率差異極顯著(P㩳0.01);第2、3、4、5、6胎之間發(fā)病率差異不顯著(P㧐0.05)。2、血液生理生化指標(biāo)分析顯示,患子宮內(nèi)膜炎奶牛的白細(xì)胞數(shù)高于參考范圍,與正常牛群體相比,差異極顯著(P㩳0.01);白細(xì)胞比例也發(fā)生了變化,與正常組相比,患病組奶牛的中性粒細(xì)胞百分比顯著增高(P㩳0.05),中性粒細(xì)胞絕對值增高,差異極顯著(P㩳0.01),淋巴細(xì)胞百分比顯著降低(P㩳0.01),淋巴細(xì)胞絕對值沒有發(fā)生顯著變化(P㧐0.05)�；疾〗M奶牛與正常組奶牛的紅細(xì)胞計數(shù)、平均紅細(xì)胞體積及紅細(xì)胞壓積之間差異均不顯著(P㧐0.05);但平均紅細(xì)胞體積低于參考范圍。患病組奶牛與正常組奶牛之間的血紅蛋白濃度和平均紅細(xì)胞血紅蛋白量之間差異顯著(P㩳0.05),平均紅細(xì)胞血紅蛋白量差異極顯著(P㩳0.01)。血液生化分析結(jié)果顯示,與肝功能相關(guān)的指標(biāo)ALP(堿性磷酸酶)和ALT(谷丙轉(zhuǎn)氨酶)下降,AST(谷草轉(zhuǎn)氨酶)上升,但差異不顯著(P㧐0.05)�？偟@著降低,總蛋白、白蛋白含量降低,但變化不顯著。與腎功能相關(guān)的指標(biāo)Ca、P顯著下降(P㩳0.05),肌酐、葡萄糖、尿素氮沒有顯著變化(P㧐0.05)。3、經(jīng)過測序鑒定發(fā)現(xiàn),不同群體,優(yōu)勢菌的種類不完全相同。同一牧場不同個體雖然癥狀相同,但優(yōu)勢致病菌不完全一樣。測序結(jié)果顯示排名前10的門分別為:厚壁菌門、變形菌門、擬桿菌門、無壁菌門、梭桿菌門、放線菌門,疣微菌門、奇古菌門、芽單胞菌門、酸桿菌門。排名前列的屬分別為:化膿隱秘桿菌、擬桿菌屬、卟啉單胞菌屬、鏈球菌、創(chuàng)傷球菌屬、梭菌屬、瘤胃球菌屬、莫拉克斯氏菌屬。4、在子宮內(nèi)膜炎流行病學(xué)調(diào)查時我們發(fā)現(xiàn),在相似的飼養(yǎng)管理條件下,郟縣紅牛的發(fā)病率明顯低于奶牛,因此推測兩者之間的遺傳差異可能影響子宮內(nèi)膜炎的發(fā)病率。運用SLAF-seq簡化測序技術(shù)檢測郟縣紅牛和中國荷斯坦奶牛的血液DNA樣本。對比中國荷斯坦奶牛和郟縣紅牛的全基因組差異基因,篩選出了1個可能與奶牛子宮內(nèi)膜炎抗性相關(guān)的候選基因即白細(xì)胞介素受體競爭蛋白(IL1RAP)。通過分析郟縣紅牛和荷斯坦奶牛之間群體分化信息,搜索到8個可能影響郟縣紅牛和荷斯坦奶牛對子宮內(nèi)膜炎抵抗力的CXC類趨化因子,依次為IL8、CXCL5、CXCL2、CXCL3、CXCL9、CXCL10、CXCL11、CXCL13。這些基因是否和牛子宮內(nèi)膜炎的抗性相關(guān)還需要更多的試驗證實。
【圖文】：

的基因組大小以及 GC 含量等信息，用酶切預(yù)，選擇最適酶切方案，選擇原則如下：列的酶切片段比例盡可能低；基因組上盡量均勻分布；度與具體實驗體系的吻合程度；切片段（SLAF 標(biāo)簽）數(shù)滿足預(yù)期標(biāo)簽數(shù)。適酶切方案，對檢測合格的各樣品基因組 DNSLAF 標(biāo)簽）進(jìn)行 3′端加 A 處理、連接 Dua混樣、切膠選取目的片段，文庫質(zhì)檢，合格圖 2-1 SLAF-seq 技術(shù)路線（北京百邁客生物技術(shù)有限公司提供）

采用利用生物信息學(xué)方法種基因組、BAC 或 Fosmid 序列進(jìn)行系列情況和基因特點等信息，設(shè)計標(biāo)記開、均勻性、效率和關(guān)聯(lián)分析的準(zhǔn)確性。了越來越廣泛的應(yīng)用，，主要應(yīng)用于重要種的遺傳結(jié)構(gòu)[42]、高密度的 QTL 定位[42]篩43]、找到物種起源地和馴化過程中的關(guān)q 簡化測序技術(shù)化測序技術(shù)是在二代測序基礎(chǔ)上發(fā)展而限制位點相關(guān)的測序技術(shù)，在二代測序基也可以進(jìn)行大規(guī)模 SNP 位點篩查。 是一進(jìn)行高通量測序。圖 2-2 SLAF-seq 試驗流程（北京百邁客生物技術(shù)有限公司提供
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S858.23

【參考文獻(xiàn)】

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1 段金銀;周增祿;;奶牛子宮內(nèi)膜炎發(fā)病相關(guān)因素與預(yù)防[J];云南畜牧獸醫(yī);2016年03期

2 付靜濤;吳艷;高薇;段素云;李t

本文編號：2541368