【摘要】：蛋白質(zhì)是生命活動的主要承擔(dān)者。翻譯是蛋白質(zhì)合成的過程。翻譯的過程主要包括核糖體聚集于m RNA(翻譯起始)、核糖體在m RNA上移動產(chǎn)生肽鏈(翻譯延伸)及肽鏈合成的終止(翻譯終止)。研究證明,翻譯延伸的調(diào)控將影響蛋白質(zhì)合成的質(zhì)量。翻譯延伸暫停被認(rèn)為與新生肽鏈的翻譯共折疊高度相關(guān)。于是,翻譯延伸速率的測定就成為了翻譯調(diào)控領(lǐng)域的核心問題之一。錯誤折疊的蛋白質(zhì)可能導(dǎo)致人類疾病。然而,目前仍然缺少可以全局測定生理條件下人細(xì)胞單基因水平的翻譯延伸速率的方法。利用三種RNA-seq技術(shù),本研究通過實驗與計算相結(jié)合的方法提出延伸速率常數(shù)(Elongation Velocity Index,EVI)來全局測定生理條件下人細(xì)胞單基因水平的相對翻譯延伸速率。本研究成功地鑒定出翻譯延伸速率慢的基因(low-EVI Genes),并且發(fā)現(xiàn)沒有基因同時具有高效的起始效率和慢的延伸速率。分析表明,low-EVI基因所編碼的蛋白質(zhì)具有更好的穩(wěn)定性。本研究發(fā)現(xiàn)了細(xì)胞特異性的翻譯慢的密碼子,這可能是翻譯減速的主要原因之一。本研究還探討了EVI調(diào)節(jié)在癌細(xì)胞中的意義。Low-EVI基因傾向于與維持癌細(xì)胞惡性表型的通路相關(guān),而腫瘤抑制基因(Tumor Suppressor Genes,TSGs)的EVI在高度惡性的癌細(xì)胞中顯著升高�？傊�,EVI為揭示人細(xì)胞為什么不會同時增加基因的翻譯起始效率和降低翻譯延伸速率,以及為什么與癌癥相關(guān)的low-EVI基因會有更好的蛋白質(zhì)質(zhì)量提供了新的視角。
【圖文】：

圖 1 翻譯比例 TR 與延伸速率常數(shù) EVI 的測量方法。（A）細(xì)胞 mRNA-seq、RNC-seq 及 Ribo-Seq 的原理圖。（B）翻譯起始效率與翻譯延伸速率對核糖體密度的影響。3.2 總 mRNA 和正在翻譯的 mRNA（RNC-mRNA）測序

圖 2 四株細(xì)胞總 RNA 與 RNC-RNA 的 2.5%瓊脂糖電泳。（A）四株細(xì)胞的 RNA 電泳。（B四株細(xì)胞的 RNC-RNA 電泳。接著，本研究利用 NEBNext Poly(A)mRNAMagneticIsolationModule（Ne
【學(xué)位授予單位】：暨南大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：Q75

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