本文關(guān)鍵詞：豬源耐甲氧西林金黃色葡萄球菌流行病學(xué)特征及遺傳進(jìn)化分析　出處：《中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)》2017年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是一類重要的人畜共患病原菌,廣泛存在于健康或患病的人和動(dòng)物。甲氧西林敏感金黃色葡萄球菌(MSSA)通過(guò)獲得mecA基因而發(fā)展為甲氧西林耐藥金黃色葡萄球菌(MRSA),2017年世界衛(wèi)生組織將MRSA列為12種對(duì)人類健康最具威脅的細(xì)菌中"高度致命"級(jí)別。動(dòng)物是MRSA的重要儲(chǔ)庫(kù),尤其是豬。我國(guó)作為世界第一的養(yǎng)豬大國(guó),豬源MRSA已具有一定的分離率,但與歐洲國(guó)家相比,對(duì)其流行特征仍缺乏全面掌握,遺傳進(jìn)化特征也不清楚。因此,本研究擬從我國(guó)多個(gè)地區(qū)開(kāi)展大規(guī)模采樣,調(diào)查豬源MRSA的流行特征,并選取不同時(shí)間、不同地區(qū)分離的代表株進(jìn)行全基因組測(cè)序,分析我國(guó)豬源MRSA的遺傳進(jìn)化特征,為L(zhǎng)A-MRSA風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估和控制提供科學(xué)依據(jù)。2014年,從河南、山東、上海、寧夏地區(qū)養(yǎng)豬場(chǎng)與屠宰場(chǎng)采集豬鼻拭子樣品2420份,其中270份(11.2%)分離出MRSA,不同地區(qū)的分離率存在較大差異。對(duì)270株豬源MRSA進(jìn)行藥敏檢測(cè)、耐藥基因篩查、PFGE分型、MLST分型以及spa分型,結(jié)果發(fā)現(xiàn):所有分離株均對(duì)苯唑西林、頭孢西丁、克林霉素、氯霉素、氟苯尼考、環(huán)丙沙星、沃尼妙林耐藥,超過(guò)80%的分離株對(duì)四環(huán)素、紅霉素、奎奴普汀/達(dá)福普汀以及慶大霉素耐藥,少量分離株對(duì)利福平(9株)及利奈唑胺(3株)不敏感;分離株均攜帶mecA基因(介導(dǎo)β-內(nèi)酰胺類耐藥)和lsa(E)基因(介導(dǎo)截短側(cè)耳素類-林可胺類-鏈陽(yáng)菌素A類耐藥),99%的分離株攜帶fexa基因(介導(dǎo)酰胺醇類耐藥),3株含有cfr基因(介導(dǎo)利奈唑胺耐藥);各地區(qū)的豬源MRSA流行克隆均為ST9-t899型,且不同地區(qū)之間存在豬源MRSA克隆傳播現(xiàn)象。研究了豬源MRSA利福平不敏感株的流行特征和耐藥機(jī)制。結(jié)果發(fā)現(xiàn):2013-2014年間的分離率為2.0%-3.2%;分離株均具有相似的耐藥表型和耐藥基因型,且存在區(qū)內(nèi)克隆傳播現(xiàn)象;分離株的利福平不敏感表型均由rpoB基因突變引起,其中481His→Asn為最常見(jiàn)突變,其次為471Asp→Tyr,且多個(gè)位點(diǎn)突變可介導(dǎo)利福平高水平耐藥。為了探究我國(guó)豬源MRSA遺傳進(jìn)化特征,從2009-2014年間不同地區(qū)分離的豬源MRSA中選取部分代表株進(jìn)行第二代(94株)和第三代(2株)全基因組測(cè)序。對(duì)2株豬源MRSA的完整基因組進(jìn)行比對(duì)分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)其序列相似度極高,僅在與可移動(dòng)遺傳元件相關(guān)的部分區(qū)域出現(xiàn)缺失或易位,且其中1株含有偽SCCmec(φSCCmec)結(jié)構(gòu)。對(duì)94株豬源MRSA的全基因組序列進(jìn)行SNP分析并建立系統(tǒng)發(fā)生樹(shù),結(jié)果顯示我國(guó)各地區(qū)豬源MRSA可能來(lái)源于同一祖先,且流行克隆在2009年之前已經(jīng)形成。分析94株豬源MRSA的附屬基因組序列,結(jié)果發(fā)現(xiàn):8株含有φSCCmec,86株攜帶Ⅻ型 SCCmec;多數(shù)菌株均攜帶了耐藥基因 meca aadE、sjpw、lnu(B)、lsa(E)、tet(L)、dfrG、blaZ、aadD、fexA,而aacA-aphD、erm(C)基因則呈逐年上升趨勢(shì),耐藥基因遺傳環(huán)境分析結(jié)果提示,基因水平轉(zhuǎn)移是促使我國(guó)豬源MRSA多藥耐藥不斷加劇的重要原因。上述研究表明:我國(guó)豬源MRSA在不同地區(qū)之間存在克隆傳播現(xiàn)象,流行克隆為ST9-t899型,該流行克隆可能來(lái)源于同一祖先,且在2009年之前已經(jīng)形成;我國(guó)不同地區(qū)豬源MRSA具有相似的耐藥表型與耐藥基因型,并存在較高比例的利福平不敏感菌株;耐藥基因水平轉(zhuǎn)移是加劇我國(guó)豬源MRSA多藥耐藥現(xiàn)象的重要因素。我國(guó)豬源MRSA流行克隆從何而來(lái),φSCCmec元件在豬源MRSA形成過(guò)程中扮演著怎樣的角色?仍有待進(jìn)一步研究。
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【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S852.611

【參考文獻(xiàn)】

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1 王偉;郭云昌;裴曉燕;胡豫杰;白莉;孫愛(ài)萍;劉繼開(kāi);付萍;李鳳琴;;中國(guó)食源性和豬源性耐甲氧西林金黃色葡萄球菌遺傳特性和耐藥特征分析[J];衛(wèi)生研究;2013年06期

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本文編號(hào)：1352763