目的:通過生物信息學方法篩選膽管癌的潛在生物學標記,為膽管癌早期診斷、治療及預后提供可能靶點。方法:從高通量基因表達數(shù)據(jù)庫（Gene Expression Omnibus,GEO）中下載膽管癌的3個基因芯片數(shù)據(jù)集及3個Micro RNA芯片數(shù)據(jù)集并篩選得到差異表達基因（Differentially expressed genes,DEGs）及差異表達微小核糖核酸（differentially expressed Micro RNAs,DEMs）。利用生物信息數(shù)據(jù)庫DAVIA（Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery）對DEGs進行基因本體（gene ontology,GO）注釋及KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。進一步構建DEGs的蛋白互作網(wǎng)絡（proteinprotein interaction network,PPI）并篩選核心網(wǎng)絡。通過軟件預測DEMs的靶基因并與DEGs取交集后得到核心基因及與其對應的Micro RNA。通過基因表... 

【文章來源】：重慶醫(yī)科大學重慶市

【文章頁數(shù)】：37 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

DEGs和DEMs的交集圖

重慶醫(yī)科大學碩士研究生學位論文10生物合成與PPAR信號轉導（biosynthesisofaminoacidsandPPARsignaling）（圖2）。圖2DEGs的GO注釋及KEGG通路富集Figure2GOandKEGGpathwayenrichmentanalysisofDEGsinCHOLsamples

重慶醫(yī)科大學碩士研究生學位論文112.3PPI構建使用STRING在線數(shù)據(jù)庫構建DEGs的PPI并使用軟件Cytoscape對其進行可視化呈現(xiàn)（圖3-A），使用Cytoscape中的MCODE插件篩選出核心網(wǎng)絡并進行可視化呈現(xiàn)（圖3-B）。諸如APOA1,HP,FGG等參與構建核心網(wǎng)絡的基因的GO注釋和KEGG通路分析顯示這些基因富集于PPAR信號通路（PPARsignalingpath-way）、補體（Complement）和凝血級聯(lián)（coagulationcascades）（圖4）。圖3DEGs的PPI網(wǎng)絡及PPI核心網(wǎng)絡Figure3PPInetworkandthemostsignificantmoduleofDEGs2.4DEMs的靶基因預測對2個DEMs（Has-miR-1-3p，Has-miR-125a-5p）分別使用MirDIP、miRTarBase和miRDB三個在線軟件同時進行預測。Has-miR-1-3p的靶基因分別有1320個（mirDIP）、418個（miRDB）、1009個（miRTarBase），并且對三個結果取交集后得到137個共同靶基因（圖5-A）。Has-miR-125a-5p的靶基因分別有1389個（mirDIP）、479個（miRDB）、306個（miRTarBase），同樣對三個結果取交集后得到50個共同靶基因（圖5-B）。

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]DC-CIK細胞免疫治療對膽管癌術后患者免疫功能影響的研究[D]. 金奎.蘇州大學 2013



本文編號：3057402