基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長SSRs潛在功能的初探
發(fā)布時間：2021-10-24 20:43
簡單重復(fù)序列（Simple sequence repeats,SSRs）是一種DNA重復(fù)序列,大量存在于真核生物和原核生物的基因組中。分子生物學(xué)技術(shù)與生物信息學(xué)的飛速發(fā)展使得SSRs分子標(biāo)記成為生態(tài)學(xué)應(yīng)用中最流行,用途最廣泛的標(biāo)記類型。不僅如此,SSRs在生物生長發(fā)育過程及適應(yīng)性進化等方面也起到至關(guān)重要的作用。基于SSRs的這些特性結(jié)合目前已經(jīng)發(fā)布的植物基因組數(shù)據(jù),我們針對目前測序完成的140種植物,利用比較基因組學(xué)等生物信息學(xué)方法對其基因組SSRs進行了分析,其結(jié)果如下。1.植物基因組特征及其與SSRs特征之間的關(guān)系目前已測序完成的物種中裸子植物擁有最大的基因組（平均為16,529Mbp）,藻類植物的基因組大小差異最明顯（最大基因組是最小基因組的167倍）。蕨類植物的基因組較小,被子植物中單子葉植物基因組比雙子葉植物基因組大,雙子葉植物類群中不同科之間的基因組也存在一定差異（大小為均值比較）。使用MISA程序總共鑒定出283,867,588個SSRs。結(jié)果表明,總體而言基因組大小與SSRs的數(shù)量呈強正相關(guān)關(guān)系,而與SSRs的密度呈弱負相關(guān)關(guān)系。藻類植物的SSRs密度差異較大,而在被子...
【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】：58 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
各組（亞組）代表植物在系統(tǒng)發(fā)育樹中的位置
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文13含有3,202,091個SSRs，其基因組大小為1,650Mbp。排在它之后的兩種物種（分別有3,163,417和3,155,742個SSRs）是蘭科的一種雜交蝴蝶蘭（Phalaenopsishybridcultivar）和錦葵科的海島棉（Gossypiumbarbadense），雜交蝴蝶蘭的基因組大小為2,550Mbp海島棉的基因組大小為2,420Mbp要大于它的基因組，甚至包括SSRs數(shù)量不在前15中的玉米（Zeamays）、林煙草（Nicotianasylvestris）、梵尼蘭（Vanillaplanifolia）、普通煙草（Nicotianaattenuata）的基因組均大于布式輪藻。圖3-2A基因組大小和SSRS數(shù)量之間的關(guān)系;B基因組大小和SSRS分布密度之間的關(guān)系Fig.3-2ARelationshipbetweengenomesizewithSSRsnumber;BRelationshipbetweengenomesizewithSSRsdensity另一方面，SSRs數(shù)量最少的15種植物中，包括1種苔蘚植物、2種蕨類植物、3種雙子葉植物和9種藻類植物。其中三角褐指藻（Phaeodactylumtricornutum）的SSRs數(shù)量最少，只有18,490個。數(shù)量最少的三種植物均為藻類植物，綠色鞭毛藻（Ostreococcuslucimarinus）SSRs數(shù)量為34,001，膠球藻（Coccomyxasubellipsoidea）SSRs數(shù)量為42,742。我們將SSRs在基因組上的分布做了標(biāo)準(zhǔn)化的統(tǒng)計，分析了SSRs的分布密度（即每Mb基因組中覆蓋的SSRs長度）。與SSRs的豐富度不同，SSRs密度與基因組大小呈弱的負相關(guān)關(guān)系（r=-0.305,P<0.01）。在基因組較小的情況下，
基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長SSRs潛在功能的初探14SSRs密度的分布較為分散，但是在基因組較大的情況下，密度趨向于變�。▓D3-2B）。圖3-3六種分類群中SSRs的分布密度Fig.3-3SSRsdensitiesdistributionofsixgroups藻類植物微茫藻（Micractiniumconductrix）是SSRs分布密度排名最高的植物，其密度為58Kb/Mb即5.8%的基因組被SSRs所覆蓋，然而同樣是SSRs分布數(shù)最低的15
