目的:基底樣乳腺癌（Basal-like breast cancer,BLBC）是乳腺癌中最具侵襲性的亞型,與不良結(jié)局有關(guān)。BLBC具有三陰性表型,且分子機(jī)制尚未完全被發(fā)現(xiàn),因此BLBC缺乏有效的治療。本研究擬通過生物信息學(xué)分析,篩選BLBC的差異表達(dá)基因（DEGs）,對DEGs進(jìn)行分析,探索與BLBC相關(guān)的潛在基因特征,為BLBC進(jìn)一步研究提供思路。方法:1.分析來自美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫（GEO）下載需要的BLBC和非基底樣乳腺癌（non-basal-like breast cancer,nBLBC）的微陣列數(shù)據(jù)集（GSE25066）。評估基因芯片數(shù)據(jù)質(zhì)量后,利用R語言和Bioconductor插件,通過設(shè)置篩選條件P<0.01,差異表達(dá)倍數(shù)（log₂FC）>1或<-1,篩選出DEGs。利用R軟件的ClusterProfiler插件和KOBAS 3.0在線數(shù)據(jù)庫對DEGs進(jìn)行相關(guān)基因功能富集分析和信號通路富集分析,同時通過STRING在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)（PPI）,將結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape軟件... 

【文章來源】：西南醫(yī)科大學(xué)四川省

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

相對對數(shù)表達(dá)箱線圖

RNA降解圖

-18-圖3火山圖（紅色點(diǎn)是上調(diào)差異表達(dá)基因，綠色點(diǎn)是下調(diào)差異表達(dá)基因，藍(lán)色點(diǎn)是差異表達(dá)倍數(shù)log2FC＞2或＜-2的差異表達(dá)基因）FIG.3volcanomap(reddotsareup-regulateddifferentiallyexpressedgenes,greendotsaredown-regulateddifferentiallyexpressedgenes,andbluedotsaredifferentiallyexpressed（logFC）＞2or＜-2differentiallyexpressedgenes)3差異表達(dá)基因GO功能富集分析使用R語言的ClusterProfiler包，設(shè)置篩選條件：pAdjustMethod=”BH”、pvalueCutoff=0.05、qvalueCutoff=0.2，分別對上調(diào)差異表達(dá)基因和下調(diào)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能分析。上調(diào)差異表達(dá)基因參與腺體發(fā)育、姐妹染色單體分離、微管細(xì)胞骨架組織參與有絲分裂調(diào)控、有絲分裂中期/后期的調(diào)控、染色體分離、有絲分裂紡錘體組織、淋巴細(xì)胞遷移的調(diào)節(jié)、細(xì)胞粘附的負(fù)調(diào)控、上皮向間質(zhì)轉(zhuǎn)化的正向調(diào)節(jié)、有絲分裂紡錘體組裝檢查點(diǎn)和紡錘體組裝等生物過程；細(xì)胞外基質(zhì)、基于肌動蛋白的細(xì)胞投射、分泌顆粒內(nèi)腔、染色質(zhì)、胞質(zhì)囊腔和染色體，著絲粒區(qū)等細(xì)胞成分；G蛋白偶聯(lián)受體結(jié)合、絲氨酸型內(nèi)肽酶活性、鈣粘著蛋白結(jié)合、DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活活性、RNA聚合酶II特異性和糖胺聚糖結(jié)合等分子功能。下調(diào)差異表達(dá)基因主要參與腺體發(fā)育、生殖結(jié)構(gòu)發(fā)育、胰島素樣生長因子受體信號途徑、單

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]三陰性乳腺癌分子分型與個體化靶向治療現(xiàn)狀[J]. 徐倩倩,王�，B,孫強(qiáng).  中華腫瘤防治雜志. 2017(11)



本文編號：3231678