發(fā)布時(shí)間：2017-04-26 22:16

  本文關(guān)鍵詞：脊椎動(dòng)物CD1基因的進(jìn)化分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：CD1(cluster of differentiation1)分子是除主要組織相容性復(fù)合體(major histocompatibility complex, MHC)I類和II類分子之外的第三類抗原遞呈分子,并且被認(rèn)為與MHC I家族蛋白具有共同的祖先。哺乳動(dòng)物CD1分子具有遞呈疏水性以及兩性分子的功能,因而在適應(yīng)性免疫系統(tǒng)中發(fā)揮重要作用。隨著近年CD1基因在原雞中的發(fā)現(xiàn),首次證明了該基因在非哺乳類動(dòng)物中的存在,這也說(shuō)明CD1同屬于早期適應(yīng)性免疫系統(tǒng)的一部分。然而雞CD1分子與哺乳動(dòng)物CD1分子差異較大：哺乳動(dòng)物有5種CDl分子亞型,雞有2種CD1分子亞型；哺乳動(dòng)物CD1基因位于MHC旁系同源染色體上,而雞CD1基因位于MHC區(qū)域,并且系統(tǒng)發(fā)生分析證明哺乳動(dòng)物CD1亞型與雞CD1亞型不存在對(duì)應(yīng)的直系同源關(guān)系。時(shí)至今日,脊椎動(dòng)物CD1分子的進(jìn)化模式仍然不夠清楚。 本研究首先通過(guò)利用原雞(Gallus gallus) CD1氨基酸序列在安樂(lè)蜥(Anolis carolinensis)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中找到其同源序列,設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物擴(kuò)增出CD1的保守片段,再利用5'RACE及3'RACE的方法,得到安樂(lè)蜥、暹羅鱷(Crocodylus siamensis)以及揚(yáng)子鱷(Alligator sinensis) CD1分子的全長(zhǎng)cDNA序列。通過(guò)已知的人、原雞以及本研究中得到的揚(yáng)子鱷CD1氨基酸序列分別在哺乳類、鳥類和爬行類中進(jìn)行CD1分子篩查,在74種哺乳動(dòng)物中獲得了430余個(gè)CD1序列,60種鳥類中獲得了150余個(gè)CD1序列,12種爬行動(dòng)物中獲得了10余個(gè)CD1序列。哺乳動(dòng)物CD1分子共有五個(gè)亞型(CDla-e),在不同物種基因數(shù)量為1-25個(gè),并且所有真哺乳亞綱動(dòng)物的對(duì)應(yīng)CD1亞型之間均為直系同源分子；鳥類CD1分子有4個(gè)亞型(CD1.1a, CD1.1b, CD1.1e, CD1.2),在不同物種基因數(shù)量為2-6個(gè),其中CD1.2最普遍存在的類型；爬行動(dòng)物中鱷目與龜鱉目分別有2個(gè)亞型,而安樂(lè)蜥的CD1不屬于其中的任何類型。 通過(guò)氨基酸序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)在哺乳類、鳥類和爬行類CD1分子中存在著保守的N-糖基化和二硫鍵位點(diǎn),但是更多的N-糖基化位點(diǎn)具有物種或亞型特異性。猜測(cè)這可能是脊椎動(dòng)物CD1分子原始的糖基化模式,隨著基因的復(fù)制,會(huì)有新的特異性糖基化位點(diǎn)出現(xiàn),使之能夠與抗原更好地相互作用。進(jìn)一步對(duì)爬行類和鳥類的CD1結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測(cè),它們均具有由一個(gè)或兩個(gè)結(jié)合口袋構(gòu)成的小結(jié)合槽,但缺乏類似哺乳動(dòng)物CD1分子中由三個(gè)口袋及凹槽形成的大結(jié)合槽�；蛲�性分析結(jié)果顯示,鳥類和爬行類的CD1基因位于MHC區(qū)域,也有類似哺乳動(dòng)物處于MHC旁系同源染色體上,甚至還有一部分物種CD1基因既不位于MHC所在的染色體上,也不在旁系同源染色體上。 本研究通過(guò)對(duì)鱷魚及蜥蜴CD1基因全長(zhǎng)cDNA的擴(kuò)增,首次證實(shí)了CD1在爬行動(dòng)物中的存在。通過(guò)對(duì)哺乳類、鳥類和爬行類CD1分子的篩查、氨基酸序列及蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、系統(tǒng)發(fā)生、同線性分析等,揭示了脊椎動(dòng)物CD1分子的進(jìn)化模式特征,對(duì)進(jìn)一步研究CD1分子的起源提供了重要線索。
【關(guān)鍵詞】：脊椎動(dòng)物 CD1 進(jìn)化
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：Q953
