發(fā)布時間：2022-07-03 16:53

　　誘導多能性干細胞（induced pluripotent stem cell,iPSC）在再生醫(yī)學、體外疾病模擬和藥物篩選等領域都有很好的應用前景,然而重編程效率低的問題嚴重阻礙了iPS細胞的廣泛應用。Oct4、Sox2、Klf4、cMyc（簡稱OSKM）等體細胞重編程過程關鍵轉錄因子（TF）,在體細胞身份轉變中發(fā)揮著十分關鍵的先鋒調(diào)控作用。前期關于OSKM靶向調(diào)控體細胞基因組重編程的研究主要集中在編碼蛋白基因的啟動子調(diào)控區(qū)域,篩選出一些可替換的關鍵基因。近期,越來越多的證據(jù)表明長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）在體細胞重編程過程中具有同樣重要的調(diào)控作用,但關鍵轉錄因子在該區(qū)域的動態(tài)靶向調(diào)控模式仍未系統(tǒng)分析和研究。本研究首先繪制了小鼠體細胞重編程關鍵時間點Oct4、Sox2、Klf4、cMyc、Nanog和Esrrb共計6種轉錄因子的靶向結合染色體分布模式,結果表明多能性TF對于重編程的調(diào)控主要在9、10、13和17號常染色體上,并且傾向于結合在啟動子含內(nèi)源性逆轉錄病毒K（ERVK）的lincRNA上。進一步,通過整合ATAC-seq數(shù)據(jù),我們發(fā)現(xiàn)... 

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 文獻綜述
    1.1 體細胞重編程
        1.1.1 體細胞重編程進程
        1.1.2 體細胞重編程的分子機制
    1.2 lncRNA在體細胞重編程中的研究進展
        1.2.1 長鏈非編碼RNA
        1.2.2 lncRNA在體細胞重編程中的重要作用
第二章 數(shù)據(jù)與方法
    2.1 數(shù)據(jù)來源
    2.2 轉錄因子ChIP-seq及染色質(zhì)開放ATAC-seq數(shù)據(jù)分析
        2.2.1 轉錄因子ChIP-seq數(shù)據(jù)分析
        2.2.2 ATAC-seq數(shù)據(jù)分析
    2.3 基因組lncRNA注釋
        2.3.1 lncRNA的分類注釋
        2.3.2 lincRNA啟動子所含的TE序列注釋
    2.4 基因功能富集分析
    2.5 共表達網(wǎng)絡分析
        2.5.1 RNA-seq數(shù)據(jù)分析
        2.5.2 lncRNA和蛋白編碼基因的差異表達分析
        2.5.3 共表達網(wǎng)絡的構建
第三章 小鼠體細胞重編程過程關鍵轉錄因子在lncRNA區(qū)域的動態(tài)結合模式
    3.1 引言
    3.2 小鼠體細胞重編程過程關鍵轉錄因子在lncRNA區(qū)域的結合模式分析
        3.2.1 小鼠lncRNA基因的數(shù)目及分類概況
        3.2.2 關鍵多能性轉錄因子的靶向結合染色體分布模式偏好
        3.2.3 體細胞重編程過程關鍵轉錄因子動態(tài)結合模式以及染色質(zhì)開放性的關聯(lián)分析
        3.2.4 lncRNA啟動子區(qū)域關鍵轉錄因子的動態(tài)結合模式
        3.2.5 體細胞重編程過程中OSKM結合啟動子偏好與lncRNA特征的關系
第四章 小鼠iPSC多能性相關PC-lncRNA基因共表達網(wǎng)絡分析
    4.1 lncRNA和PC基因的差異表達分析
    4.2 iPSC多能性相關PC-lncRNA基因共表達網(wǎng)絡構建
    4.3 iPSC多能性相關PC-lncRNA基因共表達網(wǎng)絡關鍵lncRNA的篩選
    4.4 iPSC多能性相關PC-lncRNA基因共表達網(wǎng)絡模塊挖掘
第五章 討論與展望
    5.1 討論
    5.2 展望
參考文獻
附錄
致謝



本文編號：3655272