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基于臨床病例篩選高尿酸血癥相關(guān)的腸道菌群

發(fā)布時間:2024-02-19 10:00
  研究目的高尿酸血癥(Hyperuricemia,HUA)是一種由嘌呤代謝紊亂、尿酸(Uric acid,UA)產(chǎn)生過多或者尿酸排泄減少等引起的血尿酸水平升高的代謝性疾病。HUA是遺傳學(xué)、性別、年齡、生活方式和環(huán)境等多種因素共同作用的結(jié)果,已發(fā)展成為僅次于糖尿病的第二大代謝性疾病。目前,對高尿酸血癥與腸道菌群的相關(guān)性研究的對象多為實(shí)驗(yàn)動物,本研究基于臨床病例,通過16S rDNA V3+V4區(qū)二代測序技術(shù)及生物信息分析技術(shù),探索高尿酸血癥相關(guān)腸道菌群變化。研究方法采集高尿酸血癥和非高尿酸血癥志愿者的糞便樣本,本研究通過運(yùn)用傾向性評分匹配法對研究中采集到的樣本進(jìn)行1:1匹配并分組,降低混雜因素對實(shí)驗(yàn)結(jié)果的干擾;對樣本的16S rDNA的V3-V4可變區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,采用Illumina HiSeq2500進(jìn)行高通量測序;調(diào)用DADA2對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去噪生成feature表;R edgeR包和bnlearn包篩選差異核心菌群并繪制貝葉斯關(guān)系網(wǎng)絡(luò),對差異菌群在門、綱、目、科、屬各水平進(jìn)行富集分析,繪制分類樹;使用PICRUSt平臺對核心菌群進(jìn)行宏基因組功能預(yù)測,STAMP軟件對功能預(yù)測結(jié)果進(jìn)...

【文章頁數(shù)】:72 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

圖3-4:?48例樣本reads數(shù)描述??

圖3-4:?48例樣本reads數(shù)描述??

二、數(shù)據(jù)質(zhì)控結(jié)果??基于IUumina?HiSeq測序技術(shù)對研究參與者的腸道菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行了解析。經(jīng)過數(shù)據(jù)過??濾、合并、去除嵌合體后,48個樣本共獲得2?813?107條reads,平均每個樣本含有58606.3958??條reads,所有樣本中reads數(shù)最少的含有21?231....


圖3-5?Chaol及shannon多樣性稀釋曲線??

圖3-5?Chaol及shannon多樣性稀釋曲線??

95739?195139?193967?178942?74456??M92?186838?153184?152364?150873?101019?45513??M93?195861?159169?158290?157356?76099?35652??M98?213520?1773....


圖3-7?ASV分布韋恩圖??20??

圖3-7?ASV分布韋恩圖??20??

由Rank-abundance曲線所示(圖3-6),在水平方向,曲線在橫軸上的跨度較大,垂??直方向,曲線越下降平緩,說明物種的豐富度較高,物種分布均勻。??10°??1?1?1?.?1?1?1???10'1?r?-??^?1〇.??_??1〇*5??:?-??0?100?200....


圖3-8:?HUA組門水平物種相對豐度柱狀圖??

圖3-8:?HUA組門水平物種相對豐度柱狀圖??

平的有5147個,注釋到屬水平的有3794個,注釋到種水平的有81個,HUA組注釋到門水??平的有4582個,注釋屬水平的有3307個ASV,注釋到種水平的有81個ASV。??二、物種組成分析??本研究分別從門、綱、目、科、屬水平上對菌群進(jìn)行鑒定和分析,最終共鑒定丨5個??門,2....



本文編號:3902512

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