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目錄7-10
• ~.略詞表10-11
• 第一章 ：文獻(xiàn)綜述11-35
• 1.1 MHC分子11-15
• 1.1.1 MHC分子的結(jié)構(gòu)與組織分布11-14
• 1.1.2 MHC結(jié)構(gòu)及多態(tài)性14-15
• 1.1.3 非經(jīng)典MHCⅠ分子15
• 1.2 CD1分子概述15-22
• 1.2.1 CD1分子結(jié)構(gòu)與功能16-17
• 1.2.2 CD1分子類型及特性17-22
• 1.3 CD1起源及進(jìn)化22-34
• 1.3.1 MHC旁系同源基因組及其起源23-26
• 1.3.2 CD1的起源和歷史26-28
• 1.3.3 哺乳動(dòng)物和雞的CD128-34
• 1.4 本研究的意義34-35
• 第二章 實(shí)驗(yàn)材料和方法35-57
• 2.0 技術(shù)路線圖35-36
• 2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物36
• 2.2 實(shí)驗(yàn)材料及試劑36-39
• 2.2.1 主要菌株、藥品和試劑36
• 2.2.2 實(shí)驗(yàn)所用試劑盒36-37
• 2.2.3 培養(yǎng)基的配制37
• 2.2.4 常用緩沖液及試劑配制37-38
• 2.2.5 抗體38
• 2.2.6 實(shí)驗(yàn)儀器與設(shè)備38-39
• 2.3 實(shí)驗(yàn)方法39-53
• 2.3.1 DNA提取(酚仿三步法)39
• 2.3.2 DNA提取(試劑盒法)39-40
• 2.3.3 RNA提取(TRIzol法)40
• 2.3.4 RNA提取(試劑盒法)40-41
• 2.3.5 反轉(zhuǎn)錄(M-MLV)41
• 2.3.6 3' RACE41-42
• 2.3.7 5'RACE42-44
• 2.3.8 常用PCR反應(yīng)44-46
• 2.3.9 克隆轉(zhuǎn)化46-49
• 2.3.10 Southern blotting49-53
• 2.3.11 定量PCR方法53
• 2.4 生物信息學(xué)研究方法53-57
• 2.4.1 數(shù)據(jù)庫(kù)及常用生物分析軟件53-54
• 2.4.2 CD1同源分子的獲取54
• 2.4.3 分類樹的構(gòu)建方法54-55
• 2.4.4 系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建方法55-57
• 第三章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析57-104
• 3.1 哺乳動(dòng)物CD1分析57-70
• 3.1.1 哺乳動(dòng)物CD1基因的獲取57-66
• 3.1.2 哺乳動(dòng)物CD1系統(tǒng)進(jìn)化分析66-70
• 3.2 鳥類CD1分析70-84
• 3.2.1 鳥類CD1基因的獲取70-75
• 3.2.2 鳥類CD1系統(tǒng)進(jìn)化分析及其亞型的確定75-76
• 3.2.3 鳥類CD1分子特點(diǎn)76-79
• 3.2.4 鴨CD1基因的Southern blotting鑒定79-80
• 3.2.5 鴨CD1基因位置的驗(yàn)證80-81
• 3.2.6 鳥類CD1基因同線性分析81-84
• 3.3 爬行類CD1分析84-98
• 3.3.1 CD1基因在爬行動(dòng)物中的鑒定84-87
• 3.3.2 爬行動(dòng)物CD1系統(tǒng)進(jìn)化分析87-88
• 3.3.3 鱷魚、蜥蜴CD1的拷貝數(shù)88-89
• 3.3.4 鱷魚CD1位置的驗(yàn)證89-90
• 3.3.5 鱷魚中CD1的可變剪接90-92
• 3.3.6 暹羅鱷CD1的組織表達(dá)92-93
• 3.3.7 爬行類CD1分子特點(diǎn)93-95
• 3.3.8 爬行類CD1同線性分析95-98
• 3.4 CD1的進(jìn)化分析98-101
• 3.4.1 爬行類、鳥類及哺乳類CD1系統(tǒng)發(fā)生分析98-100
• 3.4.2 爬行類、鳥類及哺乳類CD1、MHCⅠ和MHCⅡ系統(tǒng)發(fā)生分析100-101
• 3.5 分析與討論101-104
• 第四章 結(jié)論104-105
• 附錄105-119
• 附錄Ⅰ 引物表105-109
• 附錄Ⅱ 氨基酸序列號(hào)109-112
• 附錄Ⅲ 可變剪接分析112-118
• 附錄Ⅳ 氨基酸同源性比對(duì)118-119
• 參考文獻(xiàn)119-127
• 致謝127-129
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷129

