植物PPR蛋白（Pentatricopeptide repeat protein）是一大類序列特異性RNA結(jié)合蛋白,廣泛分布與陸生植物的葉綠體和線粒體中。PPR蛋白在細胞器RNA代謝過程中有許多功能。PPR10是來自于玉米葉綠體的蛋白,它能夠結(jié)合兩種天然的單鏈RNA片段,分別是atpH與psaJ。盡管對于PPR10的生物化學鑒定已非常豐富,對PPR10的生理功能研究已較為完備,然而PPR蛋白能夠序列特異性結(jié)合RNA的結(jié)構基礎還處于未知狀態(tài)。PPR蛋白包含有多個串聯(lián)重復序列。一個重復序列能夠以模體化的方式,對單鏈RNA核苷酸進行特異性識別。在一個完整重復序列中,第2位,第5位和第35位氨基酸對于RNA識別特異性起著決定性作用。根據(jù)之前生物信息學研究和生物化學分析結(jié)果,提出了PPR蛋白識別RNA的密碼。對于RNA識別密碼,則需要后續(xù)結(jié)構生物學研究結(jié)果對其進一步闡釋以及生物化學實驗數(shù)據(jù)的更多支持。首先,我們開始嘗試獲得PPR10蛋白的晶體。我們通過體外克隆表達的方式獲得了PPR10的重組蛋白。我們在結(jié)晶過程中嘗試了眾多方法。最終,我們解析了PPR10蛋白的晶體結(jié)構,分別率達到了2.85?。接... 

【文章來源】：清華大學北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：64 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
主要符號對照表
第1章 引言
    1.1 PPR蛋白簡介
    1.2 PPR蛋白簡介
    1.3 PPR蛋白的分子功能
        1.3.1 PPR 蛋白與 RNA 編輯
        1.3.2 PPR 蛋白與剪接及 RNA 穩(wěn)定性
        1.3.3 對轉(zhuǎn)錄和翻譯調(diào)控
        1.3.4 PPR蛋白與細胞質(zhì)雄性不育的恢復
        1.3.5 PPR單點替換突變體
    1.4 PPR蛋白的功能方式
        1.4.1 P class PPR蛋白直接結(jié)合RNA發(fā)揮功能
        1.4.2 P class PPR蛋白C端結(jié)構域發(fā)揮功能
        1.4.3 PPR蛋白參與RNA編輯
    1.5 重復序列蛋白對于核苷酸的 1:1 模塊化識別
        1.5.1 PUF蛋白
        1.5.2 TALE蛋白
第2章 實驗材料與實驗方法
    2.1 實驗儀器
    2.2 實驗試劑
        2.2.1 實驗使用的菌株和載體
        2.2.2 常用培養(yǎng)基、緩沖液等配置
        2.2.3 常用化學試劑
    2.3 實驗方法
        2.3.1 分子克隆
        2.3.2 蛋白的分離純化
        2.3.3 蛋白晶體條件篩選與優(yōu)化
        2.3.4 蛋白晶體結(jié)構相位問題的解決
        2.3.5 蛋白晶體衍射數(shù)據(jù)的收集與結(jié)構解析
        2.3.6 凝膠過濾層析法測定蛋白相互作用與聚合情況
        2.3.7 分析超速離心技術測定蛋白分子量
第3章 PPR蛋白的結(jié)構生物學和生物化學研究
    3.1 PPR10蛋白結(jié)構生物學研究
    3.2 PPR10蛋白-核酸復合體的結(jié)構生物學研究
    3.3 PPR10蛋白二聚化的生物化學研究
        3.3.1 N端邊界決定PPR10蛋白與RNA結(jié)合的二聚化狀態(tài)
        3.3.2 單獨氨基酸改變決定PPR10-RNA復合物的二聚化狀態(tài)
        3.3.3 氨基酸組合FSS和FSC均能識別腺嘌呤RNA堿基
    3.4 設計PPR蛋白的生物化學研究
第4章 討論與展望
參考文獻
致謝
個人簡歷、在學期間發(fā)表的學術論文與研究成果



本文編號：3219669