【參考文獻】：
期刊論文
[1]植物基因組測序的研究進展[J]. 陳勇,柳亦松,曾建國. 生命科學(xué)研究. 2014(01)
[2]微衛(wèi)星分子標(biāo)記在昆蟲分子生態(tài)學(xué)研究上的應(yīng)用[J]. 孫荊濤,楊現(xiàn)明,葛成,洪曉月. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2012(05)
[3]DNA分子標(biāo)記技術(shù)在生態(tài)學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 楊華南,彭光旭,晏毓晨,付秀芹,顏亨梅. 生命科學(xué)研究. 2004(S1)
本文編號：3455944
【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】：58 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
各組（亞組）代表植物在系統(tǒng)發(fā)育樹中的位置
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文13含有3,202,091個SSRs，其基因組大小為1,650Mbp。排在它之后的兩種物種（分別有3,163,417和3,155,742個SSRs）是蘭科的一種雜交蝴蝶蘭（Phalaenopsishybridcultivar）和錦葵科的海島棉（Gossypiumbarbadense），雜交蝴蝶蘭的基因組大小為2,550Mbp海島棉的基因組大小為2,420Mbp要大于它的基因組，甚至包括SSRs數(shù)量不在前15中的玉米（Zeamays）、林煙草（Nicotianasylvestris）、梵尼蘭（Vanillaplanifolia）、普通煙草（Nicotianaattenuata）的基因組均大于布式輪藻。圖3-2A基因組大小和SSRS數(shù)量之間的關(guān)系;B基因組大小和SSRS分布密度之間的關(guān)系Fig.3-2ARelationshipbetweengenomesizewithSSRsnumber;BRelationshipbetweengenomesizewithSSRsdensity另一方面，SSRs數(shù)量最少的15種植物中，包括1種苔蘚植物、2種蕨類植物、3種雙子葉植物和9種藻類植物。其中三角褐指藻（Phaeodactylumtricornutum）的SSRs數(shù)量最少，只有18,490個。數(shù)量最少的三種植物均為藻類植物，綠色鞭毛藻（Ostreococcuslucimarinus）SSRs數(shù)量為34,001，膠球藻（Coccomyxasubellipsoidea）SSRs數(shù)量為42,742。我們將SSRs在基因組上的分布做了標(biāo)準(zhǔn)化的統(tǒng)計，分析了SSRs的分布密度（即每Mb基因組中覆蓋的SSRs長度）。與SSRs的豐富度不同，SSRs密度與基因組大小呈弱的負相關(guān)關(guān)系（r=-0.305,P<0.01）。在基因組較小的情況下，
基于140種植物全基因組序列的SSRs比較分析與長SSRs潛在功能的初探14SSRs密度的分布較為分散，但是在基因組較大的情況下，密度趨向于變�。▓D3-2B）。圖3-3六種分類群中SSRs的分布密度Fig.3-3SSRsdensitiesdistributionofsixgroups藻類植物微茫藻（Micractiniumconductrix）是SSRs分布密度排名最高的植物，其密度為58Kb/Mb即5.8%的基因組被SSRs所覆蓋，然而同樣是SSRs分布數(shù)最低的15
【參考文獻】：
期刊論文
[1]植物基因組測序的研究進展[J]. 陳勇,柳亦松,曾建國. 生命科學(xué)研究. 2014(01)
[2]微衛(wèi)星分子標(biāo)記在昆蟲分子生態(tài)學(xué)研究上的應(yīng)用[J]. 孫荊濤,楊現(xiàn)明,葛成,洪曉月. 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2012(05)
[3]DNA分子標(biāo)記技術(shù)在生態(tài)學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 楊華南,彭光旭,晏毓晨,付秀芹,顏亨梅. 生命科學(xué)研究. 2004(S1)
本文編號：3455944
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