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前6條

1 龐紀(jì)彩;高風(fēng)英;盧邁新;趙金良;朱華平;可小麗;劉志剛;;廣東養(yǎng)殖尼羅羅非魚3個(gè)不同群體MHC ⅡB基因序列多態(tài)性和遺傳分化[J];基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué);2014年02期

2 原秀云;劉金龍;李大江;郭憲光;;爬行動(dòng)物MHC基因研究進(jìn)展[J];動(dòng)物學(xué)雜志;2014年03期

3 楊麗金;朱峰偉;呂春偉;朱新產(chǎn);;快長(zhǎng)系F1鵝主要組織相容性復(fù)合物Ⅰ基因的克隆與序列分析[J];中國(guó)畜牧獸醫(yī);2014年09期

4 陳健;張東玲;葉坤;王志勇;;大黃魚在感染刺激隱核蟲后MHC IIB基因的表達(dá)[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2015年07期

5 張茜;金亮;李柏青;沙泉;;結(jié)核桿菌全菌裂解物和全脂質(zhì)抗原對(duì)人外周血單個(gè)核細(xì)胞的作用[J];免疫學(xué)雜志;2014年06期

6 Xiuyun YUAN;Xiaomao ZENG;Xianguang GUO;;MHC Class I Exon 4 in the Multiocellated Racerunners(Eremias multiocellata): Polymorphism, Duplication and Selection[J];Asian Herpetological Research;2014年02期

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 陳驍;中國(guó)南部沿海條紋斑竹鯊和尖頭斜齒鯊種群遺傳學(xué)研究[D];廈門大學(xué);2008年

2 杜漸;胰腺癌BxPC-3細(xì)胞上清液通過(guò)上調(diào)樹突狀細(xì)胞miRNA-146a的表達(dá)抑制其成熟及免疫功能的研究[D];大連醫(yī)科大學(xué);2012年

3 黃萬(wàn)旭;脊椎動(dòng)物中基因組印跡的進(jìn)化起源和功能的初步研究[D];浙江大學(xué);2013年

4 陳禮誠(chéng);朱瀗基因組BAC文庫(kù)及MHC基因組精細(xì)物理圖譜的構(gòu)建[D];浙江大學(xué);2013年

5 吳超;動(dòng)物MHC分子抗新城疫病毒作用的研究[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

6 林勇翔;豆科和禾本科植物熱激轉(zhuǎn)錄因子基因家族的分子進(jìn)化研究[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

7 羅銘;釀酒酵母谷氧還蛋白Grx6與七鰓鰻免疫受體VLRB的結(jié)構(gòu)與功能研究[D];中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué);2013年

8 李澤中;感染H5N1亞型高致病性禽流感雞和鴨的microRNA表達(dá)譜和T細(xì)胞受體基因的差異[D];吉林大學(xué);2014年

9 布南（Punhal Khan Lashari）;巴基斯坦印度河鯰形目物種的線粒體全基因組測(cè)序及系統(tǒng)發(fā)育研究[D];北京理工大學(xué);2014年

10 黃康;秦嶺川金絲猴種群遺傳結(jié)構(gòu)與分子系統(tǒng)地理研究[D];西北大學(xué);2014年

  本文關(guān)鍵詞：脊椎動(dòng)物CD1基因的進(jìn)化分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：329339