藥物重定位研究不僅大大減少了新藥開發(fā)的周期,還降低了經(jīng)濟(jì)成本。近年來(lái)新藥研發(fā)的經(jīng)濟(jì)成本逐年增高,并且失敗的風(fēng)險(xiǎn)越來(lái)越大,挖掘已有藥物新的適應(yīng)癥,將藥物重新定位,能夠在一定程度上有效規(guī)避研發(fā)風(fēng)險(xiǎn)、降低研發(fā)成本、加快藥物上市的步伐,從而迅速滿足臨床用藥需求,因而越來(lái)越受到醫(yī)藥界的重視。TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)主要收錄人類各種癌癥的臨床數(shù)據(jù)、基因組變異和mRNA表達(dá)等數(shù)據(jù),是癌癥研究者十分重要的數(shù)據(jù)來(lái)源;Connectivity Map數(shù)據(jù)庫(kù)主要是基于基因表達(dá)量的變化來(lái)研究藥物、基因和疾病之間的功能聯(lián)系。該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了1309種小分子藥物處理,5種人類腫瘤細(xì)胞系前后的基因芯片數(shù)據(jù);互信息是信息論里一種有用的信息度量,因?yàn)榛蚺c基因間具有關(guān)聯(lián)性,采取基于互信息算法的特征基因提取方法可以保留這種關(guān)聯(lián)性。Fold Change是差異表達(dá)倍數(shù),對(duì)于基因表達(dá)數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),傳統(tǒng)的計(jì)算方法是直接通過(guò)計(jì)算其logFC值來(lái)篩選特征基因。本文針對(duì)抗癌藥物重定位問(wèn)題,首先將來(lái)源于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的前列腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)和乳腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理;然后運(yùn)用R軟件的互信息算法和Fold Change算法分別對(duì)抗前列腺癌和抗乳腺癌藥... 

【文章來(lái)源】： 郝逸凡 沈陽(yáng)師范大學(xué)

【文章頁(yè)數(shù)】：31 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 引言
    一、藥物重定位的研究現(xiàn)狀及意義
    二、藥物重定位的研究方法
    三、本文研究?jī)?nèi)容
第二章 相關(guān)理論知識(shí)基礎(chǔ)
    一、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)
    二、Connectivity Map數(shù)據(jù)庫(kù)
    三、互信息算法
    四、Fold Change算法
    五、本章小結(jié)
第三章 基于互信息算法的抗癌藥物重定位分析
    一、基于互信息算法的抗前列腺癌藥物重定位分析
    二、基于互信息算法的抗乳腺癌藥物重定位分析
    三、本章小結(jié)
第四章 基于Fold Change算法的抗癌藥物重定位分析
    一、基于Fold Change算法的抗前列腺癌藥物重定位分析
    二、基于Fold Change算法的抗乳腺癌藥物重定位分析
    三、本章小結(jié)
總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷及在學(xué)期間的研究成果和發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)篩選與胃癌預(yù)后相關(guān)的差異基因[J]. 田如月,郭水龍,曹邦偉.  臨床和實(shí)驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志. 2020(05)
[2]基于最大互信息系數(shù)屬性選擇的冷軋產(chǎn)品機(jī)械性能預(yù)測(cè)[J]. 顏弋凡,安路達(dá),呂志民.  中南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020(01)
[3]網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建技術(shù)在藥物重定位研究中的應(yīng)用[J]. 楊光,海渤煜.  沈陽(yáng)師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(03)
[4]基于熵和Fold Change算法的抗乳腺癌藥物重定位分析[J]. 郝逸凡,楊光.  生物數(shù)學(xué)學(xué)報(bào). 2019(02)
[5]基于互信息算法的抗前列腺癌藥物重定位分析[J]. 楊光,郝逸凡.  沈陽(yáng)師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2019(01)
[6]基于互信息和距離相關(guān)性算法的乳腺癌信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路串?dāng)_[J]. 仲如星,孔薇.  科學(xué)技術(shù)與工程. 2017(29)
[7]基因表達(dá)標(biāo)簽相似性比較的抗輻射藥物重定位研究[J]. 任磊,鄭冰清,曲新艷,楊云,王建平,顏耀東.  臨床藥物治療雜志. 2017(03)
[8]Connectivity map技術(shù)在中藥研究中的應(yīng)用[J]. 張曉芳,康永波,蘇君鴻,孔祥陽(yáng).  浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2016(05)
[9]基于互信息的顯著基因提取及轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建[J]. 孔薇,支星,牟曉陽(yáng).  計(jì)算機(jī)應(yīng)用與軟件. 2016(06)
[10]藥物-疾病關(guān)系預(yù)測(cè):一種推薦系統(tǒng)模型[J]. 汪浩,王海平,吳信東,劉琦.  中國(guó)藥理學(xué)通報(bào). 2015(12)

博士論文
[1]基于芯片技術(shù)和CMAP數(shù)據(jù)庫(kù)篩選先天性巨結(jié)腸相關(guān)基因及潛在干預(yù)分子的研究[D]. 肖尚杰.南方醫(yī)科大學(xué) 2016

碩士論文
[1]基于信息測(cè)度的輿情情感態(tài)勢(shì)模型研究[D]. 錢晨.南京郵電大學(xué) 2019
[2]基于改進(jìn)互信息的醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)方法研究[D]. 劉青芳.山西大學(xué) 2010



本文編號(hào)：2957439