環(huán)狀RNA（circRNA）是一類特殊的閉合環(huán)狀非編碼RNA,在動物中主要由5’和3’端向后剪接共價結(jié)合形成,在多細(xì)胞動物中,環(huán)狀RNA具有一定的進(jìn)化保守性和組織特異性。目前在多個物種中已經(jīng)鑒定出數(shù)量眾多的circRNA,其中一些具有重要的生物學(xué)功能。古菌作為生命進(jìn)化樹的三大領(lǐng)域之一,其在分子水平上比細(xì)菌更接近真核生物。所以古菌是研究物種進(jìn)化與分類必不可少的一環(huán)。四膜蟲是研究染色質(zhì)和基因表達(dá)調(diào)控的理想模式生物。其主要特征是具有兩個細(xì)胞核-大核和微核。本文選取了兩種嗜鹽古菌-地中海富鹽菌、西班牙鹽盒菌和四膜蟲,通過RNA-seq技術(shù)、生物信息學(xué)分析手段深入分析了其circRNA的來源組成和在染色體上的定位,并以分子生物學(xué)等手段,證實(shí)兩種嗜鹽古菌和四膜蟲中部分circRNA的存在。我們在地中海富鹽菌中,檢測到67個circRNAs;在西班牙鹽盒菌中,檢測到133個circRNAs。circRNA主要定位在兩種古菌染色體上,具體來源于16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA-23S rRNA、蛋白編碼基因上。我們在四膜蟲B2086中,檢測到109個circRNA。circRNA主... 

【文章來源】：中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)安徽省 211工程院校 985工程院校

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．?１兩種古菌在基因組上定位??圖注：（Ａ）地中海富鹽菌中高可信度ｃｉｒｃＲＮＡ的定位分布（Ｂ）西班牙鹽盒菌中高可信度??

Ａ??Ｈａｌｏｆｅｒａｘ?ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｉ?Ｈａｔｏａｒｃｕｌａ?ｈｉｓｐａｎｉｃａ??２０－ｊ?８０－??卜■■?■??ｒ°＇｜｜?－■?ｉ４０－?Ｉ??１?．?ｔ－Ｍ?１２］，??Ｌｅｎｇｔｈ?ｏｆ?ｃｉｒｃＲＮＡ（ｎｔ）?Ｌｅｎｇｔｈ?ｏｆ?ｃｉｒｃＲＮＡ（ｎｔ）??Ｂ??６ＣＨ??ＷＭ?Ｈａｌｏｆｅｒａｘ?ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｉ??＜?Ｍ?Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ?ｈｉｓｐａｎｉｃａ??｜?４￡＞－??＇Ｄ?ＩＬ，＿ｓ??，／?／，，??圖３．?２?ｃｉｒｃＲＮＡ特點(diǎn)分析??圖注：（Ａ）?ｃｉｒｃＲＮＡ長度分布（Ｂ）同一基因ｃｉｒｃＲＮＡ不同亞型??３．?１．?５嗜鹽古菌ｃｉｒｃＲＮＡ的驗(yàn)證??因?yàn)椋妫椋睿洌悖椋颍悖郏矗保菟惴z測ｃｉｒｃＲＮＡ是通過對ＲＮＡ－ｓｅｑ數(shù)據(jù)中的ｊｕｎｃｔｉｏｎ?ｒｅａｄｓ??來判斷的，所以，我們只能判斷ｃｉｒｃＲＮＡ的ｊｕｎｃｔｉｏｎ位點(diǎn)在基因組的位置，也就??是ｃｉｒｃＲＮＡ的起始和終止位置。而對于ｃｉｒｃＲＮＡ的內(nèi)部具體的序列，算法并不??完全可靠。此外，在前面的步驟中，將在ｒｅａｄｓ中的順序與比對到基因組上的順??序相反的ｒｅａｄｓ作為下游的候選，這可能會導(dǎo)致通過反式剪切而來的線性ＲＮＡ??也被判定為ｃｉｒｃＲＮＡ。??所以，為了更加精確的表明ｃｉｒｃＲＮＡ的存在，我們在地中海富鹽菌和西班牙??鹽盒菌的１６ＳｒＲＮＡ，?２３ＳｒＲＮＡ，跨１６ＳｒＲＮＡ－２３ＳｒＲＮＡ以及蛋白編碼基因中選??取了部分ｃｉｒｃＲＮＡ進(jìn)行驗(yàn)證。其中，我們在兩種嗜鹽古菌中各選擇了?５個??ｃｉｒｃＲＮＡｓ，根據(jù)其在基因組上的序列以及ｊｕｎｃｔｉｏｎ的位點(diǎn)，設(shè)計(jì)了

性。??Ａ??Ｈａｌｏｆｅｒａｘ?ｍｅｄｉＵｒｒａｎａ?ｃｉｒｃＲＮＡ?Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ?ｈｉｓｐａｎｉｃａ?ｄｒｃＲＮＡ??Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ＲＮａｓｅ?Ｒ?ＤＮＡ?Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ＲＮａｓｅＲ?ＤＮＡ??？?？?＜?？?—＊?？?＊？?疇■?？?？疇．．?？——＊??ｄｒｃ１３５?ＩＢ９ＨＥ９??ｃｉｒｃｌ５７?ｃｉｒｃｌ５６?ｍＨＨＳＳｍＨ??—ｄｒｃｉ６１?＾ｍ＾ｍｎ??Ｂ??Ｊｕｎｃｔｉｏｎ?ｓｉｔｅ?Ｊｕｎｃｔｉｏｎ?ｓｉｔｅ??ｏｏ??圖３．?３?ＲＴ－ＰＣＲ驗(yàn)證地中海富鹽菌、西班牙鹽盒菌中ｃｉｒｃＲＮＡ??圖注：（Ａ）地中海富鹽菌中驗(yàn)證ｃｉｒｃＲＮＡ?（左）；西班牙鹽盒菌中驗(yàn)證ｃｉｒｃＲＮＡ?（右）；Ｔｏｔａｌ??ＲＮＡ、ＲＮａｓｅ?Ｒ消化的ＲＮＡ，?ｇＤＮＡ為負(fù)參照模板進(jìn)行ＲＴ－ＰＣＲ，?ＲＴ－ＰＣＲ擴(kuò)增結(jié)果，以??ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ?（背對背箭頭）為引物，可擴(kuò)增ｃｉｒｃＲＮＡ；以ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ?（頭對頭箭頭為引物，可擴(kuò)??增線性和ｃｉｒｃＲＮＡ。（Ｂ）背對背箭頭為ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ引物，頭對頭箭頭為ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ引物，藍(lán)??色圓圈表示ＲＮＡ模板，黃色線表示預(yù)期的ＲＴ－ＰＣＲ產(chǎn)物。（背對背箭頭為Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ引物，??頭對頭箭頭為ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ引物，ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ，ＲＮａｓｅ?Ｒ消化后ＲＮＡ反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為模板，ｇＤＮＡ??為負(fù)參照模板）??２８??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：2949704